297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0060 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  96.51 
 
 		 90 bp  147  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  96.51 
 
 		 90 bp  147  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  96.51 
 
 		 92 bp  147  5e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  96.51 
 
 		 90 bp  147  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  96.51 
 
 		 90 bp  147  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  96.51 
 
 		 90 bp  147  5e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0064  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  91.76 
 
 		 90 bp  113  7.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  91.95 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 90 bp  105  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  92 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  92 
 
 		 92 bp  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  90.8 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  92 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  92 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  92 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  92 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 87 bp  99.6  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0057  tRNA-Ser  91.03 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154466  normal  0.0269773 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  91.36 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 90 bp  97.6  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  91.36 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  92 
 
 		 88 bp  93.7  7e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0017  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576804  normal  0.691356 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  90.12 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  90.12 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  90.12 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  89.16 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  89.16 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2234  tRNA-Ser  91.25 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  90.54 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0023  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  90 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0057  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159641  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2453  tRNA-Ser  90 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0051  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.656743  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  90.41 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0006  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  89.55 
 
 		 92 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  89.33 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  89.55 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0017  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00284743  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0060  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000793536  hitchhiker  0.00142352 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1765  tRNA-Ser  89.61 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.393275  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0042  tRNA-Ser  89.23 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121503  normal  0.0171671 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2089  tRNA-Ser  89.61 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.835616  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0022  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0082  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.338045  normal  0.030593 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t30  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0051  tRNA-Ser  89.71 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  89.71 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  89.71 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0040  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.851223  normal  0.588712 
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  87.34 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t28  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189168  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA35  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189455  normal  0.46537 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  87.34 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  88 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>