More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6270 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6270  transcriptional regulator FixK  100 
 
 		 211 aa  429  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.967473  normal  0.128199 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2220  transcriptional regulator FixK  51.67 
 
 		 224 aa  206  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.552775  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5184  transcriptional regulator FixK  46.08 
 
 		 211 aa  165  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.639909 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0870  transcriptional regulator FixK  46.41 
 
 		 227 aa  161  6e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 222 aa  161  8.000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  42.05 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1361  transcriptional regulator FixK  41.71 
 
 		 229 aa  154  7e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1036  transcriptional regulator FixK  42.05 
 
 		 231 aa  154  8e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3277  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  41.71 
 
 		 230 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.52 
 
 		 230 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  41.18 
 
 		 229 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1746  CRP/FNR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 236 aa  151  8e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.753218  normal  0.546792 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4055  transcriptional regulator FixK  43.18 
 
 		 229 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6927  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.422372 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.09 
 
 		 229 aa  149  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  39.9 
 
 		 229 aa  149  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  43.09 
 
 		 229 aa  149  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4375  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.5 
 
 		 268 aa  148  6e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2457  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 204 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.325923  normal  0.600278 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2975  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.11 
 
 		 220 aa  145  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169439  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6107  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 227 aa  144  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4871  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.38 
 
 		 228 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0408  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 230 aa  143  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1823  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.26 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0333657 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  39.77 
 
 		 215 aa  141  6e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.68 
 
 		 239 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3889  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.44 
 
 		 229 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.128439 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0576  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.85 
 
 		 235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.670039  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 239 aa  128  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 242 aa  128  6e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3266  cyclic nucleotide-binding  42.47 
 
 		 220 aa  125  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00116153 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 237 aa  123  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0192  CRP family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 230 aa  122  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.45 
 
 		 238 aa  122  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.45 
 
 		 238 aa  122  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 253 aa  122  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.11 
 
 		 246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 262 aa  118  7e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2158  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 208 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.198273  normal  0.103025 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1945  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 242 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  38.59 
 
 		 250 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.59 
 
 		 250 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 248 aa  112  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 310 aa  113  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 249 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  39.11 
 
 		 251 aa  111  7.000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6164  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.82 
 
 		 247 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257657  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.71 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3214  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 230 aa  109  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.939046  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.41 
 
 		 250 aa  107  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1742  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 242 aa  106  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.265558 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1464  transcriptional activator Anr  33.33 
 
 		 244 aa  99.8  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1811  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 244 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7766  nitrogen fixation regulation protein fixK  33.71 
 
 		 235 aa  97.4  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.701843  normal  0.257497 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4644  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 232 aa  97.4  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.739127  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02295  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  30.85 
 
 		 248 aa  97.4  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2233  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 253 aa  97.8  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0375344  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003475  fumarate and nitrate reduction regulatory protein  30.85 
 
 		 248 aa  97.8  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.292896  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 231 aa  96.7  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.98 
 
 		 256 aa  96.3  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0588975 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2582  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.84 
 
 		 254 aa  95.9  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2026  transcriptional activator Crp family  32.02 
 
 		 241 aa  95.9  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0460  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 256 aa  95.5  5e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1799  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.27 
 
 		 250 aa  95.5  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.417815  normal  0.180258 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 248 aa  95.1  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  33.84 
 
 		 248 aa  95.1  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1752  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.36 
 
 		 250 aa  95.1  7e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103124 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44490  transcriptional regulator Anr  32.11 
 
 		 244 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3788  transcriptional regulator Anr  32.11 
 
 		 244 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.620164  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3858  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 248 aa  94.7  9e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1571  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  30.32 
 
 		 250 aa  94.7  9e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.75505  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1045  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  30.29 
 
 		 250 aa  94.7  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.18077  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1993  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.8 
 
 		 249 aa  94.4  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.238952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2699  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 232 aa  94.4  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.276502  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1987  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.57 
 
 		 239 aa  93.2  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2219  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.75 
 
 		 249 aa  93.6  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1864  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  30.85 
 
 		 250 aa  93.2  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.856056  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2417  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.75 
 
 		 249 aa  93.6  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0646393  decreased coverage  0.000000159166 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2222  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.27 
 
 		 250 aa  93.6  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0665535  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 230 aa  93.2  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0532  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 248 aa  93.6  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1991  transcriptional activator Anr  31.98 
 
 		 244 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3425  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  32.56 
 
 		 244 aa  92.8  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1961  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.8 
 
 		 250 aa  93.2  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00754009 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4265  transcriptional regulator Anr  32.11 
 
 		 244 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2356  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.27 
 
 		 254 aa  92.4  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3830  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 244 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.525453 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2115  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.27 
 
 		 250 aa  92.4  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.508722  normal  0.0650668 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1603  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 244 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.138297 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1273  cAMP-binding protein  31.89 
 
 		 243 aa  92.4  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3583  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 244 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2014  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.27 
 
 		 250 aa  92.4  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000422436 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1283  putative fumarate and nitrate reduction regulatory transcription regulator protein  35.45 
 
 		 242 aa  92  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0516193  normal  0.32826 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0660  transcriptional regulator  33.51 
 
 		 249 aa  92.4  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2615  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 244 aa  92  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00240538  normal  0.855877 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2293  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.79 
 
 		 250 aa  92  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>