More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_4507 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_4507  putative ribosome maturation factor  100 
 
 
189 aa  388  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000123843  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3785  SUA5/yciO/yrdC domain protein  73.02 
 
 
189 aa  299  2e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000349894  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3964  SUA5/yciO/yrdC domain protein  71.43 
 
 
189 aa  292  2e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3878  putative ribosome maturation factor  70.97 
 
 
190 aa  286  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.21724e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0621  putative ribosome maturation factor  70.97 
 
 
190 aa  286  1e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.35377e-07  normal  0.0218454 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0320  putative ribosome maturation factor  70.97 
 
 
190 aa  286  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00340055  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0443  SUA5/yciO/yrdC domain protein  68.78 
 
 
189 aa  276  2e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0414266  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0360  SUA5/yciO/yrdC domain protein  69.31 
 
 
190 aa  273  1e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00353678  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3765  putative ribosome maturation factor  71.19 
 
 
205 aa  263  8e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.51499e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3667  putative ribosome maturation factor  71.19 
 
 
205 aa  263  8e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.09494e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3578  putative ribosome maturation factor  71.19 
 
 
190 aa  263  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000356689  normal  0.210928 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4605  putative ribosome maturation factor  71.19 
 
 
190 aa  263  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00037483  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0431  putative ribosome maturation factor  71.19 
 
 
190 aa  263  1e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000651725  hitchhiker  0.00293146 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03133  predicted ribosome maturation factor  71.19 
 
 
190 aa  263  1e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00993988  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0431  SUA5/yciO/yrdC domain protein  71.19 
 
 
190 aa  263  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.49236e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03084  hypothetical protein  71.19 
 
 
190 aa  263  1e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.017933  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3476  putative ribosome maturation factor  71.19 
 
 
205 aa  263  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.39267e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3714  putative ribosome maturation factor  69.49 
 
 
200 aa  261  3e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0011772  normal  0.0258765 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3671  putative ribosome maturation factor  67.8 
 
 
190 aa  251  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0413921  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3769  putative ribosome maturation factor  67.23 
 
 
190 aa  250  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124598  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3598  putative ribosome maturation factor  67.23 
 
 
190 aa  250  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  3.92621e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3599  putative ribosome maturation factor  67.23 
 
 
190 aa  250  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165088  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3706  putative ribosome maturation factor  67.23 
 
 
190 aa  250  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00895861  normal  0.0457985 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0417  hypothetical protein  62.92 
 
 
198 aa  241  5e-63  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002065  YrdC family protein  57.14 
 
 
185 aa  221  4e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.694724  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00384  translation factor  55.49 
 
 
185 aa  219  3e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.33 
 
 
185 aa  213  2e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268227  normal  0.36574 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0082  hypothetical protein  56.42 
 
 
185 aa  209  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.687702  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3730  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  55.37 
 
 
185 aa  205  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0238268  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2466  Sua5/YciO/YrdC family protein  56.74 
 
 
188 aa  206  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00622558  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00027  putative double-stranded RNA-binding protein with unique protein fold, with YrdC/RibB domain  53.67 
 
 
201 aa  203  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0007  Sua5 family translation factor  52.22 
 
 
192 aa  201  7e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0041  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.57 
 
 
185 aa  197  1e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00240763  normal  0.264838 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0028  SUA5/yciO/yrdC-like  54.44 
 
 
187 aa  195  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0037  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  55.88 
 
 
187 aa  195  4e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0032  translation factor SUA5  50.83 
 
 
188 aa  191  6e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.86833  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0034  translation factor SUA5  50.83 
 
 
188 aa  191  6e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.12599  hitchhiker  0.00900731 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.84 
 
 
188 aa  190  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0040  translation factor SUA5  50.28 
 
 
188 aa  189  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.123848  hitchhiker  4.48294e-06 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0029  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.84 
 
 
188 aa  189  3e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.864856  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0032  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.28 
 
 
188 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.28 
 
 
188 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  7.7729e-08 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0029  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  52.35 
 
 
188 aa  186  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.480067  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.28 
 
 
188 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.28 
 
 
188 aa  185  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121984 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0190  putative translation factor, SUA5/YciO/YrdC-like protein  59.52 
 
 
190 aa  184  6e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0049  SUA5/YciO/YrdC-like protein  52.94 
 
 
190 aa  183  1e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.251569 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2864  SUA5/yciO/yrdC-like protein  53.41 
 
 
185 aa  183  2e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0029  SUA5/yciO/yrdC-like protein  50.59 
 
 
188 aa  181  5e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00284591  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0027  putative RNA-binding protein  48.31 
 
 
183 aa  178  4e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.667549  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0072  ribosome maturation factor  46.63 
 
 
191 aa  170  9e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3592  SUA5/yciO/yrdC domain  48.3 
 
 
196 aa  166  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.423964  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00200  RNA binding yrdC protein  51.41 
 
 
185 aa  164  7e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0077597  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2825  putative translation factor, SUA5/yciO/yrdC-like  47.98 
 
 
185 aa  163  2e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  8.09913e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0347  SUA5/yciO/yrdC-like protein  47.67 
 
 
180 aa  161  4e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0058  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  53.57 
 
 
185 aa  161  5e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2278  SUA5/yciO/yrdC domain protein  44.79 
 
 
197 aa  159  3e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.940208  normal  0.0280741 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00240  hypothetical protein  51.19 
 
 
185 aa  157  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1870  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  44.74 
 
 
209 aa  157  1e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1935  hypothetical protein  44.74 
 
 
209 aa  157  1e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0024  translation factor SUA5  47.22 
 
 
191 aa  157  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2838  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.59 
 
 
186 aa  156  2e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0023  hypothetical protein  51.19 
 
 
185 aa  155  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.841685  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2328  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.85 
 
 
191 aa  154  7e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04048  Sua5/YciO/YrdC family protein  45.56 
 
 
187 aa  152  4e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0174  SUA5/yciO/yrdC family domain protein  50 
 
 
185 aa  151  5e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0070  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.82 
 
 
185 aa  150  9e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0492893  hitchhiker  7.66437e-06 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0022  SUA5/yciO/yrdC, N-terminal  49.41 
 
 
185 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2460  translation factor SUA5  45.35 
 
 
188 aa  149  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  48.24 
 
 
185 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.592452 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0083  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.05 
 
 
186 aa  149  3e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00103971  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2103  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.05 
 
 
186 aa  148  5e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.345955  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  47.65 
 
 
185 aa  147  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.835524  hitchhiker  7.33254e-14 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2633  SUA5/yciO/yrdC-like protein  46.59 
 
 
190 aa  147  9e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106917  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0089  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  47.65 
 
 
185 aa  146  1e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.314093  hitchhiker  5.10467e-06 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0046  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  46.15 
 
 
190 aa  146  2e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0020  SUA5/yciO/yrdC-like  47.62 
 
 
185 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.04623e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0019  SUA5/yciO/yrdC-like  44.71 
 
 
186 aa  139  3e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2091  SUA5/yciO/yrdC domain protein  44.97 
 
 
185 aa  135  5e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0858595  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0732  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  41.71 
 
 
185 aa  130  8e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1909  SUA5/yciO/yrdC domain  39.88 
 
 
186 aa  123  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2262  Sua5/YciO/YrdC family protein  39.88 
 
 
186 aa  123  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2134  hypothetical protein  37.5 
 
 
214 aa  116  2e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.437121 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2462  SUA5/yciO/yrdC-like  38.89 
 
 
214 aa  114  1e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.303461 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3463  translation factor SUA5  43.61 
 
 
211 aa  99.8  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0993793  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2993  SUA5/YciO/YrdC family translation initiation protein  37.24 
 
 
315 aa  95.5  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2376  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  30.13 
 
 
262 aa  94.4  8e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1843  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.82 
 
 
203 aa  94  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0134  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.96 
 
 
193 aa  94  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.17546 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1564  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  27.5 
 
 
204 aa  93.6  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.0349e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2968  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.27 
 
 
202 aa  92  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000158338 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1315  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.27 
 
 
202 aa  91.7  5e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00367963  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2757  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.81 
 
 
225 aa  92  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1782  translation factor SUA5  35.25 
 
 
337 aa  91.7  6e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0067  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.39 
 
 
338 aa  90.9  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0048533  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2168  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.33 
 
 
207 aa  90.5  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.426518  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2257  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.33 
 
 
207 aa  90.5  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1596  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  30.12 
 
 
203 aa  89.7  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1789  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  28.65 
 
 
202 aa  89.7  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4181  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.69 
 
 
343 aa  90.1  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  8.33844e-08  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>