More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_4108 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  100 
 
 		 229 aa  471  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  72.12 
 
 		 230 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  72.57 
 
 		 230 aa  334  5e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  72.12 
 
 		 230 aa  332  3e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  71.68 
 
 		 230 aa  332  4e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.09 
 
 		 224 aa  332  4e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  0.0000000101532 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.72 
 
 		 224 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  68.3 
 
 		 224 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000480203 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.8 
 
 		 229 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.09 
 
 		 225 aa  324  7e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.6 
 
 		 228 aa  318  5e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000123479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.16 
 
 		 228 aa  317  1e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.91 
 
 		 229 aa  317  1e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000244017  hitchhiker  0.0000000309962 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  69.51 
 
 		 226 aa  307  8e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  70.27 
 
 		 224 aa  300  2e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  53.91 
 
 		 230 aa  250  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  50.88 
 
 		 228 aa  243  1.9999999999999999e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  47.56 
 
 		 237 aa  228  8e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.22 
 
 		 242 aa  226  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.96 
 
 		 235 aa  220  9.999999999999999e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  45.22 
 
 		 230 aa  213  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  50.67 
 
 		 238 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  44.35 
 
 		 230 aa  207  8e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.3 
 
 		 238 aa  188  7e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  48.72 
 
 		 279 aa  186  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  43.5 
 
 		 232 aa  186  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  48.77 
 
 		 209 aa  184  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  48.26 
 
 		 223 aa  176  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  42.78 
 
 		 178 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  37.79 
 
 		 520 aa  97.8  1e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.87 
 
 		 305 aa  98.2  1e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.51 
 
 		 300 aa  95.9  5e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  32.99 
 
 		 299 aa  95.9  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.53 
 
 		 300 aa  95.5  6e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.18 
 
 		 368 aa  92.8  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  31.22 
 
 		 314 aa  92.8  4e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.01 
 
 		 221 aa  92.8  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 234 aa  91.7  8e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  31.53 
 
 		 302 aa  91.7  9e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.52 
 
 		 350 aa  91.3  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  41.55 
 
 		 297 aa  90.5  2e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.63 
 
 		 314 aa  89.4  4e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 322 aa  89  5e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.25 
 
 		 224 aa  89  6e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  33.66 
 
 		 311 aa  88.6  7e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  30.66 
 
 		 301 aa  88.2  9e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000115636  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  36.75 
 
 		 307 aa  87.8  1e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  33.51 
 
 		 227 aa  87.4  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  31.63 
 
 		 300 aa  87.8  1e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  30.61 
 
 		 299 aa  88.2  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  34.94 
 
 		 306 aa  88.2  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  35.14 
 
 		 305 aa  87  2e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  33.5 
 
 		 363 aa  87  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.86 
 
 		 307 aa  87  2e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  38.82 
 
 		 295 aa  87  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.63 
 
 		 322 aa  86.7  3e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.23 
 
 		 332 aa  86.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0310  RluA family pseudouridine synthase  30.23 
 
 		 303 aa  86.3  3e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  34.07 
 
 		 347 aa  85.9  4e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  31.28 
 
 		 323 aa  85.9  4e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  28.57 
 
 		 313 aa  86.3  4e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  33.66 
 
 		 311 aa  85.5  7e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  31.77 
 
 		 224 aa  85.5  7e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 344 aa  85.1  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 218 aa  84.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.35 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0556  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.12 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  30.04 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  31.18 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.84 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  31.84 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  37.5 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  31.09 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  30.14 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  34.81 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 211 aa  84  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.92 
 
 		 330 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 333 aa  84  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  30.77 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  32.6 
 
 		 560 aa  84  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  32 
 
 		 320 aa  83.6  0.000000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.41 
 
 		 543 aa  83.2  0.000000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.57 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  30.26 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  32.73 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.7 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.57 
 
 		 276 aa  82.8  0.000000000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  31.9 
 
 		 364 aa  82.8  0.000000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.09 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.67 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  33.51 
 
 		 346 aa  82.8  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1825  pseudouridine synthase  28.44 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.77 
 
 		 330 aa  82.8  0.000000000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.814185  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  29.79 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  33.53 
 
 		 239 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  36.02 
 
 		 541 aa  82  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  30.2 
 
 		 243 aa  82  0.000000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1453  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  30.11 
 
 		 285 aa  82  0.000000000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>