More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2504 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01080  fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA-binding protein/RNA degradosome binding protein  54.74 
 
 		 1061 aa  816    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00444981  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  60.47 
 
 		 1038 aa  637    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  61.3 
 
 		 928 aa  697    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2562  ribonuclease, Rne/Rng family  54.31 
 
 		 1061 aa  808    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000807422  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  47.73 
 
 		 1011 aa  686    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1297  ribonuclease E  55.19 
 
 		 1067 aa  826    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148033 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  61.36 
 
 		 1144 aa  1186    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000580294  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  59.64 
 
 		 1091 aa  702    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1481  ribonuclease E  54.45 
 
 		 885 aa  678    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00665357  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3507  ribonuclease E  62.81 
 
 		 1216 aa  873    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0058516  normal  0.0230667 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  51.89 
 
 		 1014 aa  683    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2289  ribonuclease E  58.78 
 
 		 1004 aa  884    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705464  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  59.64 
 
 		 1090 aa  701    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  50.94 
 
 		 1044 aa  660    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  60.65 
 
 		 1088 aa  1181    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  52.37 
 
 		 1128 aa  716    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  62.68 
 
 		 1090 aa  662    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2244  ribonuclease E  51.37 
 
 		 663 aa  641    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2216  ribonuclease E  51.92 
 
 		 663 aa  642    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  52.91 
 
 		 1120 aa  715    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  62.68 
 
 		 1087 aa  662    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  56.35 
 
 		 998 aa  637    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  57.72 
 
 		 870 aa  674    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  62.63 
 
 		 1073 aa  726    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  60.29 
 
 		 1042 aa  672    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1707  ribonuclease  60.61 
 
 		 1148 aa  1179    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116835  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  59.75 
 
 		 873 aa  676    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  57.61 
 
 		 1056 aa  738    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1898  ribonuclease E  73.84 
 
 		 1122 aa  830    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000446531  hitchhiker  0.000483574 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  62.45 
 
 		 1085 aa  656    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  62.68 
 
 		 1088 aa  662    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  58.14 
 
 		 764 aa  682    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  58.51 
 
 		 1082 aa  709    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  52.26 
 
 		 1132 aa  702    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1253  ribonuclease E  55.28 
 
 		 1067 aa  838    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.16743 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  69.6 
 
 		 1201 aa  1189    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  56.97 
 
 		 1053 aa  664    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  63.78 
 
 		 1091 aa  681    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  63.25 
 
 		 1142 aa  1257    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  61.72 
 
 		 752 aa  722    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  62.68 
 
 		 1090 aa  662    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  51.52 
 
 		 977 aa  676    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  60.76 
 
 		 1131 aa  939    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  62.81 
 
 		 1216 aa  873    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  62.65 
 
 		 1068 aa  658    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2003  ribonuclease E  55.19 
 
 		 1067 aa  826    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000122213  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0592  ribonuclease  57.28 
 
 		 1058 aa  636    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0452769 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0595  ribonuclease  53.1 
 
 		 718 aa  652    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000095022  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1569  ribonuclease E  62.81 
 
 		 1216 aa  874    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000219809  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  56.85 
 
 		 1092 aa  669    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  59.25 
 
 		 1007 aa  643    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  62.68 
 
 		 1087 aa  662    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  70.52 
 
 		 968 aa  736    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2516  ribonuclease E  55.44 
 
 		 1061 aa  820    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000196842  hitchhiker  0.0002174 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1207  ribonuclease E  54.74 
 
 		 1061 aa  817    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187022  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  54.11 
 
 		 904 aa  710    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1600  ribonuclease E  68.26 
 
 		 1048 aa  837    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  53.07 
 
 		 1041 aa  644    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  59.01 
 
 		 1096 aa  669    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  61.05 
 
 		 1128 aa  1161    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  59.93 
 
 		 1102 aa  1194    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1590  ribonuclease E  54.15 
 
 		 720 aa  652    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000584784  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  67.56 
 
 		 1175 aa  749    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  57.54 
 
 		 1025 aa  644    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1207  ribonuclease E  54.86 
 
 		 1061 aa  818    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738621  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2187  ribonuclease E  55.4 
 
 		 1068 aa  841    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.33181  hitchhiker  0.00000000773492 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1173  ribonuclease E  57.48 
 
 		 1040 aa  646    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0440  ribonuclease E  68.98 
 
 		 589 aa  728    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  58.82 
 
 		 1072 aa  724    Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  58.85 
 
 		 1086 aa  707    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  58.64 
 
 		 1059 aa  664    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  60.76 
 
 		 1158 aa  1186    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  61.76 
 
 		 1071 aa  788    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  62.68 
 
 		 1088 aa  662    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2134  ribonuclease  54.7 
 
 		 1070 aa  957    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  59.38 
 
 		 1111 aa  665    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0715  ribonuclease E  62 
 
 		 942 aa  845    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.32082  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  61.5 
 
 		 1093 aa  1199    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  61.44 
 
 		 1095 aa  1211    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  100 
 
 		 1084 aa  2173    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  69.73 
 
 		 1073 aa  742    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  60.14 
 
 		 1124 aa  1179    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  56.54 
 
 		 865 aa  689    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  58.02 
 
 		 1068 aa  666    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  62.52 
 
 		 1057 aa  734    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  56.88 
 
 		 879 aa  684    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  58.64 
 
 		 1059 aa  664    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3086  ribonuclease  57.92 
 
 		 1076 aa  640    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  62.87 
 
 		 1128 aa  1217    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  58.64 
 
 		 1056 aa  665    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  52.4 
 
 		 1132 aa  703    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  61.42 
 
 		 1098 aa  1205    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1282  ribonuclease E  55.31 
 
 		 1068 aa  828    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.783205  hitchhiker  0.0000048225 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  54.16 
 
 		 1238 aa  700    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  58.82 
 
 		 1097 aa  666    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1615  ribonuclease E  65.46 
 
 		 688 aa  859    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120942  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2241  ribonuclease E  54.74 
 
 		 1061 aa  815    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000115068  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  60.68 
 
 		 1141 aa  1156    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2042  ribonuclease E  54.28 
 
 		 1057 aa  818    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000184616  hitchhiker  0.00765925 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  73.78 
 
 		 1065 aa  899    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.162702 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>