More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_1535 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  100 
 
 
300 aa  605  9.999999999999999e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  62.94 
 
 
304 aa  363  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  61.72 
 
 
295 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  61.38 
 
 
295 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.51 
 
 
311 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.51 
 
 
311 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.51 
 
 
311 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.51 
 
 
311 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.51 
 
 
311 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.51 
 
 
311 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  57.04 
 
 
299 aa  325  5e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.57 
 
 
328 aa  325  6e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  56.69 
 
 
299 aa  323  1e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  56.69 
 
 
299 aa  323  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  56.69 
 
 
299 aa  323  2e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.3 
 
 
298 aa  323  3e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  55.99 
 
 
299 aa  321  7e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  55.99 
 
 
299 aa  321  7e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  55.99 
 
 
299 aa  321  7e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.3 
 
 
298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.3 
 
 
298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.3 
 
 
298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.99 
 
 
299 aa  318  6e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.86 
 
 
311 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.28 
 
 
295 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  56.29 
 
 
295 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.86 
 
 
311 aa  304  9.000000000000001e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  57.39 
 
 
325 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  56.41 
 
 
301 aa  301  1e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  57.75 
 
 
296 aa  299  4e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  52.26 
 
 
292 aa  294  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.59 
 
 
295 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0161  DNA-binding transcriptional regulator CynR  57.39 
 
 
296 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0644  DNA-binding transcriptional regulator CynR  57.39 
 
 
296 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0611  DNA-binding transcriptional regulator CynR  56.34 
 
 
296 aa  279  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.519974  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.65 
 
 
315 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.47 
 
 
292 aa  273  3e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  45.14 
 
 
308 aa  218  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  45.14 
 
 
308 aa  216  5e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
308 aa  198  7.999999999999999e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 
303 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 
292 aa  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
296 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
301 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
305 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 
300 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 
300 aa  171  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
300 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
300 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
300 aa  170  3e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 
300 aa  169  5e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
300 aa  168  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  33.8 
 
 
294 aa  165  9e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 
300 aa  163  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 
297 aa  155  6e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4331  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
298 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 
310 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
293 aa  153  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
289 aa  152  5e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
305 aa  151  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 
300 aa  147  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2862  hypothetical protein  34.07 
 
 
292 aa  145  6e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 
300 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 
296 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  30.42 
 
 
289 aa  142  5e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.45 
 
 
290 aa  142  8e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
316 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 
316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
303 aa  140  3e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 
311 aa  139  4.999999999999999e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  29.37 
 
 
289 aa  139  7e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 
301 aa  138  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
310 aa  138  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
297 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
310 aa  136  4e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 
343 aa  136  4e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 
316 aa  136  4e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
297 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 
292 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
311 aa  136  5e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
307 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 
302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
297 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.18 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  35.82 
 
 
295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
297 aa  133  3e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  32.65 
 
 
297 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 
293 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 
293 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 
296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 
350 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
293 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>