More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6178 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6178  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 367 aa  717    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.19288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  38.28 
 
 		 380 aa  196  4.0000000000000005e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  30.48 
 
 		 370 aa  142  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  31.25 
 
 		 380 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.82 
 
 		 380 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  29.45 
 
 		 365 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.34 
 
 		 383 aa  117  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  29.89 
 
 		 370 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  29.75 
 
 		 351 aa  112  9e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0237  RND family efflux transporter MFP subunit  31.11 
 
 		 397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  29.43 
 
 		 351 aa  110  5e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0236  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.42 
 
 		 379 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.94922  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.23 
 
 		 397 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1668  secretion protein HlyD  26.49 
 
 		 409 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.223118  normal  0.732087 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.06 
 
 		 397 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  28.14 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  28.67 
 
 		 397 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  29.66 
 
 		 354 aa  103  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  26.81 
 
 		 397 aa  103  4e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  28.49 
 
 		 382 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.83 
 
 		 352 aa  103  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  24.48 
 
 		 377 aa  102  1e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1044  nodulation protein NolF  29.47 
 
 		 395 aa  101  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.991845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  24.14 
 
 		 348 aa  100  4e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  26.91 
 
 		 405 aa  100  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0290  putative transporter  27.04 
 
 		 383 aa  100  4e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  28.53 
 
 		 394 aa  100  5e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1731  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.19 
 
 		 402 aa  99.8  7e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.59 
 
 		 387 aa  98.6  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.05 
 
 		 374 aa  99  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  28.31 
 
 		 376 aa  98.6  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2524  RND family efflux transporter MFP subunit  27.66 
 
 		 424 aa  98.2  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.283395  normal  0.0763035 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  28.85 
 
 		 412 aa  97.8  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  28.79 
 
 		 381 aa  97.8  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 363 aa  97.4  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  28.78 
 
 		 374 aa  97.4  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  27.41 
 
 		 372 aa  97.8  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0276  transporter, putative  26.76 
 
 		 383 aa  96.7  5e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.68 
 
 		 380 aa  96.7  6e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 		 379 aa  96.3  7e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0365  membrane-fusion protein  30.4 
 
 		 394 aa  96.3  8e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  25.7 
 
 		 376 aa  95.9  9e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  24.34 
 
 		 451 aa  95.9  9e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  26.79 
 
 		 397 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.54 
 
 		 455 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2600  secretion protein HlyD  27.44 
 
 		 376 aa  94.7  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  26.79 
 
 		 397 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  26.77 
 
 		 385 aa  94.7  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.87 
 
 		 363 aa  94  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.87 
 
 		 363 aa  94  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  27.24 
 
 		 472 aa  93.6  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  27.24 
 
 		 478 aa  93.6  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  27.24 
 
 		 478 aa  93.6  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  30.59 
 
 		 363 aa  92.4  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  27.52 
 
 		 408 aa  92  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.39 
 
 		 362 aa  92.4  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.23 
 
 		 388 aa  91.3  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.14 
 
 		 428 aa  92  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  26.3 
 
 		 402 aa  91.3  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  27.52 
 
 		 408 aa  91.3  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.07 
 
 		 360 aa  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.07 
 
 		 360 aa  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2615  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.2 
 
 		 380 aa  91.7  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.909785  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  27.7 
 
 		 372 aa  91.3  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.12 
 
 		 409 aa  91.3  3e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  26.97 
 
 		 340 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  27.59 
 
 		 364 aa  90.5  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  27.62 
 
 		 360 aa  90.5  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0121  RND family efflux transporter MFP subunit  34.34 
 
 		 295 aa  90.5  4e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000605752  hitchhiker  0.000000000000341036 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  25.79 
 
 		 354 aa  89.7  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  26.49 
 
 		 419 aa  90.1  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 		 373 aa  89.7  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  28.08 
 
 		 358 aa  89.7  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 		 365 aa  89.7  7e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.05 
 
 		 349 aa  89.7  7e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.4 
 
 		 390 aa  89.7  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  26.77 
 
 		 403 aa  89.4  9e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.4 
 
 		 375 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.21 
 
 		 377 aa  89  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 		 365 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 		 365 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 		 365 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 		 365 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.49 
 
 		 380 aa  88.2  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 		 365 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  27.95 
 
 		 390 aa  88.6  2e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 		 365 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 		 365 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  24.26 
 
 		 348 aa  88.2  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 414 aa  88.2  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1680  RND family efflux transporter MFP subunit  29.88 
 
 		 360 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.560813 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5985  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 		 455 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  30.61 
 
 		 376 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  23.78 
 
 		 372 aa  87.4  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  27.24 
 
 		 376 aa  87.4  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  26.32 
 
 		 396 aa  87.8  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  25.96 
 
 		 363 aa  87.4  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.12 
 
 		 379 aa  87.4  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 		 471 aa  87  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0341  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 375 aa  87  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.666034  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>