More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0036 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_0036  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  100 
 
 
187 aa  384  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0036  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  85.03 
 
 
189 aa  340  5e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0031  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  85.03 
 
 
189 aa  340  5e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0035  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  85.03 
 
 
187 aa  340  7e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  6.68977e-08 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0035  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  84.49 
 
 
189 aa  338  3e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.99947  hitchhiker  0.000130269 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0028  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  83.42 
 
 
189 aa  335  2e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0043  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  83.96 
 
 
187 aa  332  2e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.804086  normal  0.370158 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0040  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  84.49 
 
 
187 aa  330  5e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000217946  normal  0.173553 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0039  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  82.35 
 
 
187 aa  329  1e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.125507  hitchhiker  5.14659e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0033  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  82.35 
 
 
187 aa  329  2e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.417367  hitchhiker  0.00409265 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0031  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  82.35 
 
 
187 aa  329  2e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0894147 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3731  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  82.35 
 
 
187 aa  325  3e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00032543  hitchhiker  0.00694812 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0036  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  80.21 
 
 
188 aa  322  2e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0028  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  78.07 
 
 
187 aa  315  2e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0028  DNA topoisomerase I  77.01 
 
 
187 aa  309  2e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0369311  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0048  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  76.47 
 
 
187 aa  308  3e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.256643 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0024  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  50.8 
 
 
186 aa  214  5e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00387  DNA topoisomerase A  51.06 
 
 
188 aa  202  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002062  Zn-finger domain-containing protein  51.6 
 
 
189 aa  201  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00026  putative DNA topoisomerase; C4 zinc finger domain protein  47.03 
 
 
180 aa  198  5e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.979769  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2469  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  50 
 
 
190 aa  195  4e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0027  DNA topoisomerase, type IA, Zn finger  44.39 
 
 
186 aa  191  4e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0079  DNA topoisomerase  45.21 
 
 
189 aa  179  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.870328  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0074  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  51.16 
 
 
187 aa  179  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3766  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  46.7 
 
 
180 aa  174  5e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000848781  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3477  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  46.7 
 
 
180 aa  174  7e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.83076e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4606  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  46.7 
 
 
180 aa  174  7e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00790504  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03085  hypothetical protein  46.7 
 
 
180 aa  174  7e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.15137  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03134  predicted DNA topoisomerase  46.7 
 
 
180 aa  174  7e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.103667  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0430  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  46.7 
 
 
180 aa  174  7e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00156622  hitchhiker  0.00285537 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0430  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  46.7 
 
 
180 aa  174  7e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00343806  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3579  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  46.15 
 
 
180 aa  173  1e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0127763  normal  0.160095 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3715  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  47.53 
 
 
180 aa  170  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00283227  hitchhiker  0.00891628 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3707  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  45.03 
 
 
180 aa  168  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281277  normal  0.131734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3599  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  45.03 
 
 
180 aa  168  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.19283e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3672  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  45.03 
 
 
180 aa  168  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.105174  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3770  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  45.03 
 
 
180 aa  168  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380857  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3600  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  45.03 
 
 
180 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0707644  normal  0.764114 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  45.9 
 
 
768 aa  163  1e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  43.71 
 
 
851 aa  161  5e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  43.71 
 
 
851 aa  161  5e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0442  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  43.12 
 
 
185 aa  158  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0826807  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3965  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  43.37 
 
 
185 aa  155  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0249698  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3786  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  43.37 
 
 
185 aa  155  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000331014  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0319  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  41.76 
 
 
179 aa  155  5e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020229  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3879  topoisomerase DNA binding C4 zinc finger domain-containing protein  41.76 
 
 
179 aa  155  5e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.65305e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0620  topoisomerase DNA binding C4 zinc finger domain-containing protein  42.26 
 
 
179 aa  154  6e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.80134e-06  normal  0.0216681 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  44.05 
 
 
765 aa  154  7e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  44.05 
 
 
765 aa  154  1e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  4.3689e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0359  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  42.77 
 
 
185 aa  152  3e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0044685  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4508  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  41.82 
 
 
181 aa  149  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000112025  hitchhiker  0.000168776 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  41.18 
 
 
759 aa  138  4e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  40.64 
 
 
759 aa  138  5e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0008  DNA topoisomerase I-related protein  39.05 
 
 
182 aa  130  8e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  40.24 
 
 
776 aa  128  5e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  6.97651e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  39.76 
 
 
756 aa  127  1e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  3.24271e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  37.36 
 
 
751 aa  125  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  41.07 
 
 
758 aa  125  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  5.70299e-09  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  36.26 
 
 
841 aa  125  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  40.48 
 
 
757 aa  124  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  38.55 
 
 
779 aa  122  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2792  DNA topoisomerase I  34.9 
 
 
831 aa  122  4e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0208029  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2885  DNA topoisomerase I  34.9 
 
 
831 aa  122  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.106774  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2699  DNA topoisomerase  34.9 
 
 
831 aa  122  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.737668  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  38.55 
 
 
779 aa  122  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  3.91579e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  39.29 
 
 
758 aa  121  6e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  8.37338e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0011  DNA topoisomerase I  38.86 
 
 
760 aa  120  1e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2069  DNA topoisomerase I  37.71 
 
 
758 aa  120  2e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0304  DNA topoisomerase I  35.88 
 
 
748 aa  119  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  3.72801e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0106  DNA topoisomerase I  37.5 
 
 
747 aa  119  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2693  DNA topoisomerase I  35.88 
 
 
813 aa  117  1e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305019  normal  0.0402807 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  37.06 
 
 
853 aa  115  4e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  34.34 
 
 
793 aa  112  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1615  DNA topoisomerase I  38.04 
 
 
836 aa  110  1e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.830191  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0213  DNA topoisomerase I  37.13 
 
 
767 aa  110  1e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00304522  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  35.46 
 
 
789 aa  109  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  34.21 
 
 
836 aa  108  5e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  2.44427e-09 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2445  DNA topoisomerase I  36 
 
 
758 aa  107  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  4.50772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2741  DNA topoisomerase I  38.95 
 
 
746 aa  107  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.123661  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1678  DNA topoisomerase I  42.54 
 
 
700 aa  99.8  2e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07540  DNA topoisomerase I  40.65 
 
 
691 aa  99  4e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00641456  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0161  DNA topoisomerase I  40.31 
 
 
695 aa  98.6  5e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1854  DNA topoisomerase I  42.54 
 
 
700 aa  98.6  5e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  33.1 
 
 
780 aa  97.4  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  8.73362e-05  unclonable  4.69192e-08 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0026  DNA topoisomerase I  38.41 
 
 
853 aa  97.4  1e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4636  DNA topoisomerase I  32.35 
 
 
894 aa  96.3  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  37.01 
 
 
783 aa  96.7  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2230  DNA topoisomerase I  44.55 
 
 
694 aa  95.5  4e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2058  DNA topoisomerase I  41.04 
 
 
700 aa  95.5  4e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0171  DNA topoisomerase I  34.75 
 
 
743 aa  95.1  6e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2296  DNA topoisomerase I  38.1 
 
 
704 aa  94.7  6e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2658  DNA topoisomerase I  36.81 
 
 
859 aa  93.6  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00218044  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1102  DNA topoisomerase I  36.75 
 
 
691 aa  92.8  3e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  1.53126e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0158  DNA topoisomerase I  50 
 
 
817 aa  92.4  3e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.087887  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1995  DNA topoisomerase I  35.9 
 
 
691 aa  91.3  7e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1551  DNA topoisomerase I  35.95 
 
 
689 aa  90.1  2e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0572  DNA topoisomerase I  36.52 
 
 
686 aa  89.7  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0758735  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1289  DNA topoisomerase I  40.71 
 
 
684 aa  89.7  2e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.781177  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1026  DNA topoisomerase I  37.61 
 
 
697 aa  89.4  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00786254  unclonable  1.08626e-08 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0781  DNA topoisomerase I  51.16 
 
 
812 aa  88.6  4e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.935548  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>