More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0650 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0650  two component transcriptional regulator  100 
 
 
224 aa  460  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  4.93918e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3692  two component transcriptional regulator, winged helix family  95.09 
 
 
224 aa  438  1e-122  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0674602  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0615  two component transcriptional regulator  95.48 
 
 
224 aa  437  1e-122  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0124209  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0576  two component transcriptional regulator  95.09 
 
 
224 aa  438  1e-122  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00494054  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3749  two component transcriptional regulator  95.09 
 
 
224 aa  438  1e-122  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.545663  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3875  two component transcriptional regulator  94.64 
 
 
224 aa  437  1e-122  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000900168  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3414  two component transcriptional regulator  95.02 
 
 
224 aa  436  1e-122  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00145574  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0616  two component transcriptional regulator  95.02 
 
 
224 aa  436  1e-122  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0199047  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0622  DNA-binding response regulator  94.57 
 
 
224 aa  434  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3294  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  85.71 
 
 
224 aa  404  1e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0118223  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0583  two component transcriptional regulator  85.97 
 
 
224 aa  399  1e-110  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0841609  normal  0.467543 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3006  response regulator receiver protein  85.52 
 
 
224 aa  394  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0347664  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3511  two component transcriptional regulator  85.71 
 
 
224 aa  396  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  6.99106e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3875  two component transcriptional regulator  85.52 
 
 
224 aa  396  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  7.54116e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0660  two component transcriptional regulator  84.62 
 
 
224 aa  393  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  2.59813e-05  hitchhiker  2.70487e-05 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1995  two component transcriptional regulator  52.49 
 
 
222 aa  230  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28580  Response regulator  52.49 
 
 
221 aa  228  7e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0312  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 
221 aa  225  4e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 
222 aa  224  9e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  49.55 
 
 
222 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1787  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 
222 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.132601  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3349  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 
222 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2347  winged helix family two component transcriptional regulator  50.45 
 
 
222 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  3.02018e-05 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.1 
 
 
222 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1354  two comoponent transcriptional regulator  49.32 
 
 
219 aa  222  3e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.12417  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29730  putative two-component response regulator  49.77 
 
 
223 aa  216  3e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2543  putative two-component response regulator  49.77 
 
 
223 aa  216  3e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0177943  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3772  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 
222 aa  215  4e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.701851  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4487  DNA-binding response regulator  49.08 
 
 
220 aa  215  4e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0242  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 
219 aa  214  9e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0239  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 
219 aa  214  9e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0357  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 
219 aa  214  1e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0124  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 
221 aa  214  1e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0239  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 
219 aa  213  2e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0245  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.62 
 
 
219 aa  213  2e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000117592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3781  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 
220 aa  209  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0240  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 
220 aa  209  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  3.9366e-07 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0241  two component transcriptional regulator  47.71 
 
 
220 aa  209  4e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.69962e-09 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1913  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.87 
 
 
221 aa  205  4e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.96 
 
 
220 aa  204  9e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3060  two component transcriptional regulator  44.8 
 
 
223 aa  203  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 
221 aa  195  4e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  45.21 
 
 
227 aa  193  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 
224 aa  193  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.29 
 
 
225 aa  191  5e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.75 
 
 
225 aa  191  6e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.29 
 
 
225 aa  191  9e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  44.29 
 
 
225 aa  191  9e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  44.5 
 
 
225 aa  190  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  43.89 
 
 
224 aa  190  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0004  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 
223 aa  189  2e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  1.17037e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  45.62 
 
 
223 aa  189  3e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.84 
 
 
224 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 
220 aa  188  4e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  43.84 
 
 
223 aa  188  4e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 
220 aa  187  9e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  46.46 
 
 
223 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  43.84 
 
 
224 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.74 
 
 
227 aa  186  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  45.16 
 
 
224 aa  187  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 
257 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 
223 aa  186  4e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  44.7 
 
 
221 aa  184  1e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0630  two component transcriptional regulator  43.32 
 
 
223 aa  183  2e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  5.49408e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.7 
 
 
223 aa  183  2e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  44.34 
 
 
226 aa  182  2e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 
222 aa  182  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 
225 aa  182  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 
221 aa  182  4e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  43.32 
 
 
230 aa  181  7e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 
229 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 
227 aa  181  1e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  41.63 
 
 
221 aa  180  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.78 
 
 
223 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  44.39 
 
 
227 aa  181  1e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.74 
 
 
221 aa  179  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  42.4 
 
 
229 aa  179  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.38 
 
 
236 aa  179  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  42.4 
 
 
229 aa  179  3e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4239  two component transcriptional regulator  42.4 
 
 
220 aa  179  3e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0202421  normal  0.361244 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2735  two component transcriptional regulator  43.24 
 
 
219 aa  178  6e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  41.47 
 
 
225 aa  178  7e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  39.19 
 
 
221 aa  177  9e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  44.75 
 
 
223 aa  177  1e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5573  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 
221 aa  177  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.106335 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.27 
 
 
221 aa  176  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  42.27 
 
 
221 aa  176  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  43.78 
 
 
225 aa  176  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1039  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.01 
 
 
222 aa  176  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232578  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.27 
 
 
224 aa  176  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  45.62 
 
 
226 aa  176  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1287  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 
221 aa  175  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00449543  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 
221 aa  174  7e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3217  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 
221 aa  174  7e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164246  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1602  two component transcriptional regulator  45.62 
 
 
223 aa  173  1e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.389685 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3815  two component transcriptional regulator  42.4 
 
 
219 aa  174  1e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.681737  normal  0.25062 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3088  two component transcriptional regulator  42.4 
 
 
219 aa  173  2e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  41.94 
 
 
222 aa  173  2e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 
220 aa  172  3e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003784  two-component system response regulator QseB  38.71 
 
 
219 aa  172  3e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000147394  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>