More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3331 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_3331  periplasmic binding protein  100 
 
 
312 aa  624  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0948  periplasmic binding protein  61.62 
 
 
308 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.971026  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1017  periplasmic binding protein  55.41 
 
 
331 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.951283  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3342  periplasmic binding protein  60.29 
 
 
343 aa  322  4e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0029736  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1050  periplasmic binding protein  59.93 
 
 
343 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4008  periplasmic binding protein  58.49 
 
 
304 aa  317  1e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3673  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  59.93 
 
 
317 aa  312  4.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0962  periplasmic binding protein  58.03 
 
 
348 aa  309  5e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3239  periplasmic binding protein  57.93 
 
 
306 aa  291  7e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.720856  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0786  periplasmic binding protein  50.74 
 
 
327 aa  266  2e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.683071  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05241  ABC-type hemin transport system periplasmic component  46.77 
 
 
289 aa  207  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001352  periplasmic hemin-binding protein  48.11 
 
 
289 aa  206  3e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00152627  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1754  heme transporter protein HuvB, putative periplasmic binding protein  46.48 
 
 
290 aa  202  6e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0122472  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0324  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein HutB  39.61 
 
 
277 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000295814  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0993  periplasmic binding protein  36.96 
 
 
299 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00265339  hitchhiker  0.0000000000789145 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2195  periplasmic binding protein  35.25 
 
 
294 aa  154  2e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0123698  normal  0.456206 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4687  periplasmic binding protein  37.02 
 
 
294 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0140247  hitchhiker  0.000000000756756 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  34.95 
 
 
294 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3270  periplasmic binding protein  34.6 
 
 
309 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0101899 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  34.95 
 
 
294 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0457  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  33.7 
 
 
303 aa  150  2e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.251804  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3080  periplasmic binding protein  34.98 
 
 
302 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.551347  normal  0.329322 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3019  periplasmic binding protein  37.4 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.184479  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0745  periplasmic binding protein  35.8 
 
 
294 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.124358  hitchhiker  0.00000000011582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4800  periplasmic binding protein  35.35 
 
 
290 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000643232  hitchhiker  0.00663707 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4192  periplasmic binding protein  32.79 
 
 
320 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0568253  normal  0.138797 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  32.2 
 
 
304 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3891  periplasmic binding protein  34.8 
 
 
279 aa  139  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.815625  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0648  hemin-binding periplasmic protein  34.8 
 
 
279 aa  139  7e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3620  periplasmic binding protein  35.25 
 
 
297 aa  139  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3803  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  34.8 
 
 
279 aa  139  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.656087  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  33.07 
 
 
284 aa  137  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2350  periplasmic binding protein  31.63 
 
 
323 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.048634  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2411  periplasmic binding protein  33.71 
 
 
323 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2167  periplasmic binding protein  36.22 
 
 
276 aa  137  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.579619  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1739  periplasmic binding protein  37.7 
 
 
273 aa  136  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.102964  normal  0.190946 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0166  periplasmic binding protein  31.51 
 
 
323 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62300  hypothetical protein  35.19 
 
 
297 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0763709  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4203  periplasmic binding protein  33.7 
 
 
291 aa  136  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.564967  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2339  periplasmic binding protein  34.82 
 
 
316 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0573  hemin-binding periplasmic protein hmuT  34.16 
 
 
278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472949  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1605  periplasmic binding protein  36.48 
 
 
279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000278278 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2752  periplasmic binding protein  34.11 
 
 
275 aa  134  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1969  periplasmic binding protein  31.84 
 
 
329 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0345  periplasmic binding protein  32.79 
 
 
282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0182  periplasmic binding protein  36.8 
 
 
296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0861033 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1442  periplasmic binding protein  36.76 
 
 
321 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.181866  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5424  hypothetical protein  35.14 
 
 
297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.233376  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  33.98 
 
 
312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2134  periplasmic binding protein  31.82 
 
 
296 aa  126  5e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342061  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2460  periplasmic binding protein  35.25 
 
 
272 aa  126  6e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  35.08 
 
 
362 aa  124  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2762  periplasmic binding protein  34.84 
 
 
272 aa  123  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.599111  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5376  hemin-binding periplasmic protein HmuT  35 
 
 
283 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00368111  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0853  periplasmic binding protein  35 
 
 
280 aa  122  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1488  periplasmic binding protein  32.8 
 
 
310 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80443  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  34.35 
 
 
276 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1931  periplasmic binding protein  32.07 
 
 
302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2324  periplasmic binding protein  35.12 
 
 
288 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0524222  normal  0.815768 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3336  periplasmic binding protein  32.27 
 
 
304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.383489  hitchhiker  0.00144742 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1566  periplasmic binding protein  31.84 
 
 
289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.447578  normal  0.39643 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4774  periplasmic binding protein  31.08 
 
 
302 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.206831  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  31.62 
 
 
357 aa  112  6e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4836  periplasmic binding protein  31.3 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5429  periplasmic binding protein  31.3 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5317  periplasmic binding protein  30.68 
 
 
290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5433  periplasmic binding protein  31.3 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0579041  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2141  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  31.73 
 
 
308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01536  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  31.25 
 
 
318 aa  110  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3565  periplasmic binding protein  35.6 
 
 
360 aa  108  8.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3535  periplasmic binding protein  29.84 
 
 
276 aa  108  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.862472 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  30.59 
 
 
303 aa  107  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0219  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  31.3 
 
 
305 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1508  periplasmic binding protein  32.81 
 
 
268 aa  106  4e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1778  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  31.85 
 
 
308 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  29.48 
 
 
304 aa  105  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0438  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  31.85 
 
 
308 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0345  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  31.85 
 
 
308 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1828  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  31.45 
 
 
308 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2092  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  31.45 
 
 
308 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0826  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  31.45 
 
 
308 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1118  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  31.45 
 
 
308 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.403801  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1210  periplasmic binding protein  31.12 
 
 
270 aa  100  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2834  periplasmic binding protein  32.37 
 
 
271 aa  100  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0124  periplasmic binding protein  29.21 
 
 
295 aa  100  5e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00000158909  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1393  periplasmic binding protein  26.91 
 
 
317 aa  93.2  5e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.310826  normal  0.0475326 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4588  periplasmic binding protein  31.6 
 
 
292 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  29.66 
 
 
296 aa  92.4  9e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0075  periplasmic binding protein  28.63 
 
 
335 aa  90.5  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  29.92 
 
 
287 aa  88.6  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  29.79 
 
 
309 aa  86.3  6e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2386  binding-protein-dependent transport lipoprotein  23.88 
 
 
355 aa  84  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  24.27 
 
 
363 aa  84  0.000000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  30.24 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2759  periplasmic binding protein  26.64 
 
 
380 aa  78.6  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.199201  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09830  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  26.67 
 
 
394 aa  76.6  0.0000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.423992  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  27.78 
 
 
300 aa  76.3  0.0000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3879  periplasmic binding protein  24.11 
 
 
379 aa  76.3  0.0000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.051517 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  28.78 
 
 
315 aa  75.9  0.0000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.52 
 
 
287 aa  75.5  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>