107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6390 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009622  Smed_6390  catalase  100 
 
 
274 aa  562  1e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3979  catalase  86.13 
 
 
274 aa  494  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.819277  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5807  Catalase  85.09 
 
 
275 aa  491  1e-138  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.12571  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0606  catalase  80.29 
 
 
297 aa  471  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2775  catalase  65.14 
 
 
285 aa  377  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3002  Catalase  65.14 
 
 
285 aa  377  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0705397  normal  0.0852902 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2898  Catalase  64.79 
 
 
285 aa  373  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.808431  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2075  catalase  63.73 
 
 
285 aa  372  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.13632 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1821  catalase  57.89 
 
 
295 aa  335  6e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  0.0328704 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5296  Catalase  57.5 
 
 
287 aa  317  9e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0565655  normal  0.201236 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1680  Catalase  56.93 
 
 
290 aa  316  3e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0517  Catalase  56.2 
 
 
290 aa  312  4e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1447  manganese containing catalase  55.94 
 
 
270 aa  285  6e-76  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1877  Catalase  57.37 
 
 
303 aa  277  1e-73  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2836  Catalase  45.13 
 
 
284 aa  241  9e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0774925 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20670  Mn-containing catalase  51.85 
 
 
289 aa  235  7e-61  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1600  Catalase  44.88 
 
 
316 aa  234  1e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1876  manganese containing catalase  44.96 
 
 
292 aa  227  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0886  catalase  48.19 
 
 
302 aa  218  1e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1848  Catalase  45.78 
 
 
301 aa  207  2e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.13214  normal  0.135263 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0221  Catalase  41.03 
 
 
286 aa  204  1e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0815  Catalase  39.29 
 
 
308 aa  151  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.683068  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11980  Mn-containing catalase  32.4 
 
 
321 aa  135  8e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3134  catalase, Mn-containing  34.21 
 
 
284 aa  134  2e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2914  catalase, Mn-containing  34.21 
 
 
287 aa  133  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2123  catalase, Mn-containing  33.92 
 
 
284 aa  133  4e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2882  Mn-containing catalase  33.92 
 
 
308 aa  132  4e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3134  catalase, Mn-containing  35.58 
 
 
284 aa  133  4e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2839  manganese containing catalase  33.92 
 
 
287 aa  132  4e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47080  Mn-containing catalase  34.57 
 
 
291 aa  125  9e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1436  catalase  31.66 
 
 
293 aa  118  8e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1329  Catalase  32.92 
 
 
276 aa  118  1e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.714734  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3293  Catalase  30.26 
 
 
326 aa  117  1e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1316  Catalase  31.1 
 
 
294 aa  117  2e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0318  non-heme catalase KatN  33.6 
 
 
294 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4798  catalase  32.1 
 
 
300 aa  115  9e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.137059 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2788  manganese containing catalase  33.61 
 
 
291 aa  115  9e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5251  catalase  31.15 
 
 
301 aa  114  1e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5520  catalase  30.15 
 
 
308 aa  114  2e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.793802  normal  0.807876 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1415  catalase  31.17 
 
 
292 aa  114  2e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.449813  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1858  catalase  31.58 
 
 
292 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.724494 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5095  catalase  32.64 
 
 
293 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1921  catalase  31.17 
 
 
292 aa  113  4e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0512858  hitchhiker  0.000184673 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1348  DNA mismatch endonuclease  34.23 
 
 
298 aa  112  4e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30931  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1863  catalase  31.17 
 
 
292 aa  113  4e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.958813 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2044  Catalase  33.74 
 
 
290 aa  113  4e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  1.98818e-07 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1597  catalase  31.17 
 
 
292 aa  113  4e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.577365 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5037  Catalase  29.88 
 
 
310 aa  113  4e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.134226 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3122  Mn-containing catalase  34.23 
 
 
298 aa  112  4e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2997  Mn-containing catalase  34.23 
 
 
314 aa  112  4e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1645  catalase  31.02 
 
 
296 aa  112  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3129  catalase  31.43 
 
 
290 aa  112  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1673  catalase  30.58 
 
 
277 aa  112  9e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.849273  normal  0.361845 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6253  catalase  30.33 
 
 
304 aa  111  1e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1578  catalase  30.33 
 
 
304 aa  111  1e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2489  non-heme manganese-containing catalase  31.95 
 
 
421 aa  112  1e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6729  catalase  30.33 
 
 
301 aa  111  1e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2921  Catalase  30.15 
 
 
324 aa  111  2e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.370195  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4409  catalase  31.02 
 
 
303 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3157  Mn-containing catalase  30.6 
 
 
249 aa  109  5e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.117641  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1864  Catalase  31.68 
 
 
224 aa  107  3e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.299932  normal  0.0213876 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0729  manganese containing catalase  30.28 
 
 
298 aa  106  5e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    unclonable  1.23231e-11 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1780  Catalase  32.58 
 
 
205 aa  105  7e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5945  manganese containing catalase  31.87 
 
 
304 aa  105  8e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.995052  normal  0.0254671 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1142  manganese containing catalase  30.04 
 
 
298 aa  104  2e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0584316 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0681  manganese containing catalase  31.37 
 
 
297 aa  103  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.400648  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2783  manganese containing catalase  28.68 
 
 
296 aa  103  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00681002  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1104  Catalase  31.61 
 
 
231 aa  103  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  4.26374e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03960  Catalase  28.95 
 
 
227 aa  100  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00363943  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5292  manganese containing catalase  30.12 
 
 
304 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0651334  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4224  manganese containing catalase  29.92 
 
 
307 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0292992  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4594  manganese containing catalase  29.53 
 
 
307 aa  99.4  5e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.756991  normal  0.105972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4741  manganese containing catalase  29.53 
 
 
307 aa  99  8e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00819531 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5727  manganese containing catalase  30.59 
 
 
304 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.388852  hitchhiker  0.00719162 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1016  catalase  30.77 
 
 
228 aa  98.6  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00169796  unclonable  3.43768e-09 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0952  Catalase  29.12 
 
 
302 aa  97.1  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.684232  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2165  Catalase  31.37 
 
 
189 aa  95.9  6e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.114172  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2189  manganese containing catalase  32.18 
 
 
189 aa  93.6  3e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3115  manganese containing catalase  29.74 
 
 
299 aa  89.4  6e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2781  manganese containing catalase  30 
 
 
260 aa  89.4  6e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0656  manganese containing catalase  31.28 
 
 
189 aa  88.6  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.807783  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0414  manganese containing catalase  28.95 
 
 
203 aa  88.6  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0440  Catalase  30.39 
 
 
189 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0895  cotJC protein  31.28 
 
 
189 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  6.60321e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0716  manganese containing catalase  29.56 
 
 
189 aa  86.3  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  6.21736e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0376  manganese containing catalase  29.5 
 
 
249 aa  85.9  6e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.233969 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4479  cotJC protein  30.05 
 
 
189 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.163427 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0967  cotJC protein  30.05 
 
 
189 aa  85.1  1e-15  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  8.89969e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0701  spore coat-associated protein JC  30.05 
 
 
189 aa  85.1  1e-15  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000246142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0714  cotJC protein  30.05 
 
 
189 aa  85.1  1e-15  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.98472e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0766  cotJC protein  30.05 
 
 
189 aa  85.1  1e-15  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  2.13334e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0857  cotJC protein  30.05 
 
 
189 aa  85.1  1e-15  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0803  spore coat-associated protein JC  30.05 
 
 
189 aa  85.1  1e-15  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  3.03709e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0899  cotJC protein  30.05 
 
 
189 aa  85.1  1e-15  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.71221e-44 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0288  manganese containing catalase  28.35 
 
 
245 aa  83.6  4e-15  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2909  manganese containing catalase  29.67 
 
 
190 aa  82.4  8e-15  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1213  manganese containing catalase  31.72 
 
 
190 aa  82  1e-14  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.645424  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1068  spore coat protein CotJC  28.57 
 
 
188 aa  79.3  6e-14  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00620626  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3821  manganese containing catalase  27.84 
 
 
230 aa  79  7e-14  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00457633  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0232  Catalase  30.3 
 
 
200 aa  79.3  7e-14  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0010197  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>