178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smon_R0042 on replicon NC_013515
Organism: Streptobacillus moniliformis DSM 12112



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013515  Smon_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  89.86 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  89.04 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0067  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0001  tRNA-Arg  88.46 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  95.65 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0325  tRNA-Arg  97.5 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.924352  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  97.5 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  86.67 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  93.62 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  89.83 
 
 
80 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0016  tRNA-Arg  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0047026  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0013  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0934099  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0109  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0088  tRNA-Arg  85.51 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.56142e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  86.89 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  92.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  92.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  92.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0020  tRNA-Arg  92.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0247478  normal  0.430055 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  92.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  92.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  85.33 
 
 
76 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  84.51 
 
 
77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  92.31 
 
 
77 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  94.12 
 
 
79 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  94.12 
 
 
79 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  85.25 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  85.25 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  85.25 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0629  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.291675  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  85.25 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  85.25 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  85.25 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  85.25 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  85.25 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0535  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.266332  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  85.71 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  85.71 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  90 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0037  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000145223 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00163876  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>