More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3940 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  627  1e-179  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  76.9 
 
 		 306 aa  481  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  75.99 
 
 		 305 aa  479  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  53.87 
 
 		 313 aa  336  2.9999999999999997e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  50 
 
 		 341 aa  324  9e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  49.35 
 
 		 314 aa  320  1.9999999999999998e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  51.48 
 
 		 318 aa  318  5e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  50.49 
 
 		 313 aa  301  1e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  33.99 
 
 		 309 aa  169  4e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 330 aa  166  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 323 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  33.87 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 320 aa  154  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 321 aa  151  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 310 aa  151  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 319 aa  149  7e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  33.54 
 
 		 323 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 323 aa  149  9e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  31.66 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 318 aa  146  5e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 322 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 314 aa  145  9e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 327 aa  144  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 313 aa  143  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 310 aa  142  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 314 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 322 aa  142  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  33.97 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 313 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 305 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  31.23 
 
 		 321 aa  139  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  32.23 
 
 		 311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 308 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 342 aa  136  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 312 aa  135  7.000000000000001e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 311 aa  135  9e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 311 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  29.49 
 
 		 323 aa  134  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 310 aa  132  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 321 aa  132  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  31.16 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.7 
 
 		 321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  32.7 
 
 		 326 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  30.66 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  31.01 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 322 aa  129  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  31.27 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  29.7 
 
 		 306 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  29.87 
 
 		 304 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 318 aa  129  9.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 314 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  29.67 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.97 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 326 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 319 aa  126  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  29.14 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 333 aa  125  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 308 aa  125  6e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 308 aa  124  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  26.74 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 306 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 306 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  29.08 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  29.68 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1383  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>