More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1453 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2914  LysR family transcriptional regulator  76.27 
 
 		 295 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.298049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  73.04 
 
 		 293 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  73.04 
 
 		 293 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  73.04 
 
 		 293 aa  450  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  72.35 
 
 		 293 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  72.35 
 
 		 293 aa  448  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  72.35 
 
 		 293 aa  448  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  72.35 
 
 		 293 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  72.7 
 
 		 293 aa  450  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  72.7 
 
 		 293 aa  449  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  72.35 
 
 		 289 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  70.85 
 
 		 296 aa  426  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  66.21 
 
 		 293 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 295 aa  263  4e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  44.64 
 
 		 289 aa  257  1e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  43.25 
 
 		 289 aa  250  2e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 289 aa  247  2e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 307 aa  235  5.0000000000000005e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.75 
 
 		 290 aa  227  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 300 aa  222  4.9999999999999996e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 300 aa  222  6e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  37.46 
 
 		 294 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.11 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 305 aa  209  3e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 297 aa  192  4e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.64 
 
 		 293 aa  191  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 293 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 293 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 293 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  32.18 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  31.83 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  31.83 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  31.83 
 
 		 296 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 292 aa  126  5e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  28.08 
 
 		 292 aa  126  5e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.93 
 
 		 299 aa  124  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.01 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.59 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.59 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.59 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.39 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  29.39 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 296 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1565  malolactic fermentation system transcription activator  29.34 
 
 		 297 aa  119  3.9999999999999996e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 293 aa  119  7e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 300 aa  116  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1516  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 300 aa  116  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 294 aa  116  5e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0894  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 305 aa  113  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 306 aa  112  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 295 aa  112  6e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 316 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 343 aa  112  7.000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  26.42 
 
 		 294 aa  112  9e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 293 aa  112  9e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0142  LysR family malolactic regulator  23.55 
 
 		 297 aa  112  9e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000010919  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  23.45 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  26.42 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  23.45 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.31 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.24 
 
 		 328 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5069  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5310  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1453799999999997e-20 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5454  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.533779  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 307 aa  108  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 310 aa  108  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 292 aa  108  8.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  30.77 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  30.77 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>