More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2639 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
296 aa  613  1e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  69.83 
 
 
295 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  70.51 
 
 
320 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  71.19 
 
 
301 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  69.49 
 
 
295 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  70.17 
 
 
320 aa  441  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  69.49 
 
 
295 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  69.49 
 
 
295 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  70.17 
 
 
320 aa  443  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  69.73 
 
 
297 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  70.07 
 
 
295 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  68.03 
 
 
296 aa  426  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  65.99 
 
 
309 aa  409  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.75 
 
 
294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.41 
 
 
294 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.41 
 
 
294 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
293 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
293 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
293 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.41 
 
 
294 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.41 
 
 
294 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
295 aa  193  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 
294 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
294 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.02 
 
 
293 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 
311 aa  189  7e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 
311 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 
307 aa  187  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 
307 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.02 
 
 
307 aa  186  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.83 
 
 
305 aa  186  4e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 
305 aa  186  4e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 
305 aa  186  4e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 
305 aa  186  4e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 
305 aa  186  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 
305 aa  186  4e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 
305 aa  186  4e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 
305 aa  186  4e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  38.83 
 
 
305 aa  186  4e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.12 
 
 
305 aa  186  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 
305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 
305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 
305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 
305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 
305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
300 aa  182  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
300 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 
308 aa  182  9.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 
305 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
300 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 
304 aa  181  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 
303 aa  180  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 
308 aa  180  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 
303 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 
303 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
316 aa  179  5.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 
303 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 
303 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 
303 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
301 aa  178  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 
303 aa  178  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
296 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  42.64 
 
 
308 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 
305 aa  177  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
296 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
296 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
296 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.59 
 
 
303 aa  177  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 
306 aa  176  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
305 aa  176  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 
303 aa  176  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.13 
 
 
321 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
310 aa  176  5e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 
303 aa  176  5e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
304 aa  176  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 
303 aa  175  6e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 
303 aa  175  6e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 
303 aa  175  6e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 
303 aa  175  6e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 
302 aa  175  7e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
301 aa  175  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
311 aa  175  8e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
321 aa  175  9e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
321 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
321 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
321 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
321 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
321 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 
294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 
296 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 
303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  34.6 
 
 
304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 
303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.29 
 
 
320 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.16 
 
 
310 aa  172  5.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
308 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>