More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0367 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0367  two component transcriptional regulator  100 
 
 
228 aa  455  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000100212  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4477  transcriptional regulatory protein CpxR  96.93 
 
 
228 aa  389  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0256  two component transcriptional regulator, winged helix family  96.05 
 
 
228 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000272342  decreased coverage  0.0000106333 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0252  two component transcriptional regulator  96.49 
 
 
228 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000571082  hitchhiker  0.000346333 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3769  two component transcriptional regulator  96.49 
 
 
228 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000556998  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0253  two component transcriptional regulator  96.49 
 
 
228 aa  387  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000454029  hitchhiker  0.00000000189127 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0261  two component transcriptional regulator  96.05 
 
 
228 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000347248  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0254  two component transcriptional regulator  95.61 
 
 
228 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000326652  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0261  two component transcriptional regulator  95.61 
 
 
228 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000361731  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  80.26 
 
 
228 aa  371  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  79.82 
 
 
227 aa  340  1e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  78.07 
 
 
227 aa  332  4e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  77.83 
 
 
226 aa  331  5e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  75.77 
 
 
228 aa  323  1e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  78.95 
 
 
227 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  76.65 
 
 
227 aa  318  6e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.77 
 
 
232 aa  269  2e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.33 
 
 
232 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  57.71 
 
 
229 aa  267  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  56.39 
 
 
229 aa  264  8e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  57.46 
 
 
232 aa  254  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4346  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  57.46 
 
 
232 aa  254  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.591439  hitchhiker  0.0000000817459 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  57.46 
 
 
232 aa  254  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  57.46 
 
 
232 aa  254  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4390  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  57.46 
 
 
232 aa  254  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  56.89 
 
 
228 aa  253  2.0000000000000002e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4810  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  57.02 
 
 
232 aa  253  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03798  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CpxA  57.46 
 
 
232 aa  253  3e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4072  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.46 
 
 
232 aa  253  3e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.476785  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  57.46 
 
 
232 aa  253  3e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0517203  normal  0.0145886 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5367  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  57.46 
 
 
232 aa  253  3e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4143  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  57.46 
 
 
232 aa  253  3e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4446  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  57.46 
 
 
232 aa  253  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4105  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  57.46 
 
 
232 aa  253  3e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393063  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03747  hypothetical protein  57.46 
 
 
232 aa  253  3e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0830559  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4392  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  57.46 
 
 
232 aa  253  3e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0081  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.33 
 
 
232 aa  252  4.0000000000000004e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0084  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.33 
 
 
232 aa  252  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.601085  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4132  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.33 
 
 
232 aa  252  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000494358  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4060  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  56.14 
 
 
232 aa  249  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000252632  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4033  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  55.7 
 
 
232 aa  248  5e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3850  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  55.7 
 
 
232 aa  248  5e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.308855  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  56.77 
 
 
228 aa  248  6e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  54.19 
 
 
238 aa  244  6e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  55.51 
 
 
227 aa  236  3e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000288823  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  53.33 
 
 
226 aa  232  4.0000000000000004e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  53.33 
 
 
226 aa  232  4.0000000000000004e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  51.75 
 
 
235 aa  222  4e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31150  Response regulator  49.55 
 
 
249 aa  220  9.999999999999999e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.152443  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.34 
 
 
235 aa  219  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  48.92 
 
 
231 aa  216  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 
222 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  48.05 
 
 
233 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  46.29 
 
 
232 aa  209  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2970  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 
230 aa  208  5e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.068725 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  48.91 
 
 
242 aa  207  8e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  47.79 
 
 
230 aa  207  9e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  48.68 
 
 
247 aa  206  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2572  two component transcriptional regulator  46.19 
 
 
230 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.186253 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  47.58 
 
 
231 aa  206  3e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3372  winged helix family two component transcriptional regulator  46.46 
 
 
233 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690812  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_003296  RS03088  two-component response regulator transcription regulator protein  46.88 
 
 
246 aa  201  8e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.25081 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  44.49 
 
 
229 aa  201  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2386  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 
253 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.3038  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4009  two component transcriptional regulator  47.58 
 
 
225 aa  197  9e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.597595  hitchhiker  0.0000110419 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3793  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.61 
 
 
229 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4503  winged helix family two component transcriptional regulator  48.25 
 
 
225 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390062  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1483  two component transcriptional regulator  47.14 
 
 
225 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0288957  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1408  two component transcriptional regulator  48.25 
 
 
225 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0248977  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.2 
 
 
228 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3792  two component transcriptional regulator  46.7 
 
 
225 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000277452 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  48 
 
 
234 aa  193  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  48 
 
 
234 aa  193  2e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 
245 aa  192  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6517  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.64 
 
 
228 aa  192  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0325894 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1922  putative two-component response regulator  46.7 
 
 
225 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3452  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 
226 aa  192  5e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186092 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3589  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.81 
 
 
225 aa  191  8e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110518  normal  0.715571 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22760  putative two-component response regulator  46.7 
 
 
225 aa  190  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0539892 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1831  two component transcriptional regulator  48.09 
 
 
225 aa  191  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.989444  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0771  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.44 
 
 
226 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000423816  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  41.23 
 
 
228 aa  189  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3275  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 
232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000116561  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1806  DNA-binding response regulator  45.81 
 
 
225 aa  188  5e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3195  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.7 
 
 
226 aa  188  5e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1624  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.6 
 
 
278 aa  187  1e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  47.56 
 
 
223 aa  186  2e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.61 
 
 
235 aa  186  3e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0704  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.09 
 
 
226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.710027 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1008  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.99 
 
 
226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.75 
 
 
231 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 
229 aa  182  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  43.17 
 
 
230 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4562  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 
247 aa  180  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.488322  normal  0.0982939 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15610  Response regulator, transciptional regulatory protein  44.93 
 
 
225 aa  180  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0572115  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  43.23 
 
 
229 aa  179  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  41.45 
 
 
241 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06763  transcriptional regulatory protein CpxR  43.83 
 
 
221 aa  177  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  41.45 
 
 
241 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1321  two component transcriptional regulator  41.05 
 
 
234 aa  177  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0200617  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>