More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3936 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3936  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  614  1e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0278  LysR family transcriptional regulator  88.85 
 
 		 291 aa  541  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.676555  unclonable  0.0000000195953 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0258  LysR family transcriptional regulator  83.04 
 
 		 289 aa  512  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0276  transcriptional regulator, LysR family protein  83.75 
 
 		 287 aa  508  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160059  hitchhiker  0.0000019997 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3892  transcriptional regulator, LysR family protein  82.17 
 
 		 288 aa  490  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3532  LysR family transcriptional regulator  81.25 
 
 		 288 aa  488  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0258  LysR family transcriptional regulator  81.53 
 
 		 288 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.489347  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2149  LysR family transcriptional regulator  81.75 
 
 		 294 aa  488  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269804  normal  0.274984 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2226  LysR family transcriptional regulator  82.11 
 
 		 294 aa  489  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0492432  normal  0.299524 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  35.41 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  29.03 
 
 		 332 aa  139  6e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 284 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  29.86 
 
 		 284 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  30.55 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 316 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 282 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  30.58 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 321 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 317 aa  132  6.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 297 aa  132  9e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 322 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  32.92 
 
 		 280 aa  130  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4127  putative transcriptional regulator  28.52 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0482297  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 299 aa  125  7e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  28.37 
 
 		 287 aa  123  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 282 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 287 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 296 aa  122  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47880  putative transcriptional regulator  29.39 
 
 		 288 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000178644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  27.21 
 
 		 282 aa  122  8e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 292 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 292 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.21 
 
 		 296 aa  122  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 282 aa  122  9e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 283 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 292 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 283 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 283 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 283 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.47 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 283 aa  118  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  28.83 
 
 		 298 aa  118  9e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  29.71 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  27.8 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4400  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0413  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 288 aa  116  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0961  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 289 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 316 aa  115  6e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 283 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 282 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6042  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.957083 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 289 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 282 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  35.05 
 
 		 284 aa  113  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 284 aa  112  5e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 294 aa  112  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  28.93 
 
 		 324 aa  112  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 284 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 298 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  28.06 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>