More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_4117 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_4117  integrase family protein  100 
 
 		 337 aa  696    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.944065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0401  integrase family protein  96.44 
 
 		 337 aa  674    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.663201  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4048  integrase family protein  52.73 
 
 		 343 aa  351  1e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.900099 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3356  phage integrase family protein  50.15 
 
 		 352 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0710  integrase family protein  46.96 
 
 		 324 aa  282  5.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3686  putative phage integrase  48.06 
 
 		 322 aa  281  9e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4797  phage integrase  36.22 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4530  phage integrase family site specific recombinase  33.44 
 
 		 449 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1421  Phage integrase  34.68 
 
 		 468 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.602834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36590  phage integrase  31.75 
 
 		 415 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.706618  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51650  putative integrase  33.78 
 
 		 426 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000506916  hitchhiker  0.0000630791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4434  phage integrase family site specific recombinase  33.45 
 
 		 427 aa  170  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0001  integrase  32.48 
 
 		 265 aa  152  8.999999999999999e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60140  xerD-like putative integrase  30.23 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000287702  hitchhiker  0.00000000219898 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0743  phage integrase family site specific recombinase  53.26 
 
 		 102 aa  98.6  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2844  integrase family protein  25.24 
 
 		 329 aa  79.3  0.00000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  30.15 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3108  integrase family protein  22.15 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000512092  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3587  integrase family protein  26.27 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  decreased coverage  0.00000000515843  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  22.64 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  22.64 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  27.32 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  27.32 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  29.14 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  25.68 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  27.15 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  26.04 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.17 
 
 		 300 aa  65.5  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  29.3 
 
 		 307 aa  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  23.76 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.93 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  26.16 
 
 		 293 aa  63.9  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  26.94 
 
 		 429 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  28.24 
 
 		 303 aa  63.9  0.000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.42 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.38 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  24.58 
 
 		 309 aa  63.5  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00070  putative site-specific recombinase  24.51 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3445  integrase family protein  25.87 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  25.94 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0018  site-specific tyrosine recombinase XerS  24.84 
 
 		 358 aa  62.8  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000485096  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  26.52 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3697  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.17 
 
 		 328 aa  62.8  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  25.83 
 
 		 293 aa  62.4  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5530  site-specific tyrosine recombinase XerS  24.18 
 
 		 357 aa  62.4  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.267916  hitchhiker  0.00142122 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  26.1 
 
 		 300 aa  62  0.00000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  28.7 
 
 		 302 aa  62  0.00000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  23.1 
 
 		 297 aa  62  0.00000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.45 
 
 		 311 aa  62.4  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  23.3 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5304  site-specific recombinase, phage integrase family  28.19 
 
 		 322 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.16 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  24.28 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  29.63 
 
 		 298 aa  60.8  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  24.57 
 
 		 294 aa  61.2  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0912  integrase/recombinase  29.48 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0261382  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1914  integrase/recombinase  29.48 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00100079  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3796  phage integrase family protein  29.48 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.11 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.11 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.11 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  26.49 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  24.18 
 
 		 304 aa  60.5  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6131  integrase family protein  33.55 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  30.41 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  30.13 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.11 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.11 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  25.47 
 
 		 307 aa  60.1  0.00000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1185  integrase family protein  26.82 
 
 		 311 aa  60.1  0.00000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3924  integrase family protein  23.25 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.733894 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  23.08 
 
 		 297 aa  59.7  0.00000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.13 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  23.72 
 
 		 290 aa  59.7  0.00000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.48 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  32.14 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.96 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.2 
 
 		 294 aa  59.3  0.00000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 299 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0380  tyrosine recombinase XerC  28.16 
 
 		 304 aa  58.5  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0788  phage integrase family protein  26.25 
 
 		 293 aa  58.5  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3374  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.33 
 
 		 328 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.84 
 
 		 298 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  28.12 
 
 		 299 aa  59.3  0.0000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 321 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  25.74 
 
 		 304 aa  59.3  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  27.39 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.64 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  28.14 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  24.29 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  26.75 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.87 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.05 
 
 		 307 aa  57.8  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.44 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.94 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  25 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  26.45 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  24.35 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>