263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2140 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  100 
 
 		 394 aa  818    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  57.58 
 
 		 375 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  56.44 
 
 		 372 aa  440  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  54.79 
 
 		 374 aa  437  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  56.04 
 
 		 372 aa  432  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  53.03 
 
 		 374 aa  406  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  35.04 
 
 		 389 aa  239  9e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  35.04 
 
 		 389 aa  239  9e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  35.09 
 
 		 383 aa  238  1e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  35.04 
 
 		 381 aa  238  1e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  32.95 
 
 		 375 aa  233  3e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  32.39 
 
 		 375 aa  233  6e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  31.17 
 
 		 377 aa  231  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  32.26 
 
 		 373 aa  229  5e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  31.84 
 
 		 373 aa  225  8e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  33.05 
 
 		 370 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.24 
 
 		 401 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  31.95 
 
 		 371 aa  210  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  29.59 
 
 		 371 aa  209  8e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  31.34 
 
 		 383 aa  203  4e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  28.24 
 
 		 406 aa  201  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  29.95 
 
 		 378 aa  200  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  30 
 
 		 370 aa  196  5.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  31.69 
 
 		 377 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  28.85 
 
 		 378 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  28.61 
 
 		 375 aa  189  7e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  30.84 
 
 		 366 aa  189  9e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.84 
 
 		 366 aa  189  9e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  30.84 
 
 		 366 aa  189  9e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  30.38 
 
 		 380 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  31.88 
 
 		 382 aa  184  3e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  30.75 
 
 		 369 aa  182  7e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  29.82 
 
 		 370 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  31.74 
 
 		 365 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  29.63 
 
 		 368 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  28.57 
 
 		 377 aa  173  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  27.73 
 
 		 384 aa  171  3e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  25.41 
 
 		 383 aa  169  8e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  31.27 
 
 		 367 aa  167  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  25.28 
 
 		 386 aa  167  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  29.23 
 
 		 365 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  28.4 
 
 		 427 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  29.47 
 
 		 407 aa  137  4e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  28.45 
 
 		 363 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  27.65 
 
 		 365 aa  127  3e-28  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  28.87 
 
 		 364 aa  127  3e-28  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  26.38 
 
 		 429 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  26.16 
 
 		 368 aa  120  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  25.89 
 
 		 483 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  25.37 
 
 		 380 aa  114  4.0000000000000004e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  24.62 
 
 		 363 aa  113  7.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  24.62 
 
 		 363 aa  113  7.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  25.14 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  22.78 
 
 		 392 aa  110  3e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2396  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  29.55 
 
 		 375 aa  109  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  25.88 
 
 		 478 aa  100  4e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0428  periplasmic binding protein  24.34 
 
 		 375 aa  89.4  1e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0528  periplasmic binding protein  27.79 
 
 		 361 aa  88.6  2e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.147263  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0435  periplasmic binding protein  27.12 
 
 		 362 aa  87.8  3e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000278634  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  25.56 
 
 		 380 aa  87  5e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1316  periplasmic binding protein  28.19 
 
 		 390 aa  87  5e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.867732  normal  0.0135564 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0836  periplasmic binding protein  25.85 
 
 		 397 aa  87  5e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00603144  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1593  periplasmic binding protein  26.76 
 
 		 372 aa  86.7  6e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0653353  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  25.86 
 
 		 354 aa  82  0.00000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  27.55 
 
 		 377 aa  81.6  0.00000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0248  periplasmic binding protein  24.35 
 
 		 375 aa  80.9  0.00000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0774691  normal  0.65467 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  24.93 
 
 		 409 aa  80.1  0.00000000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  25.83 
 
 		 341 aa  79.7  0.00000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1690  periplasmic binding protein  24.86 
 
 		 366 aa  79.3  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00951352  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  25.29 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0444  periplasmic binding protein  26.09 
 
 		 356 aa  78.2  0.0000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0185  periplasmic binding protein  26.69 
 
 		 426 aa  77.4  0.0000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0952847  normal  0.560438 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0219  periplasmic binding protein  23.12 
 
 		 370 aa  77  0.0000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0231  periplasmic binding protein  23.71 
 
 		 723 aa  76.6  0.0000000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.999715  normal  0.640564 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  26.24 
 
 		 374 aa  75.5  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1047  Fe3+-hydroxamate binding protein  24.79 
 
 		 370 aa  75.1  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.271921  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  23.4 
 
 		 375 aa  75.1  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0373  periplasmic binding protein  24.36 
 
 		 723 aa  74.3  0.000000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.390993 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  22.29 
 
 		 429 aa  74.3  0.000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  25.08 
 
 		 315 aa  73.9  0.000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  22.62 
 
 		 360 aa  73.9  0.000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  25.27 
 
 		 358 aa  73.6  0.000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1321  periplasmic binding protein  24.71 
 
 		 366 aa  73.6  0.000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.77394  normal  0.0125945 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  24.32 
 
 		 322 aa  73.2  0.000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  24.12 
 
 		 333 aa  72.8  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1132  periplasmic binding protein  25.75 
 
 		 378 aa  72.8  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0148173  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  25.45 
 
 		 338 aa  72.4  0.00000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  24.52 
 
 		 359 aa  72.4  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0025  FMN-binding domain protein  25.76 
 
 		 517 aa  72.4  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  25.83 
 
 		 338 aa  71.6  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  25.83 
 
 		 338 aa  71.6  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  23.77 
 
 		 402 aa  70.9  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0428  periplasmic binding protein  23.12 
 
 		 375 aa  71.2  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1283  periplasmic binding protein  24.29 
 
 		 409 aa  70.9  0.00000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.907  normal  0.591849 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  25.08 
 
 		 315 aa  70.5  0.00000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3396  periplasmic binding protein  25 
 
 		 350 aa  70.5  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1093  V-type ATPase, 116 kDa subunit  21.55 
 
 		 376 aa  70.1  0.00000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  21.07 
 
 		 362 aa  68.9  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1419  periplasmic binding protein  23.03 
 
 		 375 aa  68.6  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.364808  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  23.98 
 
 		 361 aa  68.6  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>