295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0166 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_0166  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
151 aa  308  2e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.21523e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  80.13 
 
 
156 aa  242  1e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  9.08664e-09  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  79.47 
 
 
152 aa  242  2e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  5.6681e-09  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  79.61 
 
 
155 aa  241  3e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.06713e-08  hitchhiker  1.3394e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0178  RNP-1 like RNA-binding protein  72.48 
 
 
154 aa  224  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  2.03464e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4074  RNP-1 like RNA-binding protein  72.48 
 
 
154 aa  224  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  5.91995e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0182  RNP-1 like RNA-binding protein  72.48 
 
 
154 aa  224  2e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.32928e-08  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4176  RNP-1 like RNA-binding protein  71.81 
 
 
154 aa  224  4e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  4.33028e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  71.14 
 
 
149 aa  223  5e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  5.40695e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3508  RNP-1 like RNA-binding protein  73.83 
 
 
153 aa  220  6e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  4.82673e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0175  RNP-1 like RNA-binding protein  71.14 
 
 
154 aa  218  2e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.6912e-07  hitchhiker  0.00946838 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0180  RNP-1 like RNA-binding protein  71.14 
 
 
154 aa  218  2e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  7.25181e-10  normal  0.749946 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0208  RNA-binding protein  71.14 
 
 
154 aa  217  4e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0181  RNP-1-like RNA-binding protein  70.47 
 
 
154 aa  217  4e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  8.14275e-08  normal  0.581259 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  66 
 
 
147 aa  205  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  3.40315e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  66.01 
 
 
151 aa  201  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.37988e-08  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  44.37 
 
 
160 aa  117  7e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00255  RNA binding protein  46.04 
 
 
226 aa  115  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2340  RNA-binding protein  42.76 
 
 
152 aa  112  2e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.91168e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  56.47 
 
 
160 aa  106  9e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4015  RNA-binding region RNP-1  61.54 
 
 
151 aa  103  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  3.01969e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2883  putative RNA binding protein  43.28 
 
 
161 aa  103  8e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  1.82039e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03577  RNA-binding protein  44.92 
 
 
154 aa  97.4  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  1.4599e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  53.25 
 
 
88 aa  86.7  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
85 aa  86.7  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  51.28 
 
 
88 aa  84  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  8.34021e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  46.91 
 
 
87 aa  84  7e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  4.24033e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
86 aa  82.8  1e-15  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  3.19103e-10  unclonable  2.03081e-11 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  44.74 
 
 
91 aa  82.8  2e-15  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  48.75 
 
 
88 aa  82  2e-15  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  46.75 
 
 
90 aa  82  2e-15  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  46.43 
 
 
87 aa  82.8  2e-15  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  52.7 
 
 
88 aa  82  3e-15  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  48.72 
 
 
89 aa  81.6  3e-15  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  48.72 
 
 
90 aa  81.3  5e-15  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 
90 aa  80.5  7e-15  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
90 aa  80.5  8e-15  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
89 aa  80.1  9e-15  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  4.00721e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  46.15 
 
 
90 aa  80.1  1e-14  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  1.38361e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  48.68 
 
 
92 aa  77.4  6e-14  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  5.57638e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 
89 aa  77  8e-14  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  1.90115e-06  unclonable  7.64419e-06 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  45.57 
 
 
96 aa  76.3  1e-13  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  1.06406e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 
90 aa  76.3  1e-13  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  47.44 
 
 
146 aa  75.9  2e-13  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  45.24 
 
 
94 aa  76.3  2e-13  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  45 
 
 
99 aa  76.3  2e-13  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  44.87 
 
 
88 aa  75.1  3e-13  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  47.44 
 
 
97 aa  75.1  3e-13  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  48.72 
 
 
88 aa  74.7  4e-13  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  41.56 
 
 
90 aa  74.3  5e-13  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  44.74 
 
 
83 aa  73.9  8e-13  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  43.24 
 
 
90 aa  73.6  9e-13  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  41.98 
 
 
90 aa  73.6  9e-13  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  2.4568e-09  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  45.57 
 
 
175 aa  72.8  1e-12  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  43.42 
 
 
88 aa  73.6  1e-12  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  43.9 
 
 
101 aa  73.6  1e-12  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  6.83035e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  42.86 
 
 
116 aa  73.2  1e-12  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  41.89 
 
 
90 aa  72.8  2e-12  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  5.12984e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  44.44 
 
 
82 aa  72.4  2e-12  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  44.05 
 
 
95 aa  72.4  2e-12  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  41.25 
 
 
85 aa  72.4  2e-12  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  41.03 
 
 
108 aa  72  3e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  44.87 
 
 
114 aa  72  3e-12  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  42.31 
 
 
81 aa  71.6  3e-12  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  45.78 
 
 
122 aa  71.6  4e-12  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  7.18119e-07  unclonable  8.80793e-06 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  40.24 
 
 
89 aa  71.6  4e-12  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  1.48151e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 
132 aa  71.2  4e-12  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  42.53 
 
 
97 aa  71.2  4e-12  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2194  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
101 aa  71.6  4e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  45.57 
 
 
162 aa  71.2  5e-12  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  45.12 
 
 
103 aa  70.9  6e-12  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  40.74 
 
 
90 aa  70.9  6e-12  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  1.89829e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  44.3 
 
 
176 aa  70.5  7e-12  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 
181 aa  70.5  7e-12  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  40.91 
 
 
99 aa  70.5  7e-12  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  45.12 
 
 
103 aa  69.7  1e-11  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  41.25 
 
 
143 aa  70.1  1e-11  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  43.75 
 
 
151 aa  69.7  1e-11  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  9.87848e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
148 aa  70.1  1e-11  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  41.86 
 
 
115 aa  70.1  1e-11  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  42.5 
 
 
134 aa  69.7  1e-11  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  42.31 
 
 
95 aa  70.1  1e-11  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  3.46845e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 
152 aa  70.1  1e-11  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 
137 aa  69.7  1e-11  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
150 aa  70.1  1e-11  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39629  predicted protein  40.74 
 
 
86 aa  68.9  2e-11  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  41.98 
 
 
94 aa  68.9  2e-11  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  41.98 
 
 
94 aa  68.9  2e-11  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  42.35 
 
 
105 aa  68.9  2e-11  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
155 aa  68.9  2e-11  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  42.35 
 
 
109 aa  69.3  2e-11  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  44.74 
 
 
149 aa  68.9  2e-11  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  45.57 
 
 
176 aa  68.9  2e-11  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  41.25 
 
 
87 aa  68.6  3e-11  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  7.94742e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  43.21 
 
 
102 aa  68.2  4e-11  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  42.68 
 
 
102 aa  68.2  4e-11  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  36.71 
 
 
82 aa  68.2  4e-11  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  7.88689e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  37.21 
 
 
96 aa  67.8  5e-11  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239557 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  39.74 
 
 
110 aa  67.8  5e-11  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  37.35 
 
 
104 aa  67.8  5e-11  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>