134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0701 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_0701  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 
308 aa  636    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3795  transcriptional regulator, CadC  43.17 
 
 
325 aa  260  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.264433  decreased coverage  0.000000426063 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0468  putative transcriptional regulator, CadC  41.04 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0418  putative transcriptional regulator, CadC  39 
 
 
297 aa  199  7e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000126623  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3128  response regulator receiver protein  34.97 
 
 
270 aa  81.6  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2324  response regulator receiver protein  36.61 
 
 
256 aa  80.9  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.618998 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2180  response regulator receiver protein  35.2 
 
 
227 aa  78.6  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.532549 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1547  response regulator receiver protein  34.82 
 
 
256 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00304895  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  30.21 
 
 
522 aa  64.3  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 
294 aa  61.6  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  27.07 
 
 
521 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3408  response regulator receiver protein  32.58 
 
 
215 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000203949  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  29.79 
 
 
527 aa  58.9  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2671  response regulator receiver domain-containing protein  35.51 
 
 
287 aa  57.8  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1943  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.91 
 
 
596 aa  57.4  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  24.81 
 
 
425 aa  53.5  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  32.17 
 
 
658 aa  53.5  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  25.27 
 
 
521 aa  53.1  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  27.27 
 
 
580 aa  52.4  0.000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1607  response regulator receiver domain-containing protein  37.23 
 
 
186 aa  52  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.790082 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  35.48 
 
 
604 aa  52.4  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  36.36 
 
 
493 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  36.36 
 
 
493 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  28.12 
 
 
525 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  31.87 
 
 
711 aa  51.6  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  36.36 
 
 
493 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  27.37 
 
 
224 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  30.56 
 
 
618 aa  50.8  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  30.43 
 
 
330 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  27.08 
 
 
522 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0092  response regulator receiver protein  36.47 
 
 
383 aa  50.1  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.170556  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  29.53 
 
 
1010 aa  50.4  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  30.61 
 
 
1014 aa  50.1  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1697  response regulator receiver protein  33.01 
 
 
164 aa  49.7  0.00006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.359972 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  23.08 
 
 
413 aa  49.3  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  23.08 
 
 
413 aa  49.3  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  23.08 
 
 
413 aa  49.3  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  28.89 
 
 
330 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2110  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 
789 aa  49.3  0.00008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.377648  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  30.85 
 
 
227 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  30.85 
 
 
227 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1755  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.54 
 
 
781 aa  48.5  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  30.85 
 
 
227 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  30.85 
 
 
227 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  30.85 
 
 
227 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  30.85 
 
 
227 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  30.85 
 
 
227 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 
225 aa  48.1  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1709  putative PAS/PAC sensor protein  28.71 
 
 
669 aa  48.1  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0628445  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1649  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.96 
 
 
550 aa  48.1  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.181327  normal  0.670777 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  32.63 
 
 
1001 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  29.79 
 
 
227 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  26.04 
 
 
531 aa  48.5  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1316  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.21 
 
 
232 aa  48.5  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  30 
 
 
584 aa  48.1  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.67 
 
 
1039 aa  47  0.0004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.763661  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  26.37 
 
 
756 aa  47  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5320  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.39 
 
 
903 aa  47  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544718  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
330 aa  47  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  25.26 
 
 
221 aa  46.6  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0047  signal transduction histidine kinase  30.51 
 
 
980 aa  46.6  0.0005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0794  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  26.01 
 
 
724 aa  47  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0338  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 
653 aa  46.6  0.0005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.84298 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  34.41 
 
 
966 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1480  response regulator receiver protein  36.71 
 
 
150 aa  46.6  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.963077  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  26.32 
 
 
224 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  33.72 
 
 
292 aa  46.6  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2355  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  32.32 
 
 
313 aa  46.2  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0846804  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1723  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
764 aa  46.2  0.0007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0723  transcriptional regulator, response regulator  36.71 
 
 
225 aa  45.8  0.0008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  32.22 
 
 
225 aa  46.2  0.0008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  29.9 
 
 
227 aa  45.8  0.0009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6985  two component transcriptional regulator  29.03 
 
 
229 aa  45.8  0.0009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0162975  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1353  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 
1078 aa  45.4  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1419  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.57 
 
 
769 aa  45.8  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849788  normal  0.753623 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  23.08 
 
 
717 aa  45.4  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4293  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.1 
 
 
1011 aa  45.8  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.291525  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  26.21 
 
 
518 aa  45.4  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  29.9 
 
 
227 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 
768 aa  45.4  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.103172  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.72 
 
 
227 aa  45.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0191  histidine kinase  33.33 
 
 
531 aa  45.8  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.363458 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  29 
 
 
396 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4616  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.91 
 
 
701 aa  44.3  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2464  putative PAS/PAC sensor protein  32.29 
 
 
812 aa  44.7  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.18 
 
 
530 aa  45.1  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1360  signal transduction histidine kinase  39.76 
 
 
524 aa  44.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0984724 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  25.26 
 
 
242 aa  44.7  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4310  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.84 
 
 
631 aa  44.7  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.917762  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3363  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.17 
 
 
233 aa  44.3  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00866984  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1167  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.04 
 
 
544 aa  44.7  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.230477  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4485  transcriptional regulator, CadC  32.81 
 
 
520 aa  44.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0188012  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  26.73 
 
 
510 aa  45.1  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4200  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.84 
 
 
678 aa  44.7  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.679083  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.21 
 
 
256 aa  43.9  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1962  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 
603 aa  43.9  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2968  putative PAS/PAC sensor protein  36.25 
 
 
479 aa  44.3  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  25.78 
 
 
413 aa  43.9  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0805  two component transcriptional regulator  30.3 
 
 
229 aa  43.9  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4123  transcriptional regulator  22.16 
 
 
458 aa  43.9  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465407 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>