198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_R0013 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012912  Dd1591_R0089  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  149  1e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2801  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  149  1e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.58752e-10  normal  0.102156 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0082  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  149  1e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000798848  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0007  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  149  1e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000568475  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0007  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  149  1e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  3.13428e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4287  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  149  1e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.14711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0013  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  149  1e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.81775e-06  normal  0.0204352 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0007  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  149  1e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  1.40906e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0107  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  4.60652e-06  hitchhiker  0.00217641 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4473  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  7.78472e-05  hitchhiker  0.000364054 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1180  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  9.95593e-08  hitchhiker  7.87361e-13 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0490  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.826084  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5102  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  6.1566e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4719  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.20782e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly01  tRNA-Gly  97.33 
 
 
78 bp  133  6e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  5.88593e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0005  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  4.91266e-06  normal  0.390681 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2721  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  2.23193e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4426  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  7.39048e-11  hitchhiker  4.76038e-05 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4695  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.29308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5443  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.14766e-09  hitchhiker  0.00132893 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4386  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  1.13588e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4476  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  3.8079e-06  hitchhiker  7.85716e-15 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4550  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  3.45033e-06  hitchhiker  1.21992e-12 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna007  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0698  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00121364  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna050  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  6.72543e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00076  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  4.23625e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4354  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  3.04012e-08  normal  0.98071 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0092  tRNA-Gly  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.54336e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06159  tRNA-Gly  97.22 
 
 
72 bp  127  4e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00235  tRNA-Gly  97.22 
 
 
72 bp  127  4e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1121t  tRNA-OTHER  100 
 
 
69 bp  125  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5034  tRNA-Gly  94.67 
 
 
75 bp  117  4e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.616369  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  94.67 
 
 
75 bp  117  4e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0013  tRNA-Gly  94.67 
 
 
75 bp  117  4e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  3.16853e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3206t  tRNA-OTHER  95.59 
 
 
72 bp  111  2e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0593259  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0076  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  109  9e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  3.90983e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0012  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  109  9e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02828  tRNA-Gly  98.25 
 
 
72 bp  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06802  tRNA-Gly  98.25 
 
 
72 bp  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1112t  tRNA-Gly  98.25 
 
 
72 bp  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2053  tRNA-OTHER  96.55 
 
 
68 bp  99.6  9e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  4.1496e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0024  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0781725  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0025  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2036  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.555629  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0025  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.633427  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3118  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2577  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0025  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.458906 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3055  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.379519  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1514  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0267785  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0061  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.944304  normal  0.76215 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3090  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.20543  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0744  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0008  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0353733  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0356  tRNA-Gly  90.28 
 
 
72 bp  87.7  3e-16  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.192081  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0033  tRNA-Gly  90.28 
 
 
72 bp  87.7  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.544366 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  96.15 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  1.10087e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0125  tRNA-Gly  90.67 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  1.08683e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0012  tRNA-Gly  90.67 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  4.71876e-08  hitchhiker  8.7686e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0014  tRNA-Gly  90.67 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  3.23957e-08  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t007  tRNA-Gly  90.67 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0106  tRNA-Gly  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  2.81433e-05  hitchhiker  2.00758e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0014  tRNA-Gly  90.67 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  8.37111e-05  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0014  tRNA-Gly  90.67 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.52588e-10  normal  0.0241581 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0002  tRNA-Gly  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  2.64392e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0047  tRNA-Gly  94.44 
 
 
75 bp  83.8  5e-15  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  94.23 
 
 
74 bp  79.8  8e-14  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  3.18176e-05  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  94.23 
 
 
74 bp  79.8  8e-14  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  94.23 
 
 
74 bp  79.8  8e-14  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  94.23 
 
 
74 bp  79.8  8e-14  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  94.23 
 
 
74 bp  79.8  8e-14  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  94.23 
 
 
74 bp  79.8  8e-14  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.97964e-10  hitchhiker  8.95065e-06 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0007  tRNA-Gly  94.23 
 
 
74 bp  79.8  8e-14  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  1.0318e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  94.23 
 
 
74 bp  79.8  8e-14  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  2.23228e-11  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  94.23 
 
 
74 bp  79.8  8e-14  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  94.23 
 
 
74 bp  79.8  8e-14  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  1.11768e-07  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  79.8  8e-14  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0005  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  77.8  3e-13  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309344  tRNA-Gly  93.88 
 
 
71 bp  73.8  5e-12  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  93.88 
 
 
71 bp  73.8  5e-12  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309190  tRNA-Gly  93.88 
 
 
71 bp  73.8  5e-12  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.179054  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  93.88 
 
 
71 bp  73.8  5e-12  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  1.95442e-07 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0017  tRNA-Gly  93.88 
 
 
71 bp  73.8  5e-12  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.162954  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  97.5 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0071  tRNA-Gly  97.5 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  2.2788e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0032  tRNA-Gly  97.5 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  5.07298e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  97.5 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  93.75 
 
 
71 bp  71.9  2e-11  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  2.14078e-07  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0032  tRNA-Gly  97.5 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  4.35638e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0071  tRNA-Gly  97.5 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  4.47795e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  97.5 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  6.69742e-06 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  97.5 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  97.5 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  97.5 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  97.5 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  97.5 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0046  tRNA-Gly  86.67 
 
 
75 bp  69.9  8e-11  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0131  tRNA-Gly  88 
 
 
74 bp  69.9  8e-11  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  5.37425e-11  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>