More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2417 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  613  9.999999999999999e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  64 
 
 		 321 aa  371  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 319 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  61.75 
 
 		 309 aa  336  1.9999999999999998e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  60.28 
 
 		 308 aa  330  2e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  58.72 
 
 		 298 aa  319  3.9999999999999996e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  57.38 
 
 		 297 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  57.14 
 
 		 298 aa  305  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  59.18 
 
 		 298 aa  300  3e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 304 aa  298  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  58.5 
 
 		 314 aa  295  5e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 295 aa  278  7e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 325 aa  275  6e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 339 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 339 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  52.01 
 
 		 304 aa  271  7e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 319 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  48.34 
 
 		 323 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 325 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 301 aa  266  4e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 301 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 301 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 295 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 301 aa  255  5e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  47.7 
 
 		 353 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  43.67 
 
 		 319 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  44.9 
 
 		 323 aa  235  5.0000000000000005e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 307 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 310 aa  229  6e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  44.9 
 
 		 321 aa  222  6e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  42.39 
 
 		 305 aa  222  7e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 301 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 300 aa  215  8e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 278 aa  212  4.9999999999999996e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 323 aa  210  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  44.67 
 
 		 307 aa  199  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  43.97 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 308 aa  196  6e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  41.9 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  44 
 
 		 307 aa  176  7e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  43.29 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  39.36 
 
 		 328 aa  168  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.81 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  30.19 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 314 aa  143  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 314 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  28.62 
 
 		 347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.67 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.88 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  30.45 
 
 		 327 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 432 aa  132  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 314 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 318 aa  130  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  31.17 
 
 		 322 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.13 
 
 		 309 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 301 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 314 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 329 aa  125  9e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  28.57 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 329 aa  124  2e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  30.36 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 315 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 314 aa  123  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  29.22 
 
 		 301 aa  122  8e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>