More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_2292 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  592  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  88.19 
 
 		 288 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  88.19 
 
 		 288 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  88.19 
 
 		 288 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  88.19 
 
 		 288 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  83.68 
 
 		 288 aa  489  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  82.64 
 
 		 288 aa  484  1e-136  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  82.29 
 
 		 288 aa  480  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  62.5 
 
 		 308 aa  384  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 290 aa  224  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 289 aa  195  7e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 289 aa  195  9e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 293 aa  192  7e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 308 aa  177  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 321 aa  161  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  35.42 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 307 aa  152  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  31.88 
 
 		 299 aa  152  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 312 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  30.97 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  32.41 
 
 		 330 aa  142  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  27.99 
 
 		 311 aa  84  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  21.5 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1974  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 328 aa  79  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168317  normal  0.460832 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.83 
 
 		 325 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0746  transcriptional regulator, LysR family  31.66 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 304 aa  75.5  0.0000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  30.59 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1516  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2970  LysR family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 106 aa  73.6  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0152756  decreased coverage  0.00683869 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.91 
 
 		 328 aa  73.6  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  23.79 
 
 		 300 aa  73.2  0.000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 297 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 297 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 297 aa  72  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  26.54 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 294 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 310 aa  72  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3818  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 312 aa  71.6  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4146  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.517871 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5246  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.94 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  24.36 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  29.48 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  24.75 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  23.97 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0160  transcription regulator protein  24.31 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  0.705877 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  25.2 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 297 aa  68.9  0.00000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 297 aa  68.9  0.00000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4627  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 297 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 297 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1239  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 323 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  24.44 
 
 		 297 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  26.01 
 
 		 297 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  29.13 
 
 		 292 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>