More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_3940 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
310 aa  613  1e-175  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7868  transcriptional regulator, LysR family  52.72 
 
 
296 aa  268  1e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.365024 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
312 aa  192  6e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  41.31 
 
 
315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 
295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 
301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
300 aa  159  8e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 
298 aa  157  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  39.69 
 
 
315 aa  156  3e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  35.41 
 
 
327 aa  155  1e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
296 aa  151  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2822  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 
310 aa  150  4e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.438739  normal  0.714096 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  40.73 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  33.56 
 
 
312 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  37.2 
 
 
303 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
288 aa  143  4e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 
309 aa  142  8e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 
316 aa  139  7e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
301 aa  138  1e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  37.94 
 
 
327 aa  137  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  35.32 
 
 
324 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
303 aa  136  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6287  transcriptional regulator, LysR family  37.31 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180689  normal  0.0617503 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1796  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 
308 aa  133  5e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4246  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 
295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.20222  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 
304 aa  130  3e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  34.96 
 
 
295 aa  129  7.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 
302 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2187  LysR substrate-binding protein  39.45 
 
 
309 aa  129  8.000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0655  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1507  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 
288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.352143 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 
301 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2782  transcriptional regulator, LysR family  37.86 
 
 
294 aa  126  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 
296 aa  126  6e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 
302 aa  125  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 
319 aa  125  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0716  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 
308 aa  125  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.711839  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 
294 aa  125  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 
333 aa  123  3e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 
304 aa  122  8e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  34.94 
 
 
302 aa  122  9e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 
302 aa  122  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  30.95 
 
 
311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 
308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36460  transcriptional regulator  38.25 
 
 
304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.776376  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
308 aa  120  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 
300 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
323 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
323 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
323 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
292 aa  119  7e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02220  transcriptional regulator  34.43 
 
 
304 aa  119  7e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 
306 aa  119  9e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 
291 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
298 aa  117  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
307 aa  117  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 
300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 
302 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 
300 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 
287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  30.23 
 
 
295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  34.26 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 
310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  39.15 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 
301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  34.26 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
295 aa  114  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 
300 aa  114  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 
312 aa  113  3e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 
298 aa  114  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 
294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0641  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 
309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 
305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
307 aa  112  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 
308 aa  112  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  31.82 
 
 
301 aa  112  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0208  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 
301 aa  112  7.000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 
300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.53 
 
 
300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 
292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5567  tartrate utilization transcriptional regulator  33.87 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.879392  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5452  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 
297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>