More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_1704 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
361 aa  723    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  86.15 
 
 
360 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  86.15 
 
 
360 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  85.87 
 
 
360 aa  610  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  85.87 
 
 
360 aa  610  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  86.7 
 
 
360 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  86.43 
 
 
360 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  86.43 
 
 
360 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  86.43 
 
 
360 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  64.86 
 
 
385 aa  476  1e-133  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  65.47 
 
 
361 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  66.48 
 
 
361 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  65.37 
 
 
360 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  64.39 
 
 
361 aa  455  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  64.57 
 
 
360 aa  450  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  65.28 
 
 
361 aa  449  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.66 
 
 
355 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  41.44 
 
 
349 aa  248  2e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  40.35 
 
 
354 aa  246  6e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  40.52 
 
 
353 aa  231  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  38.81 
 
 
392 aa  227  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  40.48 
 
 
376 aa  224  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.34 
 
 
368 aa  223  3e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  37.43 
 
 
375 aa  217  2.9999999999999998e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  41.28 
 
 
318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  36.47 
 
 
374 aa  206  5e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.65 
 
 
371 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  35.84 
 
 
369 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  37.93 
 
 
354 aa  193  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.34 
 
 
369 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  35.34 
 
 
369 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  34.77 
 
 
369 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  35.19 
 
 
364 aa  188  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  34.48 
 
 
417 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  31.41 
 
 
365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3081  RND family efflux transporter MFP subunit  36.55 
 
 
371 aa  182  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153012  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  34.41 
 
 
366 aa  180  4e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.71 
 
 
388 aa  179  5.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  33.53 
 
 
390 aa  177  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  32.85 
 
 
372 aa  177  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  33.33 
 
 
376 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  33.33 
 
 
369 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  33.12 
 
 
359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 
382 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  33.71 
 
 
382 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  33.71 
 
 
406 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  33.53 
 
 
382 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  33.33 
 
 
352 aa  171  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  33.85 
 
 
370 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  33.96 
 
 
390 aa  170  3e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  33.95 
 
 
370 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  33.95 
 
 
373 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  31.99 
 
 
340 aa  170  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  32.94 
 
 
370 aa  169  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  32.22 
 
 
375 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  32.92 
 
 
381 aa  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  31.85 
 
 
369 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  31.81 
 
 
360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2001  secretion protein HlyD  33.22 
 
 
375 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.167131  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  33.92 
 
 
418 aa  164  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 
365 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 
365 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 
365 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 
365 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 
365 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  33.01 
 
 
365 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  33.01 
 
 
365 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  31.3 
 
 
373 aa  160  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1365  RND family efflux transporter MFP subunit  35.69 
 
 
370 aa  159  7e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000256097  hitchhiker  0.000707959 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  32.18 
 
 
365 aa  159  8e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  31.31 
 
 
365 aa  158  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  29.93 
 
 
365 aa  157  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1266  RND family efflux transporter MFP subunit  35.45 
 
 
371 aa  158  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000032302  hitchhiker  0.00027333 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  31.97 
 
 
415 aa  155  8e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  32.21 
 
 
350 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 
376 aa  154  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.75 
 
 
380 aa  153  4e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  31.74 
 
 
371 aa  153  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  30.07 
 
 
380 aa  152  8.999999999999999e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  31.27 
 
 
467 aa  152  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.1 
 
 
363 aa  151  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  28.82 
 
 
366 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.1 
 
 
363 aa  151  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 
376 aa  150  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  29.82 
 
 
351 aa  149  5e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  29.53 
 
 
351 aa  148  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.15 
 
 
351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  30.51 
 
 
366 aa  147  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  30.89 
 
 
434 aa  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.37 
 
 
362 aa  146  6e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.71 
 
 
370 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  29.13 
 
 
372 aa  144  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  31.29 
 
 
370 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  33.62 
 
 
376 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 
394 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01700  RND family efflux system membrane fusion protein  30.07 
 
 
328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.18 
 
 
362 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  31.04 
 
 
389 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  28.69 
 
 
394 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.08 
 
 
390 aa  138  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>