79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6335 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6335  homocysteine S-methyltransferase  100 
 
 		 307 aa  625  1e-178  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.228765 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0597  homocysteine S-methyltransferase  49.83 
 
 		 322 aa  280  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0089  homocysteine S-methyltransferase  48.14 
 
 		 312 aa  280  3e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.898737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0417  homocysteine S-methyltransferase  46.8 
 
 		 314 aa  277  1e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0769316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0624  homocysteine S-methyltransferase  48.16 
 
 		 312 aa  277  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.537919  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0064  homocysteine S-methyltransferase  45.82 
 
 		 328 aa  272  5.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2696  homocysteine S-methyltransferase  45.82 
 
 		 328 aa  272  6e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274652 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1107  homocysteine S-methyltransferase  47.1 
 
 		 313 aa  267  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0120891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5017  homocysteine S-methyltransferase  47.3 
 
 		 312 aa  266  4e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0984  homocysteine S-methyltransferase  46.78 
 
 		 315 aa  264  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3671  homocysteine S-methyltransferase  45.02 
 
 		 316 aa  254  1.0000000000000001e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2467  homocysteine S-methyltransferase  44.97 
 
 		 330 aa  251  2e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0740  homocysteine S-methyltransferase  40.07 
 
 		 311 aa  229  4e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1304  homocysteine S-methyltransferase  41.53 
 
 		 311 aa  210  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.652458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1943  putative homocysteine/selenocysteine methylase  33.11 
 
 		 319 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5337  homocysteine S-methyltransferase  31.61 
 
 		 319 aa  126  5e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1327  homocysteine S-methyltransferase domain-containing protein  31.27 
 
 		 318 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3324  homocysteine S-methyltransferase  33.94 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2200  homocysteine S-methyltransferase  28.24 
 
 		 307 aa  63.5  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558388  normal  0.514236 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3632  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.57 
 
 		 617 aa  62  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0073  homocysteine S-methyltransferase  24.4 
 
 		 290 aa  60.5  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0415  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  24.81 
 
 		 613 aa  58.9  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0405  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  24.81 
 
 		 613 aa  58.9  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  25.09 
 
 		 793 aa  56.6  0.0000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37350  homocysteine methyltransferase  25.17 
 
 		 295 aa  54.3  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.493269 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1583  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.64 
 
 		 637 aa  54.7  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2815  homocysteine S-methyltransferase  25.84 
 
 		 304 aa  53.9  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0238  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.82 
 
 		 609 aa  53.1  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1146  homocysteine methyltransferase  26.52 
 
 		 319 aa  53.1  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000617566 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0035  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  24.23 
 
 		 612 aa  53.1  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0504  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.35 
 
 		 605 aa  52  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0120544  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2974  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.47 
 
 		 605 aa  51.2  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  25.97 
 
 		 801 aa  51.2  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4837  homocysteine S-methyltransferase  33.49 
 
 		 309 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.345042 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  28.38 
 
 		 800 aa  49.7  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1524  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.8 
 
 		 615 aa  49.3  0.00009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3471  homocysteine methyltransferase  25.7 
 
 		 312 aa  49.3  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2124  methionine synthase I  24.76 
 
 		 335 aa  48.5  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0799  methionine synthase I  24.76 
 
 		 335 aa  48.5  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.640121 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1861  homocysteine S-methyltransferase  23.44 
 
 		 434 aa  48.1  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000268518  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12483  homocysteine methyltransferase  26.26 
 
 		 302 aa  47.4  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  25.2 
 
 		 801 aa  47.4  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  24.7 
 
 		 819 aa  47.4  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  25.09 
 
 		 781 aa  47  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  24.24 
 
 		 804 aa  46.6  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  27.41 
 
 		 839 aa  46.6  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6804  homocysteine S-methyltransferase  32.39 
 
 		 313 aa  46.6  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0325  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  21.95 
 
 		 605 aa  46.2  0.0007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3952  methionine synthase I  25.79 
 
 		 319 aa  46.2  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.225692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  23.72 
 
 		 791 aa  45.4  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1138  methionine synthase  33.33 
 
 		 1215 aa  45.8  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.537288  normal  0.145457 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4282  homocysteine S-methyltransferase  31.88 
 
 		 309 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  23.65 
 
 		 807 aa  45.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4386  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  24.59 
 
 		 610 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1187  homocysteine S-methyltransferase  25.74 
 
 		 629 aa  44.3  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4479  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  24.59 
 
 		 610 aa  44.7  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4333  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  24.59 
 
 		 610 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4157  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  24.59 
 
 		 610 aa  44.7  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2093  B12-dependent methionine synthase  26.56 
 
 		 1227 aa  45.1  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.883808 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4006  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  24.59 
 
 		 610 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4275  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  24.59 
 
 		 610 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3996  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  24.59 
 
 		 610 aa  44.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3690  B12-dependent methionine synthase  29.8 
 
 		 1220 aa  44.3  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1268  homocysteine S-methyltransferase  21.76 
 
 		 320 aa  44.3  0.003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.897971 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  24.79 
 
 		 804 aa  44.3  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  24.5 
 
 		 774 aa  44.3  0.003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3344  homocysteine S-methyltransferase  25.38 
 
 		 310 aa  44.3  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01795  homocysteine methyltransferase  25.24 
 
 		 325 aa  43.5  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.443349  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  24.39 
 
 		 841 aa  43.9  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  30 
 
 		 818 aa  43.9  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1700  methionine synthase  31.97 
 
 		 1171 aa  43.9  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1042  homocysteine methyltransferase  24.13 
 
 		 310 aa  43.5  0.005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000341653  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0723  methionine synthase  30.77 
 
 		 1151 aa  43.1  0.006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.830371  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  24.09 
 
 		 804 aa  43.1  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0613  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  28.06 
 
 		 610 aa  42.7  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5917  methionine synthase  30.37 
 
 		 1154 aa  43.1  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0712476  normal  0.0446229 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2211  methionine synthase  24.28 
 
 		 1178 aa  42.7  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0708  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  23.87 
 
 		 616 aa  42.4  0.009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0266464  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0839  homocysteine S-methyltransferase  27.27 
 
 		 285 aa  42.7  0.009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>