147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6398 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  100 
 
 		 403 aa  810    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  72.35 
 
 		 402 aa  547  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  70.1 
 
 		 410 aa  535  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  67.49 
 
 		 406 aa  489  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  47.41 
 
 		 445 aa  255  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6213  conjugation TrbI family protein  34.19 
 
 		 444 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  40.17 
 
 		 363 aa  169  8e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  39.3 
 
 		 363 aa  165  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0684  conjugation TrbI family protein  32.49 
 
 		 391 aa  157  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5079  conjugation TrbI family protein  37.93 
 
 		 386 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.454831  normal  0.261339 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4339  conjugation TrbI-like protein  31.05 
 
 		 390 aa  151  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.350964  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  40.93 
 
 		 437 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4370  conjugation TrbI family protein  31.38 
 
 		 381 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3528  conjugation TrbI family protein  31.67 
 
 		 378 aa  144  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5002  conjugation TrbI family protein  34.98 
 
 		 405 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.480101  normal  0.925872 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3647  conjugation TrbI family protein  39.57 
 
 		 459 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0441061 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6332  conjugation TrbI family protein  35.53 
 
 		 380 aa  145  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3982  conjugation TrbI family protein  40.64 
 
 		 459 aa  142  8e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3813  conjugation TrbI-like protein  39.57 
 
 		 459 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.387098 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  40.41 
 
 		 433 aa  138  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6153  type IV secretion system protein VirB10  33.33 
 
 		 372 aa  137  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8219  type IV secretion system protein VirB10  34.45 
 
 		 373 aa  136  8e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0249  Type IV secretory pathway AvhB10 protein  36.63 
 
 		 381 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.77314 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0060  type IV secretion system protein VirB10  35.38 
 
 		 391 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0055  type IV secretion system protein VirB10  35.38 
 
 		 380 aa  134  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  37.31 
 
 		 437 aa  132  6.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  38.14 
 
 		 430 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  40.64 
 
 		 410 aa  130  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  32.52 
 
 		 459 aa  129  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  35.75 
 
 		 445 aa  126  8.000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  35.79 
 
 		 472 aa  125  9e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1508  conjugal transfer protein trbI  41.49 
 
 		 392 aa  126  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187408  normal  0.430522 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  35.79 
 
 		 473 aa  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  35.79 
 
 		 473 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0174  cmgb10  33.85 
 
 		 403 aa  125  2e-27  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.224464  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5821  conjugation TrbI family protein  35.42 
 
 		 445 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  34.2 
 
 		 466 aa  124  3e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  35.96 
 
 		 426 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0038  cmgB10  30.16 
 
 		 391 aa  123  5e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1144  conjugation TrbI family protein  33.17 
 
 		 396 aa  123  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  34.16 
 
 		 450 aa  123  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  34.85 
 
 		 400 aa  123  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0741  type IV secretion system protein VirB10  31.58 
 
 		 457 aa  120  3.9999999999999996e-26  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.177823  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0169  conjugation TrbI family protein  34.9 
 
 		 400 aa  119  9e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340419 
 
 
-
 
NC_002978  WD0006  type IV secretion system protein VirB10  38.24 
 
 		 486 aa  118  1.9999999999999998e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.44093  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0455  putative type IV secretion system protein VirB10  34.38 
 
 		 402 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  32.81 
 
 		 400 aa  117  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2446  conjugation TrbI family protein  34.16 
 
 		 417 aa  117  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  34.78 
 
 		 411 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  33.16 
 
 		 439 aa  116  6e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1679  type IV secretory pathway, VirB10 component  33.16 
 
 		 484 aa  116  6e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.394042 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08206  conjugal transfer protein  32.08 
 
 		 397 aa  116  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.0354612  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2650  putative type IV secretion system protein VirB10  32.81 
 
 		 410 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.373277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6498  conjugation TrbI family protein  32.23 
 
 		 414 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  35.64 
 
 		 402 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  32.53 
 
 		 400 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  37.5 
 
 		 335 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  35.09 
 
 		 391 aa  114  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  35.64 
 
 		 395 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1761  putative type IV secretion system protein VirB10  31.28 
 
 		 409 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.359566  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1004  conjugation TrbI family protein  33.93 
 
 		 386 aa  113  5e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0864  conjugation TrbI family protein  35.05 
 
 		 492 aa  113  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  36.32 
 
 		 428 aa  113  6e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  35.11 
 
 		 402 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  35.09 
 
 		 388 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  31.34 
 
 		 439 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a018  conjugal transfer protein TrbI/VirB10  28.8 
 
 		 391 aa  111  2.0000000000000002e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  35.9 
 
 		 397 aa  110  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  33.7 
 
 		 422 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  35.11 
 
 		 430 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7352  conjugation TrbI family protein  33.96 
 
 		 432 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.312586 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  35.83 
 
 		 431 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0042  type IV secretion system protein VirB10  28.42 
 
 		 447 aa  109  7.000000000000001e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4846  conjugation TrbI-like protein  33.33 
 
 		 407 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3320  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 		 407 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0015  conjugal transfer protein TraI  32.29 
 
 		 380 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4195  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 		 407 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.583756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  32.81 
 
 		 483 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0025  conjugal transfer protein  29 
 
 		 408 aa  109  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  33.15 
 
 		 426 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3700  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  33.7 
 
 		 424 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  37.23 
 
 		 388 aa  107  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  34.92 
 
 		 402 aa  107  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  34.57 
 
 		 414 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2477  conjugation TrbI-like protein  35.64 
 
 		 393 aa  107  4e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.260778  normal  0.292469 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  31.96 
 
 		 422 aa  107  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0003  VirB10  33.87 
 
 		 378 aa  107  5e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  32.61 
 
 		 425 aa  106  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  32.61 
 
 		 424 aa  106  8e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  29.95 
 
 		 422 aa  106  9e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  33.15 
 
 		 423 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  36.96 
 
 		 396 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  32.3 
 
 		 383 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  29.49 
 
 		 423 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  33.15 
 
 		 420 aa  105  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0045  bacterial conjugation TrbI-like protein  34.52 
 
 		 369 aa  104  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  35.64 
 
 		 411 aa  104  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  33.15 
 
 		 427 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2359  conjugation TrbI family protein  33.15 
 
 		 427 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.412444 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>