More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_1573 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  63.89 
 
 		 1088 aa  666    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  77.53 
 
 		 1144 aa  1624    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000580294  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2562  ribonuclease, Rne/Rng family  66.56 
 
 		 1061 aa  815    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000807422  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  64.55 
 
 		 1073 aa  750    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2220  ribonuclease, Rne/Rng family  63.11 
 
 		 782 aa  645    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1615  ribonuclease E  64.83 
 
 		 688 aa  849    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120942  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1600  ribonuclease E  67.85 
 
 		 1048 aa  821    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  59.91 
 
 		 1091 aa  720    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1481  ribonuclease E  64.56 
 
 		 885 aa  671    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00665357  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1898  ribonuclease E  73.55 
 
 		 1122 aa  819    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000446531  hitchhiker  0.000483574 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  63.75 
 
 		 1014 aa  672    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2289  ribonuclease E  71.63 
 
 		 1004 aa  870    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705464  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  69.92 
 
 		 1090 aa  719    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  63.77 
 
 		 1111 aa  667    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  71.88 
 
 		 1088 aa  1462    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  63.89 
 
 		 1087 aa  666    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  60.26 
 
 		 1128 aa  721    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  63.89 
 
 		 1090 aa  665    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2244  ribonuclease E  53.83 
 
 		 663 aa  651    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2216  ribonuclease E  53.83 
 
 		 663 aa  652    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  59.71 
 
 		 1120 aa  715    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  58.05 
 
 		 1025 aa  639    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  62.38 
 
 		 1012 aa  750    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  58.41 
 
 		 870 aa  679    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  61.58 
 
 		 1044 aa  652    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  63.94 
 
 		 1042 aa  670    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  54.84 
 
 		 1132 aa  713    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  59.96 
 
 		 873 aa  681    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  64.4 
 
 		 1238 aa  704    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  58.21 
 
 		 1216 aa  851    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  63.67 
 
 		 1085 aa  659    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  61.56 
 
 		 1071 aa  788    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  59.86 
 
 		 764 aa  681    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  63.89 
 
 		 1087 aa  666    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  60.13 
 
 		 1082 aa  723    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  64.78 
 
 		 1139 aa  739    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  53.52 
 
 		 1011 aa  674    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  58.1 
 
 		 1053 aa  671    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2657  ribonuclease, Rne/Rng family  77.28 
 
 		 1154 aa  1643    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00498519  hitchhiker  0.000418055 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  58.86 
 
 		 1141 aa  1152    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1207  ribonuclease E  66.72 
 
 		 1061 aa  816    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187022  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  62.57 
 
 		 752 aa  718    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1173  ribonuclease E  58.33 
 
 		 1040 aa  638    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  55.66 
 
 		 977 aa  674    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2643  ribonuclease, Rne/Rng family  58.64 
 
 		 1029 aa  638    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1874  ribonuclease, Rne/Rng family  63.11 
 
 		 782 aa  645    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000717737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  63.88 
 
 		 1068 aa  662    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  59.96 
 
 		 1074 aa  646    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  61 
 
 		 1086 aa  724    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1590  ribonuclease E  60.04 
 
 		 720 aa  649    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000584784  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  63.62 
 
 		 1091 aa  690    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  53.76 
 
 		 1007 aa  643    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  63.89 
 
 		 1088 aa  666    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  70.08 
 
 		 968 aa  739    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1707  ribonuclease  77.09 
 
 		 1148 aa  1623    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116835  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0595  ribonuclease  60.04 
 
 		 718 aa  648    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000095022  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  55.46 
 
 		 904 aa  724    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  76.09 
 
 		 1158 aa  1634    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  61.16 
 
 		 1041 aa  640    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  63.89 
 
 		 1096 aa  668    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1353  ribonuclease E  60.29 
 
 		 938 aa  736    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000765938  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  63.23 
 
 		 1102 aa  1261    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  57.17 
 
 		 998 aa  642    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  56.74 
 
 		 865 aa  666    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  58.86 
 
 		 1175 aa  762    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  60.34 
 
 		 1038 aa  643    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  60.72 
 
 		 1084 aa  1162    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  53.53 
 
 		 1008 aa  671    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0440  ribonuclease E  65.52 
 
 		 589 aa  719    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0592  ribonuclease  58.79 
 
 		 1058 aa  642    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0452769 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2042  ribonuclease E  67.91 
 
 		 1057 aa  818    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000184616  hitchhiker  0.00765925 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  57.46 
 
 		 1059 aa  667    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1569  ribonuclease E  58.21 
 
 		 1216 aa  850    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000219809  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  57.46 
 
 		 1056 aa  667    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2134  ribonuclease  49.86 
 
 		 1070 aa  902    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  60.85 
 
 		 1072 aa  744    Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0715  ribonuclease E  62.06 
 
 		 942 aa  840    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.32082  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  73.37 
 
 		 1093 aa  1466    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  69.92 
 
 		 1056 aa  731    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  63.89 
 
 		 1090 aa  665    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  72.88 
 
 		 1095 aa  1459    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  55 
 
 		 1132 aa  714    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  65.28 
 
 		 1073 aa  739    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  62.68 
 
 		 1124 aa  1250    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  60.88 
 
 		 928 aa  694    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  63.89 
 
 		 1059 aa  667    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  57.8 
 
 		 1068 aa  667    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  65.53 
 
 		 1057 aa  763    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  72.18 
 
 		 1065 aa  894    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  58.12 
 
 		 879 aa  675    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  57.46 
 
 		 1059 aa  667    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  69.56 
 
 		 1128 aa  1110    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  70.21 
 
 		 1015 aa  856    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  59.92 
 
 		 1142 aa  1197    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  72.27 
 
 		 1098 aa  1459    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  68.56 
 
 		 1201 aa  1137    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3507  ribonuclease E  57.96 
 
 		 1216 aa  850    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0058516  normal  0.0230667 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  62.66 
 
 		 1061 aa  685    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  70.46 
 
 		 1131 aa  901    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  100 
 
 		 1128 aa  2270    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>