116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_1113 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1113  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  100 
 
 
285 aa  592  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0490976  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1197  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  75.91 
 
 
280 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1230  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  75.91 
 
 
280 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.706376  normal  0.528023 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1153  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  75.55 
 
 
280 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.010967  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  75.55 
 
 
280 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.53281  normal  0.164322 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2981  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  73.74 
 
 
279 aa  442  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000243248  normal  0.0301328 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3078  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  73.19 
 
 
279 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000214385  hitchhiker  0.00000717465 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2899  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  72.66 
 
 
279 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000719078  hitchhiker  0.00146676 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1294  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  73.36 
 
 
275 aa  421  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0968  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  48.75 
 
 
277 aa  289  3e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000856039  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2825  methyltransferase type 11  48.9 
 
 
274 aa  287  1e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000588613  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1005  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  50 
 
 
274 aa  285  5e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000007859  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1081  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  46.78 
 
 
298 aa  281  7.000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00250599  normal  0.0321173 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2987  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  47.87 
 
 
280 aa  275  4e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.476596  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1162  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  45.67 
 
 
292 aa  262  6e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000132162  normal  0.0179239 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0832  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  35.14 
 
 
271 aa  186  4e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000147805  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2820  23S rRNA methyltransferase A  33.82 
 
 
273 aa  162  6e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00132792  decreased coverage  0.0000238774 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2214  23S rRNA methyltransferase A  34.55 
 
 
276 aa  157  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000260079  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1921  23S rRNA methyltransferase A  34.3 
 
 
276 aa  156  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000726719  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2376  23S rRNA methyltransferase A  32.73 
 
 
279 aa  154  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  9.47252e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1660  23S rRNA methyltransferase A  32.73 
 
 
279 aa  154  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000847833  normal  0.340035 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2472  23S rRNA methyltransferase A  32.73 
 
 
279 aa  154  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.339553  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2026  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  33.94 
 
 
274 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002905  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  31.27 
 
 
275 aa  152  8e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1589  23S rRNA methyltransferase A  33.21 
 
 
278 aa  150  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.972827  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1978  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  31.64 
 
 
270 aa  147  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000355132  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2181  23S rRNA methyltransferase A  30.18 
 
 
269 aa  146  5e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1821  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  30.07 
 
 
269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000864083  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2391  23S rRNA methyltransferase A  31.91 
 
 
286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0129084  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1912  23S rRNA methyltransferase A  30.07 
 
 
269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118014  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2087  23S rRNA methyltransferase A  30.07 
 
 
269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000369097  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01792  23S rRNA m1G745 methyltransferase  30.07 
 
 
269 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000732176  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1810  23S rRNA methyltransferase A  30.07 
 
 
269 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00511797  normal  0.361683 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01780  hypothetical protein  30.07 
 
 
269 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000118677  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1367  23S rRNA methyltransferase A  29.71 
 
 
269 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000667026  normal  0.0197956 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2049  23S rRNA methyltransferase A  29.71 
 
 
269 aa  137  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000258454  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2552  23S rRNA methyltransferase A  30.07 
 
 
269 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000580084  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03053  23S rRNA methyltransferase A  28.36 
 
 
317 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1692  23S rRNA methyltransferase A  29.45 
 
 
273 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.653904  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1979  23S rRNA methyltransferase A  30.47 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3309  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  30.52 
 
 
272 aa  126  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.260983  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1296  23S rRNA methyltransferase A  30.58 
 
 
269 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000629617  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1975  23S rRNA methyltransferase A  30.58 
 
 
269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.771839  normal  0.348646 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2036  23S rRNA methyltransferase A  30.58 
 
 
269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.36695  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1480  23S rRNA methyltransferase A  30.58 
 
 
269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.494279  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2615  Methyltransferase type 11  27.5 
 
 
282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3174  23S rRNA methyltransferase A  28.47 
 
 
277 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1971  23S rRNA methyltransferase A  32.26 
 
 
279 aa  122  6e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  normal  0.0234483 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01907  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  29.15 
 
 
290 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0387238  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3178  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, putative  30.39 
 
 
283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.778846  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1475  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 
294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2570  23S rRNA methyltransferase A  28.47 
 
 
271 aa  112  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.69516  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3381  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  28.21 
 
 
282 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.717643  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2286  23S rRNA methyltransferase A  25.98 
 
 
282 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1334  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  28.52 
 
 
283 aa  108  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49390  rRNA methyltransferase  30.53 
 
 
267 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0600503  normal  0.756715 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2615  23S rRNA methyltransferase A  26.02 
 
 
271 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00654791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4218  rRNA methyltransferase  30.15 
 
 
267 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1704  23S rRNA methyltransferase A  27.37 
 
 
271 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000062625  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2408  23S rRNA methyltransferase A  28.26 
 
 
271 aa  106  6e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0949625  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1059  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, putative  30.36 
 
 
282 aa  105  7e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.896037 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2478  23S rRNA methyltransferase A  28 
 
 
271 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.452942  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0491  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  30.28 
 
 
294 aa  104  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2660  23S rRNA methyltransferase A  27.37 
 
 
271 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000543045  hitchhiker  0.00521689 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1707  23S rRNA methyltransferase A  27.01 
 
 
271 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000156407  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2788  23S rRNA methyltransferase A  28.16 
 
 
271 aa  103  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2486  23S rRNA methyltransferase A  27.94 
 
 
268 aa  102  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.228527  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1087  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  28.51 
 
 
269 aa  102  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.162642  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1451  SAM-dependent methyltransferase  27.31 
 
 
271 aa  101  2e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1524  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  27.27 
 
 
270 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.222392 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2051  23S rRNA methyltransferase A  25.3 
 
 
274 aa  100  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0639711  normal  0.0300998 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3067  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  27.08 
 
 
270 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.254244  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4095  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  27.27 
 
 
270 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.149378  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4200  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  26.28 
 
 
270 aa  99  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244001  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1522  rRNA large subunit methyltransferase A, putative  27.31 
 
 
269 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1330  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  26.91 
 
 
269 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.236151  normal  0.0256907 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1747  23S rRNA methyltransferase A  26.64 
 
 
271 aa  98.2  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00290496  normal  0.326236 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1129  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  27.8 
 
 
270 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1571  23S rRNA methyltransferase A  25.9 
 
 
271 aa  96.3  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39160  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  27.57 
 
 
267 aa  92  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0579  methyltransferase type 11  25.09 
 
 
285 aa  90.9  2e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1753  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  28.26 
 
 
285 aa  90.5  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1613  23S rRNA methyltransferase A  24.47 
 
 
270 aa  89.4  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0846237  hitchhiker  0.00925315 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0279  hypothetical protein  28.03 
 
 
302 aa  87.4  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000809235  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0404  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  27.64 
 
 
277 aa  87  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1778  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, putative  26.94 
 
 
283 aa  84  0.000000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0560  methyltransferase  26.95 
 
 
289 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.199813  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1980  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  24.8 
 
 
309 aa  78.6  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369275  normal  0.0666116 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2050  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  25.27 
 
 
313 aa  77.4  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0138  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  25.8 
 
 
320 aa  77  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2637  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  27.78 
 
 
279 aa  76.6  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0727904  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2374  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  25.27 
 
 
313 aa  75.9  0.0000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.983483  normal  0.777299 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3307  Methyltransferase type 11  25.27 
 
 
300 aa  75.5  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1348  Methyltransferase type 11  26.51 
 
 
287 aa  75.5  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0109621  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1634  putative ribosomal RNA methyltransferase  27 
 
 
259 aa  74.7  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0187  type 11 methyltransferase  24.18 
 
 
276 aa  72.4  0.000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0509  methyltransferase type 12  24.38 
 
 
326 aa  72  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.232418  normal  0.294126 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1934  Methyltransferase type 11  28.49 
 
 
292 aa  71.6  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000111117 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2254  SAM-dependent methyltransferase  24.54 
 
 
273 aa  69.7  0.00000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.622904  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1816  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  24.8 
 
 
277 aa  69.3  0.00000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>