165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_1140 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 		 377 aa  765    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  59.39 
 
 		 387 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  58.71 
 
 		 393 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  59.39 
 
 		 387 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  59.39 
 
 		 387 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  57.45 
 
 		 375 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  56.91 
 
 		 375 aa  395  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  57.45 
 
 		 375 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  45.87 
 
 		 381 aa  322  7e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  42.71 
 
 		 383 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  41.64 
 
 		 385 aa  281  2e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  41.38 
 
 		 382 aa  276  3e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.7 
 
 		 385 aa  276  6e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.4 
 
 		 385 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  40.85 
 
 		 387 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.13 
 
 		 385 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  41.18 
 
 		 385 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.91 
 
 		 385 aa  271  1e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  40.91 
 
 		 385 aa  270  2e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  40.91 
 
 		 385 aa  270  2e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.91 
 
 		 385 aa  270  2e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  41.19 
 
 		 376 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  40.64 
 
 		 385 aa  269  7e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.64 
 
 		 385 aa  269  7e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  38.37 
 
 		 413 aa  268  1e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.64 
 
 		 385 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.64 
 
 		 385 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.64 
 
 		 385 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.64 
 
 		 385 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.64 
 
 		 385 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  41.07 
 
 		 385 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 410 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 410 aa  266  4e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  41.4 
 
 		 384 aa  266  4e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.37 
 
 		 385 aa  265  8.999999999999999e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 410 aa  259  7e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  37.24 
 
 		 413 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  37.24 
 
 		 413 aa  257  3e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  36.99 
 
 		 413 aa  256  6e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  39.41 
 
 		 413 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  37.05 
 
 		 407 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  41.8 
 
 		 384 aa  248  9e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 372 aa  240  2.9999999999999997e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  36.29 
 
 		 379 aa  231  1e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  34.41 
 
 		 380 aa  230  3e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  36.97 
 
 		 376 aa  228  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  38.48 
 
 		 400 aa  226  4e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 371 aa  206  6e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 374 aa  199  7e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  38.5 
 
 		 370 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  38.36 
 
 		 370 aa  192  7e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  37.85 
 
 		 367 aa  192  9e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  34.96 
 
 		 363 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  36.02 
 
 		 402 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  35.7 
 
 		 483 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  35.7 
 
 		 488 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  34.42 
 
 		 363 aa  172  9e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  35.43 
 
 		 488 aa  172  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  35.07 
 
 		 389 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  35.07 
 
 		 365 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  33.91 
 
 		 365 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  35.13 
 
 		 365 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  30.59 
 
 		 353 aa  152  7e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  30.32 
 
 		 353 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  31.18 
 
 		 371 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  29.11 
 
 		 371 aa  134  3e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  31.09 
 
 		 371 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  31.09 
 
 		 371 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  31.09 
 
 		 371 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  30.97 
 
 		 371 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  31.09 
 
 		 371 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  30.5 
 
 		 371 aa  133  6e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  30.88 
 
 		 371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  30.09 
 
 		 371 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  25.26 
 
 		 381 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  30.29 
 
 		 371 aa  129  6e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  20.84 
 
 		 387 aa  95.5  1e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  23.5 
 
 		 386 aa  94.4  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  34.29 
 
 		 168 aa  84.3  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  24.26 
 
 		 360 aa  75.1  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 393 aa  72.8  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  23.72 
 
 		 436 aa  72.4  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  30.63 
 
 		 364 aa  69.3  0.0000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 403 aa  63.5  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  22.67 
 
 		 388 aa  61.2  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  25.2 
 
 		 407 aa  57  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  21.07 
 
 		 555 aa  57.4  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  36.45 
 
 		 705 aa  55.8  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  31.91 
 
 		 364 aa  54.7  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  27.21 
 
 		 359 aa  54.3  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2073  transcriptional regulator, PucR family  34.92 
 
 		 517 aa  54.7  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  38.71 
 
 		 505 aa  54.7  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 553 aa  53.9  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2904  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.82 
 
 		 269 aa  53.9  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  40.3 
 
 		 404 aa  53.9  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 361 aa  53.9  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  27.96 
 
 		 411 aa  53.5  0.000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 477 aa  53.5  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  27.24 
 
 		 619 aa  53.1  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>