More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0085 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_0085  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
435 aa  884    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  72.77 
 
 
433 aa  648    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3478  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  66.82 
 
 
436 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  65.67 
 
 
433 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3661  sigma-54 factor, interaction region  66.59 
 
 
434 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  55.15 
 
 
443 aa  424  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  55.56 
 
 
444 aa  419  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.3 
 
 
469 aa  389  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.18 
 
 
481 aa  353  2.9999999999999997e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
470 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.2 
 
 
497 aa  352  7e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.97 
 
 
447 aa  352  8e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  50.39 
 
 
471 aa  351  1e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.35 
 
 
451 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  51.33 
 
 
470 aa  350  3e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  50.92 
 
 
473 aa  349  5e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  50.66 
 
 
471 aa  348  1e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.64 
 
 
451 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.17 
 
 
458 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.52 
 
 
451 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.13 
 
 
463 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  52.11 
 
 
342 aa  338  9.999999999999999e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1444  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.95 
 
 
459 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  51.81 
 
 
342 aa  335  7e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.81 
 
 
342 aa  335  7e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1500  flagellar regulatory protein C  50.28 
 
 
446 aa  334  2e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  51.41 
 
 
445 aa  333  4e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.57 
 
 
446 aa  332  8e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.16 
 
 
448 aa  330  2e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.28 
 
 
446 aa  330  4e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  48.51 
 
 
455 aa  329  8e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.42 
 
 
447 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.14 
 
 
446 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
446 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1435  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.14 
 
 
447 aa  327  3e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3070  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.42 
 
 
447 aa  327  3e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.6792 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2938  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.14 
 
 
447 aa  327  3e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3230  flagellar regulatory protein C  46.97 
 
 
446 aa  325  9e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  44.76 
 
 
457 aa  323  5e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.52 
 
 
473 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1359  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.31 
 
 
450 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.594792  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.3 
 
 
447 aa  320  3e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002813  flagellar regulatory protein FleQ  46.84 
 
 
469 aa  319  7e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0500  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.93 
 
 
476 aa  317  2e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3068  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.35 
 
 
452 aa  317  3e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  46.05 
 
 
437 aa  316  5e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1322  sigma-54 factor, interaction region  47.88 
 
 
446 aa  316  5e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.23 
 
 
469 aa  316  5e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2361  two component sigma-54 specific, transcriptional regulator, Fis famliy  50.43 
 
 
449 aa  314  1.9999999999999998e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03164  hypothetical protein  46.84 
 
 
469 aa  314  1.9999999999999998e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  46.68 
 
 
446 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  45.78 
 
 
437 aa  312  7.999999999999999e-84  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  46.95 
 
 
449 aa  311  1e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0248  lateral flagellar RpoN-interacting regulatory protein LafK  48.78 
 
 
328 aa  310  4e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3384  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.48 
 
 
328 aa  307  3e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.399889  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  43.88 
 
 
478 aa  305  7e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.72 
 
 
461 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1616  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.65 
 
 
452 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.72 
 
 
461 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.9 
 
 
457 aa  304  2.0000000000000002e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  45.72 
 
 
461 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.72 
 
 
461 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  45.72 
 
 
461 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.72 
 
 
461 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  45.43 
 
 
479 aa  302  7.000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.09 
 
 
451 aa  293  3e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.91 
 
 
463 aa  291  1e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0320  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.06 
 
 
385 aa  290  4e-77  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.84 
 
 
458 aa  288  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.7 
 
 
456 aa  288  1e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.41 
 
 
445 aa  288  1e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.54 
 
 
455 aa  288  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.41 
 
 
469 aa  288  1e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.498619  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.75 
 
 
455 aa  286  4e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.04 
 
 
495 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1685  two component Fis family transcriptional regulator  42.22 
 
 
457 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529377  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.68 
 
 
425 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1156  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.38 
 
 
457 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283001 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.5 
 
 
454 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1657  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.93 
 
 
459 aa  283  3.0000000000000004e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000574549  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0157  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.97 
 
 
448 aa  282  7.000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1533  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.11 
 
 
449 aa  282  8.000000000000001e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104993  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.53 
 
 
455 aa  281  1e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.58 
 
 
452 aa  281  1e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.01 
 
 
448 aa  281  1e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.65 
 
 
455 aa  281  2e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1166  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.63 
 
 
459 aa  281  2e-74  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000411506  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.64 
 
 
466 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.634231  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.06 
 
 
456 aa  280  3e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.105475  normal  0.791887 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0344  two component Fis family transcriptional regulator  39.63 
 
 
452 aa  279  5e-74  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0882822  normal  0.355114 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.66 
 
 
480 aa  280  5e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1179  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.23 
 
 
457 aa  280  5e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.655382  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.73 
 
 
464 aa  279  6e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.02 
 
 
501 aa  279  7e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.73 
 
 
485 aa  279  8e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.73 
 
 
464 aa  279  8e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.73 
 
 
483 aa  279  9e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2009  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.01 
 
 
463 aa  278  1e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.39 
 
 
453 aa  278  2e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0172  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.54 
 
 
458 aa  278  2e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.833234  hitchhiker  0.00415361 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>