179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6143 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  79.7 
 
 		 663 aa  912    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  100 
 
 		 548 aa  1126    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  35.68 
 
 		 668 aa  295  1e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  36.03 
 
 		 670 aa  289  9e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  35.43 
 
 		 667 aa  288  2e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  32.94 
 
 		 723 aa  250  4e-65  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  32.55 
 
 		 714 aa  248  2e-64  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  34.05 
 
 		 641 aa  244  3e-63  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  32.69 
 
 		 648 aa  241  2e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  33.66 
 
 		 670 aa  238  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  32.62 
 
 		 648 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  30.04 
 
 		 559 aa  211  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  30.49 
 
 		 659 aa  211  3e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  28.94 
 
 		 663 aa  210  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  30.91 
 
 		 713 aa  209  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  31.07 
 
 		 674 aa  206  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  29.66 
 
 		 661 aa  204  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  29.68 
 
 		 662 aa  204  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  28.91 
 
 		 662 aa  204  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  30.55 
 
 		 659 aa  202  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  29.82 
 
 		 662 aa  201  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  30.49 
 
 		 661 aa  200  3.9999999999999996e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  29.78 
 
 		 666 aa  200  5e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  31.07 
 
 		 669 aa  200  6e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  29.26 
 
 		 661 aa  197  4.0000000000000005e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  31.63 
 
 		 593 aa  196  7e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  29.38 
 
 		 661 aa  196  9e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  28.87 
 
 		 663 aa  196  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  29.57 
 
 		 663 aa  196  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  29.57 
 
 		 663 aa  196  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  29.79 
 
 		 664 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  28.6 
 
 		 661 aa  195  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  31.47 
 
 		 575 aa  194  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  29.06 
 
 		 665 aa  194  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  29.44 
 
 		 666 aa  194  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  29 
 
 		 661 aa  194  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  29.26 
 
 		 669 aa  194  5e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  30.77 
 
 		 576 aa  193  8e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  29.5 
 
 		 664 aa  193  8e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  29.72 
 
 		 665 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  29.31 
 
 		 666 aa  192  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  29.07 
 
 		 700 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  28.7 
 
 		 670 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  28.65 
 
 		 687 aa  191  4e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  29.47 
 
 		 660 aa  190  5e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  31.44 
 
 		 594 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  28.55 
 
 		 673 aa  190  7e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  29.08 
 
 		 675 aa  189  8e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  30.63 
 
 		 633 aa  189  1e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  28.88 
 
 		 660 aa  189  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  29.27 
 
 		 666 aa  189  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  29.34 
 
 		 573 aa  189  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  28.99 
 
 		 665 aa  189  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  28.74 
 
 		 630 aa  189  1e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  31.05 
 
 		 570 aa  188  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  27.78 
 
 		 668 aa  188  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  28.28 
 
 		 758 aa  188  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  29.65 
 
 		 667 aa  188  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  29.45 
 
 		 669 aa  187  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  30.82 
 
 		 557 aa  186  8e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  30.82 
 
 		 570 aa  186  8e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  30.59 
 
 		 633 aa  186  9e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  27.93 
 
 		 664 aa  186  9e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  28.01 
 
 		 665 aa  186  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  30.56 
 
 		 583 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  29.28 
 
 		 669 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  30.87 
 
 		 660 aa  184  3e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  29.42 
 
 		 666 aa  184  3e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  28.51 
 
 		 627 aa  184  5.0000000000000004e-45  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  30.35 
 
 		 677 aa  184  5.0000000000000004e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  28.65 
 
 		 664 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  28.63 
 
 		 672 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  29.04 
 
 		 687 aa  180  5.999999999999999e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  28.55 
 
 		 660 aa  180  7e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  30.42 
 
 		 695 aa  180  7e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  29.9 
 
 		 676 aa  179  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  29.32 
 
 		 699 aa  179  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  29.21 
 
 		 661 aa  178  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  29.67 
 
 		 661 aa  178  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  27.81 
 
 		 678 aa  177  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  29.65 
 
 		 678 aa  172  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  27.05 
 
 		 714 aa  171  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  28.6 
 
 		 651 aa  172  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  29.59 
 
 		 699 aa  170  8e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  28.61 
 
 		 601 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  29.58 
 
 		 670 aa  166  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  27.34 
 
 		 598 aa  164  3e-39  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  27.52 
 
 		 723 aa  164  4.0000000000000004e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  26.35 
 
 		 823 aa  160  7e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  27.08 
 
 		 603 aa  158  2e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  28.63 
 
 		 634 aa  155  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  30.61 
 
 		 554 aa  154  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  25.63 
 
 		 756 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  25.43 
 
 		 626 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  26.44 
 
 		 637 aa  153  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  27.68 
 
 		 637 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  26.72 
 
 		 658 aa  152  2e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  27.13 
 
 		 592 aa  144  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  29.48 
 
 		 560 aa  143  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  27.99 
 
 		 658 aa  142  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>