241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1394 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  100 
 
 		 173 aa  360  5.0000000000000005e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  62.01 
 
 		 179 aa  236  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  57.14 
 
 		 175 aa  217  7.999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  55.62 
 
 		 166 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  54.39 
 
 		 166 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  55.23 
 
 		 168 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  54.65 
 
 		 168 aa  192  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  54.12 
 
 		 168 aa  191  4e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  54.12 
 
 		 168 aa  191  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  53.49 
 
 		 170 aa  190  7e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  54.07 
 
 		 166 aa  190  9e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  54.07 
 
 		 166 aa  190  9e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  53.49 
 
 		 166 aa  189  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  54.24 
 
 		 179 aa  188  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  52.33 
 
 		 168 aa  187  8e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  50.59 
 
 		 167 aa  174  4e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  35.26 
 
 		 162 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  35.26 
 
 		 162 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  35.26 
 
 		 162 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  35.26 
 
 		 162 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  35.26 
 
 		 162 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  34.12 
 
 		 162 aa  104  7e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  34.12 
 
 		 162 aa  104  8e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  34.12 
 
 		 162 aa  104  8e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  34.12 
 
 		 162 aa  104  8e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  34.12 
 
 		 162 aa  104  8e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  34.12 
 
 		 162 aa  104  8e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  34.12 
 
 		 162 aa  104  8e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  34.12 
 
 		 162 aa  104  8e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  34.12 
 
 		 162 aa  104  8e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  34.3 
 
 		 163 aa  102  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  36.26 
 
 		 162 aa  101  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  34.94 
 
 		 162 aa  99.4  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  35.4 
 
 		 162 aa  98.2  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  33.53 
 
 		 174 aa  96.3  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  32.35 
 
 		 165 aa  94.4  6e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  35.22 
 
 		 162 aa  94.4  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  34.55 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  31.36 
 
 		 169 aa  89.4  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  31.06 
 
 		 182 aa  89.4  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  33.94 
 
 		 161 aa  88.2  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  33.94 
 
 		 162 aa  88.2  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  30.59 
 
 		 170 aa  87.4  8e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  31.79 
 
 		 166 aa  85.9  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  33.33 
 
 		 162 aa  85.1  4e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  32.37 
 
 		 166 aa  85.1  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  32.95 
 
 		 177 aa  84  9e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  29.88 
 
 		 153 aa  81.6  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  29.41 
 
 		 170 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  28.4 
 
 		 174 aa  78.6  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  30.54 
 
 		 165 aa  78.6  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  30.36 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  27.38 
 
 		 175 aa  73.6  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  28.92 
 
 		 167 aa  72.8  0.000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  28.92 
 
 		 167 aa  72.4  0.000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  28.65 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  28.4 
 
 		 194 aa  67  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  28.57 
 
 		 194 aa  65.5  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  26.79 
 
 		 194 aa  65.1  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  29.45 
 
 		 184 aa  64.3  0.0000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  26.9 
 
 		 197 aa  62.4  0.000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  27.91 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  26.29 
 
 		 184 aa  60.8  0.000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  26.44 
 
 		 187 aa  61.2  0.000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  27.54 
 
 		 173 aa  60.5  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  25.73 
 
 		 169 aa  58.2  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1587  transcription antitermination protein nusG  25.15 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_866  transcription antiterminator  27.01 
 
 		 177 aa  56.2  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00385803  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0885  transcription antitermination protein nusG  27.01 
 
 		 177 aa  56.2  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0219053  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1532  NusG antitermination factor  28.65 
 
 		 174 aa  55.1  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000537782  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0204  NusG antitermination factor  26.52 
 
 		 188 aa  55.1  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  25.15 
 
 		 176 aa  54.7  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  27.11 
 
 		 170 aa  54.7  0.0000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1321  transcription antitermination protein NusG  27.17 
 
 		 176 aa  54.7  0.0000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000116235  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  26.06 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  26.04 
 
 		 196 aa  54.3  0.0000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2130  NusG antitermination factor  24.58 
 
 		 176 aa  54.3  0.0000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0645684  normal  0.768925 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  27.81 
 
 		 190 aa  54.3  0.0000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  25.71 
 
 		 243 aa  54.3  0.0000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2991  transcription antitermination protein nusG  26.16 
 
 		 184 aa  53.9  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2364  NusG antitermination factor  23.81 
 
 		 179 aa  53.9  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0318836  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2687  NusG antitermination factor  27.93 
 
 		 185 aa  53.5  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  26.47 
 
 		 175 aa  53.5  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2276  NusG antitermination factor  23.81 
 
 		 179 aa  53.9  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0994  transcription antitermination protein NusG  26.44 
 
 		 177 aa  53.1  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000169889  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2226  NusG antitermination factor  23.35 
 
 		 179 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0470266 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  27.17 
 
 		 182 aa  52.8  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1492  NusG antitermination factor  25.81 
 
 		 178 aa  52  0.000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.509367  normal  0.372591 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0058  transcriptional activator  34.31 
 
 		 159 aa  52  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2719  transcription antitermination protein nusG  25.7 
 
 		 177 aa  52  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00403072  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23990  transcription antitermination protein nusG  24.31 
 
 		 301 aa  50.8  0.000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.160343  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0176  transcription antitermination protein NusG  26.88 
 
 		 176 aa  50.8  0.000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0141603  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0438  transcription termination/antitermination factor NusG  28.65 
 
 		 204 aa  50.8  0.000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  26.06 
 
 		 189 aa  50.4  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4681  transcription antitermination protein nusG  21.11 
 
 		 199 aa  50.4  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000131174  hitchhiker  0.00867825 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0444  NusG antitermination factor  23.39 
 
 		 183 aa  50.4  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03630  transcription antitermination protein nusG  22.35 
 
 		 267 aa  50.8  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0307  NusG antitermination factor  24.58 
 
 		 172 aa  50.1  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000155754  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1544  NusG antitermination factor  25.71 
 
 		 180 aa  50.1  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.52343  normal  0.525349 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2445  NusG antitermination factor  22.41 
 
 		 172 aa  50.1  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.012878  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>