More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_3662 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  566  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  76.6 
 
 		 279 aa  434  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  76.6 
 
 		 279 aa  434  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  76.6 
 
 		 279 aa  434  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  67.73 
 
 		 282 aa  378  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  67.38 
 
 		 282 aa  377  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  67.38 
 
 		 282 aa  377  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  67.38 
 
 		 282 aa  377  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  67.02 
 
 		 282 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  64.56 
 
 		 282 aa  364  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  65.6 
 
 		 282 aa  362  3e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  65.6 
 
 		 282 aa  362  3e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  65.6 
 
 		 282 aa  362  3e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  65.6 
 
 		 282 aa  362  3e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  65.6 
 
 		 282 aa  362  3e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  65.6 
 
 		 282 aa  362  3e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  65.6 
 
 		 282 aa  362  3e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  65.25 
 
 		 282 aa  361  8e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  64.89 
 
 		 282 aa  358  6e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  45.39 
 
 		 282 aa  226  4e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  42.91 
 
 		 283 aa  219  5e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 282 aa  206  4e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 282 aa  205  9e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 285 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 285 aa  195  5.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  39.44 
 
 		 285 aa  194  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 285 aa  194  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  38.73 
 
 		 285 aa  192  8e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 285 aa  192  8e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  38.73 
 
 		 285 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.03 
 
 		 285 aa  189  4e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  38.03 
 
 		 285 aa  189  4e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1259  HTH-type transcription regulator, RpiR family  40 
 
 		 267 aa  182  7e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 306 aa  168  7e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  31.8 
 
 		 279 aa  152  8e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  28.52 
 
 		 284 aa  149  6e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0338  transcriptional regulator, RpiR family  32.86 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  33.1 
 
 		 327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  31.95 
 
 		 304 aa  135  9e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  31.93 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  29.93 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  31.12 
 
 		 284 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  28.78 
 
 		 281 aa  132  6.999999999999999e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  28.3 
 
 		 280 aa  132  9e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  30.71 
 
 		 284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  31.97 
 
 		 333 aa  130  3e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  28.98 
 
 		 320 aa  126  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  27.66 
 
 		 283 aa  125  9e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 282 aa  123  3e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  32.16 
 
 		 284 aa  123  3e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 280 aa  122  9e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 299 aa  118  9e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 318 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 285 aa  116  5e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  29.64 
 
 		 279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 279 aa  113  3e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  29 
 
 		 282 aa  113  3e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  22.9 
 
 		 282 aa  112  7.000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 338 aa  112  9e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 290 aa  112  9e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.8 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  29.46 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  27.6 
 
 		 283 aa  111  1.0000000000000001e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 278 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  28.46 
 
 		 286 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  26.26 
 
 		 281 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 642 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 273 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 284 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  28.06 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2132  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 641 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3090  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 641 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 641 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 641 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3001  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 641 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 620 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 642 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 642 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 620 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 620 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 642 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 639 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  23.27 
 
 		 292 aa  106  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 642 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 638 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 642 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 642 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 638 aa  106  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0178  RpiR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 291 aa  106  5e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0183  helix-turn-helix protein RpiR  26.89 
 
 		 291 aa  106  5e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 280 aa  103  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 280 aa  103  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  27.01 
 
 		 287 aa  103  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>