More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1182 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A3276  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.6 
 
 
744 aa  885  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00140611  normal  0.0304818 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1111  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  82.31 
 
 
735 aa  1269  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.70035e-06  normal  0.84646 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3353  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  85.03 
 
 
735 aa  1316  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000634706  hitchhiker  0.000162185 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1217  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.37 
 
 
746 aa  708  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.212214  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52180  GTP pyrophosphokinase  49.63 
 
 
747 aa  710  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00224344  normal  0.0200902 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2922  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.57 
 
 
744 aa  879  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  1.6084e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0928  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.57 
 
 
744 aa  880  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  3.82583e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3449  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.09 
 
 
744 aa  883  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  3.78764e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1257  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.37 
 
 
746 aa  707  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.648227  normal  0.0100627 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0095  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  55.01 
 
 
745 aa  838  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000291848  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3707  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  57.18 
 
 
720 aa  859  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  6.87808e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3089  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.7 
 
 
744 aa  880  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.4869e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3097  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.47 
 
 
744 aa  886  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  4.0075e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03401  GTP pyrophosphokinase  56.06 
 
 
727 aa  847  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00113456  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3115  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.47 
 
 
744 aa  886  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0106723  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3162  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.6 
 
 
744 aa  886  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00447218  normal  0.0412564 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3178  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.47 
 
 
744 aa  884  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00141228  normal  0.185279 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1193  RelA/SpoT family protein  79.05 
 
 
735 aa  1240  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  3.49735e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1638  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  49.78 
 
 
750 aa  694  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1177  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  82.31 
 
 
735 aa  1269  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000122235  normal  0.0382614 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0983  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.09 
 
 
744 aa  884  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  4.24886e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1111  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  82.31 
 
 
735 aa  1268  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.24023e-06  normal  0.850048 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1202  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  83.02 
 
 
734 aa  1254  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.41345e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4576  GTP pyrophosphokinase  49.63 
 
 
747 aa  710  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1253  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.19 
 
 
749 aa  662  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  6.16192e-06  normal  0.537629 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4062  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.37 
 
 
746 aa  710  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733474  normal  0.507158 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2029  GTP pyrophosphokinase  55.54 
 
 
738 aa  855  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.78935e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1735  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  47.28 
 
 
747 aa  712  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2765  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  81.77 
 
 
735 aa  1264  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  5.17482e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3146  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  82.2 
 
 
736 aa  1265  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.3894e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3236  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.55 
 
 
743 aa  895  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  4.65507e-06  normal  0.0411901 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3144  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  82.45 
 
 
735 aa  1271  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  3.86215e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3319  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.09 
 
 
744 aa  883  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  2.6158e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03528  GTP pyrophosphokinase  54.7 
 
 
739 aa  835  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3289  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  82.2 
 
 
736 aa  1266  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.82723e-05  hitchhiker  0.000963897 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1182  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  100 
 
 
735 aa  1506  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.5957e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0792  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.3 
 
 
743 aa  886  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  2.58134e-08  normal  0.259843 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1287  GTP diphosphokinase  86.53 
 
 
735 aa  1347  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.26799e-05  unclonable  1.90177e-10 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1033  GTP diphosphokinase  80.27 
 
 
734 aa  1243  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0165822  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3088  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.57 
 
 
744 aa  880  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.21392e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0530  (p)ppGpp synthetase I and guanosine-3',5'-bis pyrophosphate 3'-pyrophosphohydrolase  55.62 
 
 
737 aa  858  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  5.5023e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2238  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.53 
 
 
745 aa  695  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2928  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.57 
 
 
744 aa  880  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.88713e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2518  GTP pyrophosphokinase  54.5 
 
 
745 aa  842  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.326663  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1694  GTP pyrophosphokinase  49.19 
 
 
744 aa  709  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3548  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.49 
 
 
745 aa  897  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  4.88354e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4217  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  49.04 
 
 
747 aa  706  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.630753  normal  0.166967 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3455  GTP pyrophosphokinase  82.59 
 
 
735 aa  1271  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02591  hypothetical protein  58.57 
 
 
744 aa  880  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  1.04096e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37060  RelA/SpoT protein  48.24 
 
 
749 aa  686  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00582579  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1656  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.37 
 
 
746 aa  711  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.764333  normal  0.672411 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0815  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.08 
 
 
745 aa  902  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000200525  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4115  GTP pyrophosphokinase  55.8 
 
 
737 aa  832  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3695  RelA/SpoT protein  49.78 
 
 
747 aa  714  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.120676  hitchhiker  0.00160014 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3389  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.11 
 
 
744 aa  902  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000633248  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1571  GTP pyrophosphokinase  48.02 
 
 
734 aa  667  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1413  GTP pyrophosphokinase  48.17 
 
 
734 aa  668  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0849  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.03 
 
 
746 aa  886  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  2.21192e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002504  GTP pyrophosphokinase (p)ppGpp synthetase I  54.31 
 
 
739 aa  834  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  5.45051e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4044  GDP/GTP pyrophosphokinase  58.57 
 
 
744 aa  880  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  4.09177e-07  normal  0.332873 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02629  (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase  58.57 
 
 
744 aa  880  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  8.29976e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1225  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  82.34 
 
 
736 aa  1268  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  3.85822e-06  hitchhiker  4.64674e-08 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0904  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  58.57 
 
 
744 aa  880  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  6.60798e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1049  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  79.32 
 
 
756 aa  1227  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  1.45818e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2238  GTP diphosphokinase  43.63 
 
 
746 aa  632  1e-180  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.338893  hitchhiker  0.000119577 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2113  GTP diphosphokinase  44.65 
 
 
770 aa  615  1e-174  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.978919  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1097  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.64 
 
 
735 aa  611  1e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00537939  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1533  RelA/SpoT family protein  41.46 
 
 
714 aa  603  1e-171  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  5.77209e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1462  GTP pyrophosphokinase  41.46 
 
 
714 aa  600  1e-170  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00122903  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1740  metal dependent phosphohydrolase  44.62 
 
 
736 aa  593  1e-168  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1300  RelA/SpoT protein  41.2 
 
 
714 aa  580  1e-164  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00320424  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2827  RelA/SpoT protein  43.23 
 
 
740 aa  581  1e-164  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00393712  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1159  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  41.63 
 
 
742 aa  576  1e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123492  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1920  GTP pyrophosphokinase  42.77 
 
 
718 aa  576  1e-163  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.682982  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1298  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  42.57 
 
 
740 aa  573  1e-162  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000189131  hitchhiker  0.0061753 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1052  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.19 
 
 
733 aa  573  1e-162  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1274  RelA/SpoT protein  41.67 
 
 
741 aa  566  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.266642  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2505  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  43.43 
 
 
729 aa  566  1e-160  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3609  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.48 
 
 
726 aa  560  1e-158  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00130344  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3099  RelA/SpoT family protein  41.95 
 
 
718 aa  561  1e-158  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_5  relA/spoT protein, GTP pyrophosphokinase  40.26 
 
 
728 aa  556  1e-157  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1978  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.46 
 
 
741 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.699321  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1559  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.85 
 
 
746 aa  555  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0998  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.37 
 
 
721 aa  555  1e-156  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1288  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.82 
 
 
729 aa  555  1e-156  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0314087  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0939  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.85 
 
 
732 aa  553  1e-156  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0005  GTP pyrophosphokinase  40.37 
 
 
728 aa  554  1e-156  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0005  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.31 
 
 
728 aa  551  1e-155  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1648  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  39.59 
 
 
741 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0787569 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0991  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.6 
 
 
745 aa  549  1e-155  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  1.21371e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1398  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.83 
 
 
739 aa  547  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  8.92312e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2280  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.18 
 
 
734 aa  546  1e-154  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0122723  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1212  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  40.92 
 
 
716 aa  548  1e-154  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1451  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.6 
 
 
745 aa  547  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00161513  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1358  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41 
 
 
739 aa  547  1e-154  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0562025  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1680  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  39.34 
 
 
717 aa  545  1e-154  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0127021 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1576  GTP pyrophosphokinase  40.03 
 
 
746 aa  546  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4151  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  40.91 
 
 
727 aa  546  1e-154  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1473  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.6 
 
 
745 aa  548  1e-154  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0014242  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2597  GTP pyrophosphokinase  40.28 
 
 
725 aa  545  1e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>