More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1156 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
370 aa  744  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  3.11518e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  64.84 
 
 
369 aa  478  1e-134  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.22351e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  64.84 
 
 
369 aa  478  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.18856e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  64.55 
 
 
369 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  9.84298e-06  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  64.84 
 
 
369 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  7.21535e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  65.36 
 
 
372 aa  473  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  61.75 
 
 
369 aa  458  1e-128  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  67.48 
 
 
370 aa  454  1e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  65.31 
 
 
370 aa  452  1e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  65.89 
 
 
373 aa  454  1e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  3.35121e-05  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1266  RND family efflux transporter MFP subunit  68.86 
 
 
371 aa  445  1e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  3.2302e-07  hitchhiker  0.00027333 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1365  RND family efflux transporter MFP subunit  70.61 
 
 
370 aa  447  1e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  2.56097e-05  hitchhiker  0.000707959 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  63.49 
 
 
365 aa  420  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  1.01532e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  61.95 
 
 
417 aa  414  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  57.26 
 
 
359 aa  406  1e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  60.84 
 
 
369 aa  404  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.60707e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  60.97 
 
 
350 aa  398  1e-110  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  62.25 
 
 
352 aa  391  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  4.66929e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  57.31 
 
 
390 aa  386  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  7.2673e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  33.62 
 
 
374 aa  192  9e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 
355 aa  188  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  32.94 
 
 
349 aa  185  1e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 
364 aa  182  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  33.54 
 
 
376 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  32.55 
 
 
361 aa  178  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  35.23 
 
 
360 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 
360 aa  177  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  35.23 
 
 
360 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  1.41161e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  33.54 
 
 
361 aa  177  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  34.9 
 
 
360 aa  176  4e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  31.07 
 
 
361 aa  176  7e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  1.51053e-06 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  34.39 
 
 
361 aa  175  1e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  2.48395e-06  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.68 
 
 
368 aa  173  4e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  32.23 
 
 
361 aa  172  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  31.71 
 
 
360 aa  169  5e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  5.42821e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  33.79 
 
 
366 aa  170  5e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  33.8 
 
 
360 aa  169  8e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  7.07575e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.8 
 
 
360 aa  169  9e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  4.36323e-06  hitchhiker  1.1193e-07 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  32.57 
 
 
360 aa  169  9e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  33.8 
 
 
360 aa  169  9e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  31.77 
 
 
375 aa  163  4e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  29.46 
 
 
392 aa  163  5e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  29.76 
 
 
385 aa  160  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  2.32808e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  31.83 
 
 
360 aa  160  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.90652e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  33.73 
 
 
351 aa  160  4e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  33.73 
 
 
351 aa  159  5e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  32.48 
 
 
365 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  32.48 
 
 
365 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  32.48 
 
 
365 aa  158  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  32.48 
 
 
365 aa  158  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  32.48 
 
 
365 aa  158  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  32.48 
 
 
365 aa  158  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  32.48 
 
 
365 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  32.42 
 
 
365 aa  157  4e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  32.18 
 
 
318 aa  154  2e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  30.39 
 
 
360 aa  153  4e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 
365 aa  152  8e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  34.38 
 
 
353 aa  151  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  30.93 
 
 
354 aa  149  6e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  27.79 
 
 
366 aa  149  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  3.31728e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  30.65 
 
 
381 aa  149  7e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  30.23 
 
 
354 aa  147  2e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 
382 aa  147  4e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  30.03 
 
 
406 aa  147  4e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.37 
 
 
403 aa  145  8e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.38 
 
 
397 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01700  RND family efflux system membrane fusion protein  27.91 
 
 
328 aa  144  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  31.17 
 
 
360 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_004310  BR0276  transporter, putative  29.9 
 
 
383 aa  144  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3081  RND family efflux transporter MFP subunit  32.44 
 
 
371 aa  142  6e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153012  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2034  RND family efflux transporter MFP subunit  31.6 
 
 
403 aa  142  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0290  putative transporter  29.9 
 
 
383 aa  142  7e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0341  RND family efflux transporter MFP subunit  29.94 
 
 
375 aa  142  9e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.666034  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2224  multidrug efflux pump, membrane fusion protein  29.08 
 
 
388 aa  142  9e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  30.11 
 
 
382 aa  142  1e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.56 
 
 
375 aa  141  1e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  30.09 
 
 
382 aa  142  1e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.82 
 
 
368 aa  140  2e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.47 
 
 
388 aa  141  2e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.51 
 
 
371 aa  141  2e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.41 
 
 
380 aa  141  2e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2269  RND family efflux transporter MFP subunit  29.04 
 
 
390 aa  139  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0264196  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  31.44 
 
 
397 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0900  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 
388 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2001  secretion protein HlyD  30.35 
 
 
375 aa  137  3e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.167131  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  27.75 
 
 
373 aa  137  3e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  28.52 
 
 
365 aa  137  3e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  27.73 
 
 
368 aa  137  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2816  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.19 
 
 
403 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51387  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.49 
 
 
372 aa  136  7e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  29.01 
 
 
376 aa  134  2e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 
379 aa  134  2e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  8.51177e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  29.58 
 
 
381 aa  134  2e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  30.3 
 
 
403 aa  134  3e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  27.51 
 
 
368 aa  132  8e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.55433e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  28.9 
 
 
397 aa  132  1e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  28.3 
 
 
373 aa  132  1e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  31.1 
 
 
397 aa  132  1e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  27.45 
 
 
340 aa  131  2e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 
440 aa  130  4e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>