58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_1748 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  100 
 
 
309 aa  635  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  73.23 
 
 
302 aa  418  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  70.03 
 
 
302 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  66.67 
 
 
304 aa  410  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  71.32 
 
 
315 aa  404  1e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  72.08 
 
 
315 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  67.83 
 
 
311 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  70.22 
 
 
315 aa  397  1e-110  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  70.63 
 
 
309 aa  399  1e-110  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  49.82 
 
 
291 aa  295  9e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  55.81 
 
 
288 aa  293  2e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  55.51 
 
 
270 aa  293  3e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  54.37 
 
 
281 aa  283  2e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  50 
 
 
282 aa  269  4e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  51.44 
 
 
292 aa  262  6e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  50.2 
 
 
295 aa  259  5e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  47.37 
 
 
306 aa  253  3e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  49.61 
 
 
290 aa  253  4e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  48.12 
 
 
279 aa  252  6e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  49.03 
 
 
303 aa  251  9e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  45.29 
 
 
279 aa  242  6e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  45.62 
 
 
295 aa  242  7e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  45.14 
 
 
279 aa  241  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  41.5 
 
 
317 aa  239  5e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  44.24 
 
 
279 aa  235  7e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  47.7 
 
 
337 aa  235  8e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  45.31 
 
 
283 aa  234  1e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  43.05 
 
 
298 aa  232  6e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  46.74 
 
 
282 aa  231  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  45.34 
 
 
306 aa  229  7e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  44.83 
 
 
326 aa  226  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  45.21 
 
 
375 aa  226  3e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  44.81 
 
 
282 aa  223  2e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  45.04 
 
 
298 aa  223  4e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  42.34 
 
 
272 aa  221  1e-56  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  2.50691e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  40.07 
 
 
281 aa  221  1e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  40.85 
 
 
282 aa  214  2e-54  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  40.49 
 
 
282 aa  213  2e-54  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  1.83031e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  40.24 
 
 
284 aa  213  3e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  39.44 
 
 
282 aa  211  9e-54  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  45.38 
 
 
272 aa  208  1e-52  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  38.91 
 
 
312 aa  204  2e-51  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  39.13 
 
 
269 aa  204  2e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  42.45 
 
 
302 aa  201  2e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  37.28 
 
 
271 aa  200  3e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  37.65 
 
 
275 aa  199  5e-50  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  38.4 
 
 
266 aa  189  5e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  35.04 
 
 
275 aa  171  2e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  25.45 
 
 
306 aa  55.5  1e-06  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  30.77 
 
 
412 aa  49.7  7e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  33.66 
 
 
437 aa  48.9  0.0001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  32.67 
 
 
437 aa  48.1  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  31.68 
 
 
437 aa  47.4  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  27.69 
 
 
882 aa  45.8  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  28.38 
 
 
851 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  25.6 
 
 
321 aa  43.9  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1534  DNA ligase, ATP-dependent  25.09 
 
 
432 aa  43.5  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  1.20841e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  28.36 
 
 
843 aa  43.5  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>