More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2882 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_2882  ribosome recycling factor  100 
 
 
185 aa  374  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  3.96733e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3278  ribosome recycling factor  88.04 
 
 
185 aa  333  9e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  2.13543e-05  hitchhiker  0.000283754 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3158  ribosome recycling factor  88.04 
 
 
185 aa  333  1e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000691666  normal  0.144971 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2632  ribosome recycling factor  84.24 
 
 
185 aa  320  6e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  7.51677e-09  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1142  ribosome recycling factor  81.52 
 
 
185 aa  308  2e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  8.69669e-05  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2638  ribosome recycling factor  81.52 
 
 
185 aa  306  2e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  4.56907e-09  normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2812  ribosome recycling factor  81.52 
 
 
185 aa  305  2e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.00926e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2705  ribosome recycling factor  81.52 
 
 
185 aa  306  2e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  8.41959e-06  hitchhiker  0.00246061 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1632  ribosome recycling factor  80.43 
 
 
185 aa  303  7e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1351  ribosome recycling factor  80.43 
 
 
185 aa  303  7e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  7.17676e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1453  ribosome recycling factor  80.43 
 
 
185 aa  301  3e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  4.9819e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2899  ribosome recycling factor  80.43 
 
 
185 aa  301  3e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  9.32331e-05  normal  0.103531 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1484  ribosome recycling factor  79.89 
 
 
185 aa  301  4e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  7.09639e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1448  ribosome recycling factor  79.89 
 
 
185 aa  301  4e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  2.14173e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1557  ribosome recycling factor  79.35 
 
 
185 aa  301  4e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.35969e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1273  ribosome recycling factor  78.92 
 
 
185 aa  295  2e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0235676  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3787  ribosome recycling factor  70.27 
 
 
185 aa  270  9e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00158477 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3432  ribosome recycling factor  67.57 
 
 
185 aa  264  6e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000874312  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1016  ribosome recycling factor  67.57 
 
 
185 aa  264  6e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22168e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1069  ribosome recycling factor  67.57 
 
 
185 aa  264  6e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00702897  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2978  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  263  8e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3162  ribosome recycling factor  68.65 
 
 
185 aa  263  1e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0860569  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2973  ribosome recycling factor  68.48 
 
 
185 aa  262  3e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0944  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  261  4e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00170  ribosome releasing factor  68.11 
 
 
185 aa  258  3e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148385  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0176  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  258  3e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  6.6149e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0174  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  258  3e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00802553  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3488  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  258  3e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00730416  normal  0.367592 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0183  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  258  3e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07548  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00169  hypothetical protein  68.11 
 
 
185 aa  258  3e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.160878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0182  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  258  3e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  7.23298e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0165  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  258  3e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000948857  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3431  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  258  3e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  5.10427e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002749  ribosome recycling factor  65.95 
 
 
185 aa  258  4e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.6264e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3357  ribosome recycling factor  67.57 
 
 
185 aa  257  5e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.229017  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0986  ribosome recycling factor  65.41 
 
 
185 aa  258  5e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00114143  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1252  ribosome recycling factor  67.39 
 
 
185 aa  257  8e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.538826  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0710  ribosome recycling factor  68.11 
 
 
185 aa  256  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0332878  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1848  ribosome recycling factor  65.41 
 
 
185 aa  253  8e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.01497e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03234  ribosome recycling factor  65.95 
 
 
185 aa  253  1e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0259  ribosome recycling factor  65.95 
 
 
185 aa  251  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00118776  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0244  ribosome recycling factor  65.95 
 
 
185 aa  251  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0241  ribosome recycling factor  65.95 
 
 
185 aa  251  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.331553 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0241  ribosome recycling factor  65.95 
 
 
185 aa  251  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.743934 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0257  ribosome recycling factor  65.95 
 
 
185 aa  251  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.585226 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01376  ribosome recycling factor  66.3 
 
 
185 aa  250  7e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0186665  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2424  ribosome recycling factor  63.24 
 
 
185 aa  249  1e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00108894  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  64.32 
 
 
185 aa  248  5e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  62.16 
 
 
185 aa  246  1e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1486  ribosome recycling factor  61.2 
 
 
185 aa  234  4e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0107069  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17100  ribosome recycling factor  60.66 
 
 
185 aa  233  1e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  58.92 
 
 
185 aa  233  1e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38960  ribosome recycling factor  61.75 
 
 
185 aa  232  2e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  58.38 
 
 
185 aa  232  3e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1275  ribosome recycling factor  60 
 
 
185 aa  231  4e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00110727  normal  0.535196 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1860  ribosome recycling factor  60 
 
 
185 aa  229  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.747676  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0811  ribosome recycling factor  57.3 
 
 
187 aa  229  2e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.415251  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0570  ribosome recycling factor  59.02 
 
 
185 aa  226  2e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0496987  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1494  ribosome recycling factor  58.99 
 
 
185 aa  225  3e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1527  ribosome recycling factor  57.92 
 
 
185 aa  224  4e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00139576  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1282  ribosome recycling factor  54.05 
 
 
185 aa  224  6e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  3.66075e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0566  ribosome recycling factor  58.15 
 
 
185 aa  223  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.395524  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0510  ribosome recycling factor  57.22 
 
 
186 aa  221  4e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0317856  normal  0.376064 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1713  ribosome recycling factor  57.92 
 
 
184 aa  221  7e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.634528  normal  0.959645 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1463  ribosome recycling factor  55.68 
 
 
185 aa  220  7e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.318607  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1801  ribosome recycling factor  58.7 
 
 
184 aa  219  1e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0761482  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0530  ribosome recycling factor  53.51 
 
 
185 aa  219  2e-56  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1534  ribosome recycling factor  56.83 
 
 
184 aa  218  5e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0202403 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  55.49 
 
 
186 aa  217  8e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2594  ribosome recycling factor  54.59 
 
 
187 aa  217  9e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00709219  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1451  ribosome recycling factor  53.51 
 
 
185 aa  216  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.166496  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0327  ribosome recycling factor  55.74 
 
 
190 aa  216  2e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0362  ribosome recycling factor  55.74 
 
 
190 aa  216  2e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0611  ribosome recycling factor  55.19 
 
 
185 aa  216  2e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106434  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4079  ribosome recycling factor  55.74 
 
 
185 aa  214  8e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.330007 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2692  ribosome recycling factor  54.4 
 
 
186 aa  214  8e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1448  ribosome recycling factor  55.56 
 
 
186 aa  213  1e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01128  ribosome recycling factor  56.28 
 
 
185 aa  212  2e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.291437  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2175  ribosome recycling factor  53.51 
 
 
185 aa  213  2e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.356532  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1542  ribosome recycling factor  54.64 
 
 
185 aa  212  3e-54  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2030  ribosome recycling factor  52.75 
 
 
186 aa  211  4e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0660  ribosome recycling factor  54.1 
 
 
185 aa  211  5e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0788  ribosome recycling factor  55.49 
 
 
189 aa  211  6e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.119602 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  52.2 
 
 
186 aa  210  8e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2049  ribosome recycling factor  52.2 
 
 
186 aa  210  8e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360804  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  52.2 
 
 
186 aa  210  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  52.2 
 
 
186 aa  210  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  52.2 
 
 
186 aa  210  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  52.2 
 
 
186 aa  210  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  52.2 
 
 
186 aa  210  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  52.2 
 
 
186 aa  210  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  52.2 
 
 
186 aa  210  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  53.3 
 
 
186 aa  209  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  52.75 
 
 
186 aa  209  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  53.3 
 
 
186 aa  209  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2036  ribosome recycling factor  52.2 
 
 
186 aa  208  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.605835  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3050  ribosome recycling factor  54.64 
 
 
185 aa  208  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.672962  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6061  ribosome recycling factor  52.2 
 
 
186 aa  208  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791603  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4945  ribosome recycling factor  54.4 
 
 
186 aa  208  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2016  ribosome recycling factor  52.2 
 
 
186 aa  208  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>