More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smon_1050 on replicon NC_013515
Organism: Streptobacillus moniliformis DSM 12112



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 
272 aa  547  1e-155  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  35.36 
 
 
280 aa  167  1e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  36.03 
 
 
273 aa  166  2.9999999999999998e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  34.54 
 
 
272 aa  159  5e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  33.09 
 
 
280 aa  158  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
289 aa  152  4e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  32.62 
 
 
292 aa  152  8e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  29.3 
 
 
315 aa  150  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  34.35 
 
 
281 aa  150  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  31.05 
 
 
279 aa  149  4e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  36.26 
 
 
282 aa  148  8e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  32.48 
 
 
284 aa  148  9e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.07 
 
 
299 aa  146  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  28.41 
 
 
320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
304 aa  145  8.000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  27.48 
 
 
298 aa  145  9e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
284 aa  145  9e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
284 aa  143  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  26.12 
 
 
293 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  31.25 
 
 
284 aa  144  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  26.12 
 
 
293 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  26.12 
 
 
293 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  26.12 
 
 
293 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
284 aa  142  5e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  30.88 
 
 
284 aa  142  5e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  27.84 
 
 
333 aa  142  8e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
279 aa  139  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
279 aa  139  7e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
281 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
281 aa  137  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  31.6 
 
 
281 aa  136  5e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  32 
 
 
281 aa  136  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  27.73 
 
 
327 aa  135  7.000000000000001e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  27.47 
 
 
274 aa  133  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  28.3 
 
 
285 aa  132  7.999999999999999e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  32.7 
 
 
273 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  32.17 
 
 
282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
292 aa  130  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.73 
 
 
282 aa  129  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 
284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
318 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
292 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
292 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  25.54 
 
 
304 aa  129  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
281 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
338 aa  129  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  30.91 
 
 
281 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.46 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  30.74 
 
 
288 aa  126  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  30.47 
 
 
284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
323 aa  125  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  31.52 
 
 
282 aa  126  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  30.35 
 
 
281 aa  125  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
642 aa  125  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.53 
 
 
284 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.15 
 
 
289 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.56 
 
 
284 aa  124  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.15 
 
 
289 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
288 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
288 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.15 
 
 
289 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.15 
 
 
289 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.15 
 
 
289 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.93 
 
 
284 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.54 
 
 
289 aa  123  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
288 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.54 
 
 
289 aa  123  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  29.45 
 
 
283 aa  123  3e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.15 
 
 
289 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.15 
 
 
289 aa  123  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  30.15 
 
 
289 aa  123  4e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.56 
 
 
284 aa  122  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.15 
 
 
289 aa  123  4e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.15 
 
 
289 aa  123  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
287 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  30.15 
 
 
289 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
288 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.77 
 
 
284 aa  122  6e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  33.06 
 
 
283 aa  122  7e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  27.63 
 
 
342 aa  122  7e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
642 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  29.75 
 
 
288 aa  122  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  30.17 
 
 
288 aa  122  8e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  30 
 
 
287 aa  122  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.23 
 
 
290 aa  122  9e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.25 
 
 
641 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
296 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.25 
 
 
620 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
642 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
642 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3001  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.25 
 
 
641 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.25 
 
 
641 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.25 
 
 
620 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.18 
 
 
289 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  30.47 
 
 
287 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.77 
 
 
284 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.79 
 
 
284 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
642 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
642 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>