More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3212 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  616  1e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  71.86 
 
 		 319 aa  456  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  71.43 
 
 		 309 aa  455  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  54.86 
 
 		 293 aa  353  1e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.53 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 291 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 293 aa  216  4e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.28 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.64 
 
 		 293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 292 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 292 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 292 aa  212  7e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 292 aa  211  9e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 292 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 292 aa  210  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.8 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  209  5e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.93 
 
 		 302 aa  208  8e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 316 aa  207  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  36.08 
 
 		 289 aa  206  5e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 302 aa  206  6e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 298 aa  206  6e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  35.93 
 
 		 290 aa  205  8e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 289 aa  205  9e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 294 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  35.27 
 
 		 289 aa  204  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 298 aa  202  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 301 aa  203  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  35.05 
 
 		 290 aa  202  4e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 294 aa  202  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.4 
 
 		 289 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 289 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 298 aa  199  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 295 aa  200  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 294 aa  200  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 298 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 293 aa  199  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 311 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.25 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 298 aa  195  6e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.54 
 
 		 299 aa  195  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.27 
 
 		 289 aa  195  6e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 305 aa  195  6e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 300 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 294 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 335 aa  195  9e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 299 aa  193  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 324 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 307 aa  192  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.25 
 
 		 290 aa  192  5e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  32.3 
 
 		 288 aa  192  6e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 304 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 309 aa  192  7e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 310 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 310 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.93 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>