More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6167 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009622  Smed_6478  transposase  100 
 
 
254 aa  523  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.525266 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6137  transposase  100 
 
 
254 aa  523  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.876431 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6168  transposase  100 
 
 
254 aa  523  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6167  transposase  100 
 
 
254 aa  523  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6118  transposase  100 
 
 
254 aa  523  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770853 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2954  transposase  94.49 
 
 
254 aa  464  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0367  transposase  94.49 
 
 
254 aa  464  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.350235  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2604  transposase  94.49 
 
 
254 aa  464  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.656707  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0705  transposase  94.49 
 
 
254 aa  464  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2172  transposase  94.49 
 
 
254 aa  464  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10979  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2971  transposase  94.49 
 
 
254 aa  464  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.213916 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3793  Transposase and inactivated derivatives-like protein  64.4 
 
 
252 aa  318  7e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.183907 
 
 
-
 
NC_004310  BR0534  ISBm1, transposase orfB  94.2 
 
 
138 aa  244  9e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.162326  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0538  ISBm1, transposase orfB  94.2 
 
 
138 aa  244  9e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0523  ISBm1, transposase orfA  95.45 
 
 
142 aa  226  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0533  ISBm1, transposase orfA  95.45 
 
 
142 aa  226  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0168543  n/a   
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6448  putative transposase  50.62 
 
 
251 aa  221  7e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6401  hypothetical protein  50.62 
 
 
251 aa  221  7e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0537  ISBm1, transposase orfA  91.82 
 
 
142 aa  218  1e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0527  ISBm1, transposase orfA  91.82 
 
 
142 aa  218  1e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1126  ISBm1, transposase orfA  89.09 
 
 
142 aa  215  7e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3828  transposase  46.09 
 
 
260 aa  206  3e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7770  hypothetical protein  45.45 
 
 
255 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.885835  normal 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4661  transposase  44.49 
 
 
260 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4641  transposase  44.49 
 
 
260 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0594  transposase  44.49 
 
 
260 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1158  transposase  70.29 
 
 
138 aa  202  6e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2467  transposase  44.09 
 
 
260 aa  201  8e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.193049  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7669  transposase  80.91 
 
 
123 aa  201  9e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.748537  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7093  transposase  80.91 
 
 
123 aa  201  9e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.878817  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1157  transposase  80.91 
 
 
123 aa  201  9e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3738  Transposase and inactivated derivatives-like protein  43.37 
 
 
251 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6331  hypothetical protein  41.2 
 
 
253 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1798  hypothetical protein  41.2 
 
 
253 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0976503  normal  0.0275179 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1002  hypothetical protein  41.2 
 
 
253 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0160346  normal  0.296217 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1612  hypothetical protein  41.2 
 
 
253 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.687153  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2678  ISBm1, transposase orfA  75.83 
 
 
132 aa  191  8e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.272123  normal  0.0958121 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0249  ISBm1, transposase orfA  75.83 
 
 
132 aa  191  8e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00124682  hitchhiker  0.00649227 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7671  transposase  67.94 
 
 
131 aa  187  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807085  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2960  transposase, IS4 family protein  40.89 
 
 
336 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0662876 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3783  hypothetical protein  43.37 
 
 
252 aa  183  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.155847 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5636  hypothetical protein  43.37 
 
 
252 aa  183  3e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3969  Transposase and inactivated derivatives-like protein  42.17 
 
 
252 aa  181  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4642  Transposase and inactivated derivatives-like protein  42.17 
 
 
252 aa  181  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.555712 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6259  hypothetical protein  44.44 
 
 
260 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.147576 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6151  hypothetical protein  44.44 
 
 
260 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.777281  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0309  ISBm1, transposase orfA  74.31 
 
 
121 aa  177  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801441  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0365  ISBm1, transposase orfA  73.39 
 
 
121 aa  177  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.631873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0842  ISBm1, transposase orfA  74.31 
 
 
121 aa  177  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00387238 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1096  ISBm1, transposase orfA  74.31 
 
 
121 aa  177  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.274857 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1292  ISBm1, transposase orfA  74.31 
 
 
121 aa  177  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.699316  normal  0.898731 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1297  ISBm1, transposase orfA  74.31 
 
 
121 aa  177  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1358  ISBm1, transposase orfA  73.39 
 
 
121 aa  177  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.299376  normal  0.593185 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1718  ISBm1, transposase orfA  73.39 
 
 
121 aa  177  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.000911297  normal  0.283895 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2224  ISBm1, transposase orfA  74.31 
 
 
121 aa  177  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.1161  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2412  ISBm1, transposase orfA  74.31 
 
 
121 aa  177  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6451  hypothetical protein  42.35 
 
 
273 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112663  normal  0.335416 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6240  transposase IS5 family protein  39.52 
 
 
253 aa  176  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.879301 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2920  ISBm1, transposase orfA  73.39 
 
 
121 aa  175  7e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.611545 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2922  ISBm1, transposase orfA  73.39 
 
 
121 aa  175  7e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.645822 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4475  hypothetical protein  38.34 
 
 
259 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1562  ISSod6, transposase  38.31 
 
 
252 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2909  ISSod6 transposase  38.31 
 
 
252 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3272  ISSod6, transposase  38.31 
 
 
252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1397  ISBm1, transposase orfA  72.48 
 
 
121 aa  172  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0173468  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1127  ISBm1, transposase orfB  82.18 
 
 
102 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0773  ISSod6, transposase  38.31 
 
 
252 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2732  ISSod6, transposase  38.31 
 
 
252 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3478  ISSod6, transposase  38.31 
 
 
252 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0074  ISSod6, transposase  38.31 
 
 
252 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.0426639  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0097  ISSod6, transposase  38.31 
 
 
252 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0162  ISSod6, transposase  38.31 
 
 
252 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.760495  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0250  transposase IS4 family protein  61.03 
 
 
142 aa  172  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00554315  hitchhiker  0.00627953 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2677  transposase IS4 family protein  61.03 
 
 
142 aa  172  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183927  normal  0.153389 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0214  Transposase and inactivated derivatives-like protein  38.27 
 
 
281 aa  169  5e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21600  transposase  37.41 
 
 
294 aa  168  6e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.507901  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09600  Transposase, IS4  39.34 
 
 
245 aa  168  9e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5939  hypothetical protein  37.45 
 
 
266 aa  167  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.754111  normal  0.0437323 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1552  transposase, IS4 family protein  36.44 
 
 
252 aa  166  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.185337  normal  0.508935 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4088  Transposase and inactivated derivatives-like protein  38.27 
 
 
281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01953  ISSod6, transposase  36.33 
 
 
249 aa  162  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0375505  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3213  Transposase and inactivated derivatives-like protein  37.91 
 
 
281 aa  161  8.000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3519  putative transposase  39.92 
 
 
251 aa  161  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.343195  normal  0.0901515 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00557  transposase  36.73 
 
 
249 aa  160  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01770  hypothetical protein  36.69 
 
 
253 aa  160  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02616  hypothetical protein  36.73 
 
 
249 aa  160  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02613  hypothetical protein  36.69 
 
 
253 aa  160  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1224  Transposase and inactivated derivatives-like protein  37.18 
 
 
281 aa  161  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6488  transposase  77.17 
 
 
103 aa  160  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.659219  normal  0.853863 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00289  transposase  36.69 
 
 
253 aa  160  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1375  transposase, ISSod6  34.8 
 
 
249 aa  159  3e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2919  transposase, IS4  56.72 
 
 
210 aa  159  3e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0310  transposase, IS4  55.97 
 
 
210 aa  158  7e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.664621  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1095  transposase, IS4  55.97 
 
 
210 aa  158  7e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.282833 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0317  transposase, IS4 family protein  35.06 
 
 
250 aa  158  1e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0611775  hitchhiker  0.0000000841064 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1675  transposase, IS4 family protein  35.06 
 
 
250 aa  158  1e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000531811  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01188  hypothetical protein  36.55 
 
 
254 aa  155  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01152  hypothetical protein  35.92 
 
 
249 aa  155  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7095  transposase  71.29 
 
 
102 aa  152  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25860  transposase  36.7 
 
 
303 aa  152  5e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>