More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3882 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  79.31 
 
 
554 aa  942  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  1.00216e-10 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  79.49 
 
 
554 aa  945  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  78.95 
 
 
554 aa  920  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00109176  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  78.58 
 
 
554 aa  937  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0331  AMP-dependent synthetase and ligase  83.48 
 
 
555 aa  986  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.167581 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
551 aa  1143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.6311e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4587  AMP-dependent synthetase and ligase  84.57 
 
 
551 aa  990  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.31553e-06  unclonable  3.87525e-08 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  78.58 
 
 
554 aa  937  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  79.49 
 
 
551 aa  953  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  9.98406e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  82.4 
 
 
551 aa  972  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  78.58 
 
 
554 aa  936  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0361  AMP-dependent synthetase and ligase  75.86 
 
 
575 aa  894  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  79.13 
 
 
554 aa  938  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  8.14911e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  79.13 
 
 
554 aa  941  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3437  AMP-dependent synthetase and ligase  75.14 
 
 
555 aa  902  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.915272  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  79.31 
 
 
554 aa  943  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.46 
 
 
563 aa  554  1e-156  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.73 
 
 
563 aa  551  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.82 
 
 
563 aa  549  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01022  AMP-binding protein  45.86 
 
 
559 aa  545  1e-154  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0998  AMP-dependent synthetase and ligase  47.34 
 
 
546 aa  533  1e-150  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.231761  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  43.41 
 
 
546 aa  513  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0631  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  46.42 
 
 
558 aa  503  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.365879  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  45.24 
 
 
547 aa  493  1e-138  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1090  AMP-dependent synthetase and ligase  43.71 
 
 
555 aa  482  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.022153  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  42.72 
 
 
547 aa  468  1e-130  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0267  AMP-dependent synthetase and ligase  42.39 
 
 
563 aa  460  1e-128  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  42.62 
 
 
555 aa  461  1e-128  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105323  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4205  AMP-dependent synthetase and ligase  41.77 
 
 
551 aa  450  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43610  putative AMP-binding protein  42.1 
 
 
555 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0297438  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3656  putative AMP-binding protein  41.91 
 
 
555 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330411  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2888  AMP-dependent synthetase and ligase  41.79 
 
 
560 aa  443  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0719534  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3811  AMP-dependent synthetase and ligase  40.93 
 
 
547 aa  437  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0982  hypothetical protein  39.53 
 
 
555 aa  428  1e-118  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  43.23 
 
 
559 aa  424  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1015  hypothetical protein  38.99 
 
 
555 aa  420  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5098  AMP-dependent synthetase and ligase  40.41 
 
 
566 aa  411  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.183916  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2780  AMP-binding domain-containing protein  39.49 
 
 
598 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2935  AMP-binding domain-containing protein  39.49 
 
 
553 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1154  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  39.49 
 
 
598 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0284  long-chain-fatty-acid-CoA ligase, putative  40.04 
 
 
553 aa  406  1e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  29.1 
 
 
607 aa  268  2e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  28.62 
 
 
607 aa  266  7e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  28.69 
 
 
626 aa  258  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  28.33 
 
 
610 aa  257  4e-67  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  28.98 
 
 
609 aa  256  7e-67  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 
596 aa  256  1e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  27.96 
 
 
610 aa  253  7e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  30.25 
 
 
592 aa  250  5e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  28.35 
 
 
610 aa  249  1e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  27.53 
 
 
623 aa  249  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 
618 aa  248  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  29.41 
 
 
602 aa  247  3e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  27.46 
 
 
610 aa  246  6e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  28.84 
 
 
615 aa  246  8e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  29.49 
 
 
633 aa  240  4e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  28.11 
 
 
590 aa  240  6e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  28.67 
 
 
599 aa  239  9e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  27.71 
 
 
610 aa  239  9e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  27.74 
 
 
605 aa  239  1e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  28.62 
 
 
605 aa  236  7e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  29.73 
 
 
603 aa  236  7e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  9.42642e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  28.99 
 
 
607 aa  235  1e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  30.19 
 
 
590 aa  235  2e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  26.87 
 
 
601 aa  234  3e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.249968 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  29.73 
 
 
600 aa  233  5e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0095  AMP-dependent synthetase and ligase  28.16 
 
 
663 aa  233  1e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  26.7 
 
 
592 aa  232  1e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1417  AMP-dependent synthetase and ligase  28.75 
 
 
645 aa  231  2e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000978143  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0191  AMP-dependent synthetase and ligase  28.47 
 
 
605 aa  231  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.353972  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  29.06 
 
 
633 aa  231  3e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  28.65 
 
 
594 aa  231  4e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 
597 aa  229  9e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  4.90287e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  29.88 
 
 
592 aa  229  1e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  27.96 
 
 
616 aa  228  2e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  27.94 
 
 
604 aa  228  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  28.55 
 
 
620 aa  228  2e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  28.23 
 
 
603 aa  228  3e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  27.24 
 
 
604 aa  227  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  27.18 
 
 
603 aa  227  4e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.90316e-12 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  27.24 
 
 
604 aa  227  4e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0779  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.32 
 
 
614 aa  226  6e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.546194  hitchhiker  0.00265448 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  27.87 
 
 
608 aa  225  2e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0692269  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  30.22 
 
 
602 aa  224  2e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  28.17 
 
 
630 aa  225  2e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  28.94 
 
 
617 aa  224  4e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.77 
 
 
601 aa  223  5e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  28.07 
 
 
606 aa  224  5e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  3.27223e-05 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  30.05 
 
 
602 aa  223  7e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  30.05 
 
 
602 aa  223  7e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  29.84 
 
 
597 aa  223  8e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  29.84 
 
 
597 aa  223  8e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  27.86 
 
 
596 aa  221  2e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  27.62 
 
 
587 aa  222  2e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  27.3 
 
 
607 aa  221  2e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  29.84 
 
 
597 aa  221  3e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  26.85 
 
 
604 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  29.43 
 
 
622 aa  221  3e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  28.17 
 
 
599 aa  220  5e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5953  AMP-dependent synthetase and ligase  27.09 
 
 
612 aa  220  6e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664785  normal  0.0418717 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>