More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_4412 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  57.25 
 
 		 646 aa  762    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.25 
 
 		 646 aa  762    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  63.95 
 
 		 637 aa  870    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3836  regulatory protein CsrD  60.8 
 
 		 648 aa  800    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00572517  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  56.81 
 
 		 646 aa  763    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  55.88 
 
 		 646 aa  772    Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  56.84 
 
 		 646 aa  743    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  64.11 
 
 		 638 aa  877    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  63.99 
 
 		 645 aa  824    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  100 
 
 		 643 aa  1311    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  56.84 
 
 		 646 aa  743    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  56.94 
 
 		 646 aa  758    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  57.1 
 
 		 646 aa  760    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  63.99 
 
 		 645 aa  827    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  57.25 
 
 		 646 aa  762    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  56.84 
 
 		 646 aa  743    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  56.68 
 
 		 646 aa  739    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  56.94 
 
 		 646 aa  760    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  64.11 
 
 		 638 aa  876    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  57.25 
 
 		 646 aa  762    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  56.84 
 
 		 646 aa  743    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  61.09 
 
 		 640 aa  804    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  57.25 
 
 		 646 aa  762    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  35.58 
 
 		 673 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  33.33 
 
 		 676 aa  387  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  32.39 
 
 		 669 aa  381  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  34.12 
 
 		 661 aa  374  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  31.44 
 
 		 634 aa  317  6e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  30.88 
 
 		 631 aa  314  3.9999999999999997e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  30.06 
 
 		 636 aa  303  7.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  30.22 
 
 		 636 aa  301  2e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  30.06 
 
 		 636 aa  301  3e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  29.98 
 
 		 635 aa  296  9e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  29.48 
 
 		 647 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  29.63 
 
 		 647 aa  291  3e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  29.39 
 
 		 647 aa  291  4e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  29.39 
 
 		 647 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  28.07 
 
 		 657 aa  280  7e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  30.08 
 
 		 636 aa  276  8e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  28.64 
 
 		 636 aa  268  2e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  27.69 
 
 		 636 aa  268  2e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  30.07 
 
 		 637 aa  260  4e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  27.99 
 
 		 635 aa  252  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.64 
 
 		 642 aa  152  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.97 
 
 		 648 aa  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.41 
 
 		 663 aa  150  6e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.56 
 
 		 634 aa  140  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.56 
 
 		 634 aa  138  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.56 
 
 		 634 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  23.56 
 
 		 634 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.33 
 
 		 634 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  22.71 
 
 		 634 aa  133  9e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.85 
 
 		 634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.11 
 
 		 634 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.85 
 
 		 634 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.8 
 
 		 634 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.95 
 
 		 650 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.84 
 
 		 648 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.79 
 
 		 632 aa  128  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.22 
 
 		 632 aa  127  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.41 
 
 		 650 aa  127  7e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.67 
 
 		 637 aa  125  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.08 
 
 		 634 aa  125  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.11 
 
 		 1021 aa  124  4e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  22.86 
 
 		 646 aa  124  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  27.04 
 
 		 650 aa  124  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.43 
 
 		 638 aa  124  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.6 
 
 		 637 aa  124  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.11 
 
 		 648 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  25.17 
 
 		 648 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.17 
 
 		 648 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.46 
 
 		 642 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.33 
 
 		 645 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  23.08 
 
 		 631 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.48 
 
 		 637 aa  117  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  23.09 
 
 		 634 aa  117  8.999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.47 
 
 		 673 aa  116  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  25.12 
 
 		 1076 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3864  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.35 
 
 		 655 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549958 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.87 
 
 		 1072 aa  115  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  27.91 
 
 		 650 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.85 
 
 		 650 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.93 
 
 		 803 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  23.77 
 
 		 639 aa  112  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2068  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.76 
 
 		 729 aa  112  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0150667 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.95 
 
 		 644 aa  112  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  22.55 
 
 		 639 aa  112  3e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.36 
 
 		 979 aa  110  8.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  25.62 
 
 		 811 aa  110  9.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.38 
 
 		 722 aa  108  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.307073 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.83 
 
 		 928 aa  108  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.11 
 
 		 704 aa  107  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1183  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.23 
 
 		 722 aa  107  5e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.39 
 
 		 704 aa  106  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00325078 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.89 
 
 		 790 aa  106  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.252746  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.04 
 
 		 994 aa  106  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0547  sensory box protein  25.34 
 
 		 1214 aa  105  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.428302  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2213  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.32 
 
 		 742 aa  105  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0024682 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.98 
 
 		 820 aa  105  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  24.89 
 
 		 734 aa  105  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>