More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_1339 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 275 aa  570  1e-161  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  82.91 
 
 		 287 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  82.91 
 
 		 287 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  82.91 
 
 		 287 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  81.75 
 
 		 284 aa  476  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  81.45 
 
 		 287 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  82.35 
 
 		 284 aa  471  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  81.75 
 
 		 284 aa  472  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  77.43 
 
 		 293 aa  421  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  76.45 
 
 		 284 aa  419  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  76.49 
 
 		 298 aa  418  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  74.02 
 
 		 285 aa  407  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  73.08 
 
 		 278 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  74.51 
 
 		 273 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  74.41 
 
 		 258 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  55.83 
 
 		 255 aa  297  1e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  55.79 
 
 		 256 aa  296  3e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  55.37 
 
 		 244 aa  291  7e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  55.51 
 
 		 252 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  55.51 
 
 		 256 aa  276  4e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 260 aa  273  3e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  51.22 
 
 		 263 aa  271  7e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  52.67 
 
 		 260 aa  270  2e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  52.67 
 
 		 260 aa  269  5e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  52.67 
 
 		 260 aa  269  5e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  52.67 
 
 		 260 aa  269  5e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  52.67 
 
 		 260 aa  268  5e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  52.67 
 
 		 260 aa  269  5e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  52.67 
 
 		 260 aa  269  5e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  52.67 
 
 		 260 aa  269  5e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  52.67 
 
 		 260 aa  269  5e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  54.66 
 
 		 256 aa  268  5.9999999999999995e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  54.04 
 
 		 261 aa  265  5e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  52.26 
 
 		 260 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  52.79 
 
 		 234 aa  263  2e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  52.1 
 
 		 257 aa  263  3e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  52.1 
 
 		 257 aa  263  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  52.1 
 
 		 257 aa  263  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  51.05 
 
 		 266 aa  263  3e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  51 
 
 		 261 aa  263  3e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  52.26 
 
 		 260 aa  262  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  52.26 
 
 		 260 aa  261  6e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  52.26 
 
 		 260 aa  261  8e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  52.26 
 
 		 260 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  50.63 
 
 		 261 aa  259  2e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  52.32 
 
 		 256 aa  259  2e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  49.37 
 
 		 265 aa  250  2e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  41.86 
 
 		 304 aa  249  3e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  47.13 
 
 		 252 aa  241  1e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 270 aa  238  9e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  47.79 
 
 		 250 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  47.03 
 
 		 241 aa  231  8.000000000000001e-60  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  45.31 
 
 		 245 aa  221  9e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  46.61 
 
 		 242 aa  221  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  43.92 
 
 		 648 aa  217  2e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  47.68 
 
 		 244 aa  215  8e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  46.22 
 
 		 245 aa  213  3.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  44.94 
 
 		 249 aa  203  2e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  45.34 
 
 		 228 aa  203  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  42.55 
 
 		 225 aa  202  6e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  44.07 
 
 		 261 aa  201  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  44.21 
 
 		 235 aa  195  7e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  45.73 
 
 		 246 aa  192  5e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 242 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  40.98 
 
 		 319 aa  185  7e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  42.92 
 
 		 277 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  42.68 
 
 		 258 aa  178  8e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 268 aa  176  4e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  44.02 
 
 		 268 aa  175  6e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  39.58 
 
 		 238 aa  160  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  37.08 
 
 		 253 aa  145  9e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  36.97 
 
 		 560 aa  125  5e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  34.04 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  35.32 
 
 		 399 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  35.86 
 
 		 339 aa  116  5e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.91 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  34.04 
 
 		 329 aa  116  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  37.25 
 
 		 200 aa  116  5e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.08 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.62 
 
 		 307 aa  115  6e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  34.25 
 
 		 362 aa  115  7.999999999999999e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  33.46 
 
 		 306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  33.46 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  35.59 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.6 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  32.39 
 
 		 320 aa  113  3e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  32.89 
 
 		 238 aa  113  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  35.44 
 
 		 329 aa  113  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.92 
 
 		 321 aa  112  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.88 
 
 		 328 aa  112  9e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.11 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  30.42 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  33.77 
 
 		 339 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.76 
 
 		 322 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  31.17 
 
 		 226 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1435  RNA pseudouridine synthase family protein  29.18 
 
 		 252 aa  108  7.000000000000001e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.540473  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.34 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.61 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  33.07 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.93 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>