More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6008 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_6008  glutamine amidotransferase class-II  100 
 
 
301 aa  615  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.362161  decreased coverage  0.00354269 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5749  amidophosphoribosyltransferase  90.03 
 
 
301 aa  566  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5638  glutamine amidotransferase class-II  88.04 
 
 
301 aa  555  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.52916  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3291  glutamine amidotransferase class-II  84.05 
 
 
301 aa  538  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6575  glutamine amidotransferase class-II  80.13 
 
 
302 aa  501  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0505165 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1870  putative glutamine amidotransferase  70.23 
 
 
308 aa  439  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117624  normal  0.828633 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4695  glutamine amidotransferase class-II  66.11 
 
 
299 aa  401  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.903048 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1575  glutamine amidotransferase class-II  63.12 
 
 
316 aa  383  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1656  glutamine amidotransferase class-II  63.25 
 
 
311 aa  381  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.670859  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1938  glutamine amidotransferase class-II  63.25 
 
 
311 aa  378  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.210707  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1138  glutamine amidotransferase, class-II  60 
 
 
298 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.16804 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4810  glutamine amidotransferase class-II  62.84 
 
 
297 aa  363  2e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  hitchhiker  0.00206329 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2632  glutamine amidotransferase class-II  62 
 
 
299 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1942  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  60.27 
 
 
297 aa  355  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.738445 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2583  glutamine amidotransferase, class-II protein  57.89 
 
 
306 aa  354  1e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0230258  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2248  glutamine amidotransferase class-II  58.44 
 
 
301 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.280725 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2274  glutamine amidotransferase, class-II  57.24 
 
 
306 aa  352  4e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0107042 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3467  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  56.38 
 
 
299 aa  341  9e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.836717  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1346  glutamine amidotransferase, class-II  54.18 
 
 
299 aa  332  5e-90  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0457  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  48.82 
 
 
298 aa  297  1e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.598323  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0167  glutamine amidotransferase class-II  46.18 
 
 
302 aa  269  4e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5261  glutamine amidotransferase, class-II  45.57 
 
 
298 aa  264  1e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.228434 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3524  glutamine amidotransferase class-II  44.33 
 
 
302 aa  263  2e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234475 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4806  glutamine amidotransferase class-II  46.36 
 
 
298 aa  263  2e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1699  glutamine amidotransferase class-II  44.93 
 
 
296 aa  263  3e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4893  glutamine amidotransferase, class-II  45.57 
 
 
298 aa  263  3e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4982  glutamine amidotransferase, class-II  45.57 
 
 
298 aa  263  3e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5919  glutamine amidotransferase class-II  45.18 
 
 
302 aa  259  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.116128  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2499  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  42.72 
 
 
305 aa  253  3e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0705172  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5510  glutamine amidotransferase, class-II  43.51 
 
 
302 aa  251  1e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.623211  normal  0.154748 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3033  glutamine amidotransferase, class-II  44.26 
 
 
302 aa  247  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.572778 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1299  glutamine amidotransferase, class-II  42.76 
 
 
302 aa  243  3e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0375941  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0439  amidophosphoribosyltransferase  30.91 
 
 
459 aa  85.5  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0396  amidophosphoribosyltransferase  30.3 
 
 
459 aa  83.2  0.000000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1632  amidophosphoribosyltransferase  33.33 
 
 
469 aa  82.8  0.000000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0468  amidophosphoribosyltransferase  29.7 
 
 
456 aa  82.4  0.000000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.350158  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1523  amidophosphoribosyltransferase  30.3 
 
 
459 aa  82.4  0.000000000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0119394  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1448  amidophosphoribosyltransferase  29.59 
 
 
474 aa  82  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0809  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  40.62 
 
 
601 aa  81.6  0.00000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00887379  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0007  amidophosphoribosyltransferase  30.32 
 
 
487 aa  80.9  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.30048  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4318  amidophosphoribosyltransferase  32.96 
 
 
496 aa  80.1  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4217  amidophosphoribosyltransferase  32.78 
 
 
494 aa  79.3  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4178  amidophosphoribosyltransferase  32.78 
 
 
494 aa  79.3  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22120  amidophosphoribosyltransferase  31.79 
 
 
480 aa  79.3  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.357347  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2426  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  34.38 
 
 
609 aa  79  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.184466  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2407  amidophosphoribosyltransferase  28.4 
 
 
487 aa  77.8  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.848054  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3588  amidophosphoribosyltransferase  32.07 
 
 
503 aa  77.4  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.51846 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1706  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  40.37 
 
 
607 aa  77.4  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.80157  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4553  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  38.53 
 
 
608 aa  77  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365808 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0772  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  30 
 
 
608 aa  77  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.900207  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0841  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  32.31 
 
 
608 aa  76.6  0.0000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.121546  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0309  amidophosphoribosyltransferase  32.72 
 
 
473 aa  76.6  0.0000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3699  amidophosphoribosyltransferase  32.97 
 
 
493 aa  76.3  0.0000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.549743  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0033  amidophosphoribosyltransferase  30.87 
 
 
497 aa  76.3  0.0000000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1100  glutamate synthase alpha subunit  26.92 
 
 
553 aa  75.9  0.0000000000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.154608 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3302  D-fructose-6-phosphate amidotransferase  32.23 
 
 
608 aa  75.1  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2047  amidophosphoribosyltransferase  31.28 
 
 
465 aa  75.5  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.330153 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1357  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  31.65 
 
 
591 aa  74.7  0.000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0323  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  31.78 
 
 
586 aa  74.3  0.000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1205  amidophosphoribosyltransferase  31.18 
 
 
493 aa  74.3  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2453  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase  42.27 
 
 
606 aa  74.7  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.633572  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4571  amidophosphoribosyltransferase  29.45 
 
 
468 aa  74.3  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.470676  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3396  amidophosphoribosyltransferase  30.56 
 
 
492 aa  73.9  0.000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1377  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  37.96 
 
 
610 aa  73.9  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.986235  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1740  glutamate synthase alpha subunit domain protein  23.75 
 
 
659 aa  73.6  0.000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.627915  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0724  amidophosphoribosyltransferase  29.61 
 
 
500 aa  72.8  0.000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00225283  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1389  amidophosphoribosyltransferase  29.17 
 
 
479 aa  72.8  0.000000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.254172  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2095  amidophosphoribosyltransferase  31.55 
 
 
480 aa  72.4  0.000000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.778059 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1766  amidophosphoribosyltransferase  30 
 
 
488 aa  72.4  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0501857 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2489  amidophosphoribosyltransferase  34.73 
 
 
502 aa  72.4  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1419  amidophosphoribosyltransferase  28.19 
 
 
461 aa  72  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0127132  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1013  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase isomerizing  40.43 
 
 
616 aa  72  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00387111 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2741  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  31.5 
 
 
611 aa  72  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.214537 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23190  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  37.23 
 
 
622 aa  72  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0529184  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1338  glutamine amidotransferase, class-II  26.78 
 
 
364 aa  72  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.845818 
 
 
-
 
NC_002936  DET1415  amidophosphoribosyltransferase  26.14 
 
 
472 aa  71.6  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0507  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  41.41 
 
 
612 aa  71.2  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00435471 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4149  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  41.49 
 
 
615 aa  71.2  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3627  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  42.99 
 
 
605 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1366  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  39.6 
 
 
607 aa  71.2  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2865  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase  33.05 
 
 
610 aa  71.2  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5481  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  42.99 
 
 
605 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0230  amidophosphoribosyltransferase  29.94 
 
 
463 aa  70.9  0.00000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0884272  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0980  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  29.37 
 
 
599 aa  70.9  0.00000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1147  amidophosphoribosyltransferase  24.87 
 
 
478 aa  70.9  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.218005  normal  0.314166 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0522  amidophosphoribosyltransferase  27.22 
 
 
465 aa  70.5  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1475  amidophosphoribosyltransferase  29.83 
 
 
472 aa  70.9  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0665  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  25.5 
 
 
350 aa  70.5  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0292  amidophosphoribosyltransferase  28.67 
 
 
459 aa  70.5  0.00000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.95663  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0731  amidophosphoribosyltransferase  28.98 
 
 
478 aa  70.5  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0755  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  37.04 
 
 
607 aa  70.5  0.00000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.255039  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3498  amidophosphoribosyltransferase  30.54 
 
 
477 aa  70.5  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.349457  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1477  amidophosphoribosyltransferase  30.19 
 
 
499 aa  70.1  0.00000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3881  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  34.45 
 
 
610 aa  70.1  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07350  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  32.52 
 
 
613 aa  69.7  0.00000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.544654  normal  0.261817 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0708  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  36.36 
 
 
612 aa  69.7  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1778  hypothetical protein  27.88 
 
 
475 aa  70.1  0.00000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000929805  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03126  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  38.83 
 
 
609 aa  69.7  0.00000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0896  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  42.27 
 
 
614 aa  69.7  0.00000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.642967  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0394  amidophosphoribosyltransferase  28.81 
 
 
470 aa  69.7  0.00000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0144451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>