More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_0099 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  100 
 
 
331 aa  664    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  87.58 
 
 
331 aa  588  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  87.58 
 
 
331 aa  588  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  84.55 
 
 
332 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  83.94 
 
 
331 aa  566  1e-160  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  83.64 
 
 
332 aa  565  1e-160  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  83.94 
 
 
332 aa  566  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  80.91 
 
 
330 aa  554  1e-157  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  80.91 
 
 
330 aa  535  1e-151  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  80.91 
 
 
330 aa  535  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  81.21 
 
 
330 aa  535  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  81.21 
 
 
330 aa  535  1e-151  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  80.61 
 
 
330 aa  534  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  80.61 
 
 
330 aa  534  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  80.61 
 
 
330 aa  534  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  80.61 
 
 
330 aa  534  1e-150  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  80.97 
 
 
335 aa  508  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  71.9 
 
 
333 aa  491  9.999999999999999e-139  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  67.91 
 
 
333 aa  452  1.0000000000000001e-126  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  68.73 
 
 
347 aa  444  1e-123  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  69.21 
 
 
381 aa  438  9.999999999999999e-123  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  63.4 
 
 
344 aa  415  9.999999999999999e-116  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  64.52 
 
 
333 aa  408  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  63.87 
 
 
333 aa  410  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  63.99 
 
 
333 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.8 
 
 
350 aa  404  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  61.3 
 
 
342 aa  402  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  62.65 
 
 
342 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  63.49 
 
 
342 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.3 
 
 
342 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  64.14 
 
 
342 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  62.65 
 
 
342 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  63.49 
 
 
342 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  63.49 
 
 
365 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  62.83 
 
 
342 aa  395  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  62.83 
 
 
342 aa  395  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  60.68 
 
 
342 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  63.04 
 
 
339 aa  392  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  61.18 
 
 
342 aa  390  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.64 
 
 
339 aa  390  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  61.49 
 
 
339 aa  381  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  59.42 
 
 
368 aa  380  1e-104  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  63.04 
 
 
335 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  63.04 
 
 
335 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0907  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  53.73 
 
 
352 aa  370  1e-101  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  0.0322478 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  54.4 
 
 
351 aa  348  6e-95  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0225  monosaccharide-transporting ATPase  45.35 
 
 
360 aa  306  3e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0101  Monosaccharide-transporting ATPase  42.43 
 
 
362 aa  276  3e-73  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0054  periplasmic sugar-binding protein  36.62 
 
 
352 aa  252  6e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000350797  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1584  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.95 
 
 
347 aa  239  4e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.732832  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5024  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.98 
 
 
340 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  42.68 
 
 
370 aa  235  6e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2925  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.62 
 
 
346 aa  235  9e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.510849 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3185  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.62 
 
 
346 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208726  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3174  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  40 
 
 
342 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.285981  normal  0.43626 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3114  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.76 
 
 
347 aa  229  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548007  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1212  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  39.26 
 
 
346 aa  226  4e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4467  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.56 
 
 
345 aa  225  9e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0159284  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2000  D-xylose-binding periplasmic protein xylF  38.8 
 
 
340 aa  224  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.121993 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  42.81 
 
 
374 aa  215  5.9999999999999996e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1180  ABC sugar (xylose) transporter, periplasmic binding protein  39.81 
 
 
341 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2842  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.81 
 
 
341 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2619  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.29 
 
 
341 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.997079  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  39.31 
 
 
369 aa  207  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  41.05 
 
 
379 aa  204  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  39.3 
 
 
353 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1751  D-xylose ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.36 
 
 
345 aa  200  1.9999999999999998e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.067893  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6620  D-xylose transporter subunit XylF  33.84 
 
 
374 aa  197  2.0000000000000003e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00486776 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  39.68 
 
 
380 aa  196  5.000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0737  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  40.12 
 
 
356 aa  194  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3074  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  36.72 
 
 
354 aa  190  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.107941  normal  0.825044 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2745  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  37.5 
 
 
354 aa  190  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  36.36 
 
 
356 aa  190  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  37.22 
 
 
365 aa  189  5e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  39.2 
 
 
356 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0838  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  37.18 
 
 
355 aa  189  7e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0243172  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  39.94 
 
 
353 aa  188  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  39.94 
 
 
353 aa  188  1e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  38.17 
 
 
381 aa  187  2e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.13 
 
 
364 aa  187  2e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  36.88 
 
 
373 aa  187  2e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  37.85 
 
 
354 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3200  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  36.26 
 
 
354 aa  187  3e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.248181 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  37.18 
 
 
355 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2889  xylose ABC transporter substrate-binding protein  38.08 
 
 
359 aa  186  5e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0799239  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.13 
 
 
363 aa  186  6e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1424  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  38.98 
 
 
354 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  37.85 
 
 
354 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  38.02 
 
 
366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  37.74 
 
 
358 aa  184  3e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  38.97 
 
 
356 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2687  putative solute-binding component of ABC transporter  35.95 
 
 
359 aa  182  8.000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  37.65 
 
 
354 aa  181  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2946  putative sugar ABC transporter  37.65 
 
 
383 aa  181  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.926727  normal  0.804689 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3659  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  37.23 
 
 
379 aa  178  1e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2520  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  35.03 
 
 
376 aa  178  1e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0615  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  37.93 
 
 
357 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.431417 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  35.91 
 
 
361 aa  177  2e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  37.89 
 
 
365 aa  176  3e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1585  putative solute-binding component of ABC transporter  33.96 
 
 
355 aa  176  5e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.546675  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>