177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5989 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5989  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 312 aa  643    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.171061 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  48.85 
 
 		 371 aa  260  2e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  45 
 
 		 298 aa  257  1e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  45 
 
 		 298 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  44.33 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  44 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3138  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.67 
 
 		 359 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2981  Myo-inosose-2 dehydratase  43.67 
 
 		 359 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.833328 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  41.86 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  42.81 
 
 		 297 aa  236  3e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  42.19 
 
 		 298 aa  236  4e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  42.19 
 
 		 298 aa  235  6e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40 
 
 		 300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4656  xylose isomerase domain-containing protein  37.46 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1577  myo-inositol catabolism protein  40.07 
 
 		 298 aa  212  7e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.357804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  45.71 
 
 		 237 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4706  inosose dehydratase  38.13 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000727756  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1596  xylose isomerase domain-containing protein  36.09 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  36.7 
 
 		 296 aa  182  9.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  35.91 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  35.79 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.08 
 
 		 924 aa  169  8e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4017  xylose isomerase domain-containing protein  34.11 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3285  sugar phosphate isomerase/epimerase, IolE  34.11 
 
 		 302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3839  xylose isomerase domain-containing protein  34.34 
 
 		 300 aa  162  8.000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0078  hypothetical protein  34.01 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.45 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50050  2-keto-myo-inositol dehydratase  34.65 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2968  AP endonuclease  33.33 
 
 		 306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1869  AP endonuclease  33.67 
 
 		 350 aa  155  7e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3040  xylose isomerase domain-containing protein  33.67 
 
 		 368 aa  155  9e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.279544  normal  0.182339 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0043  xylose isomerase domain-containing protein  33.22 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1674  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0911  hypothetical protein  33.55 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1829  hypothetical protein  33.55 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0766527  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1442  AP endonuclease  33.55 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609184  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0438  hypothetical protein  33.55 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1653  AP endonuclease  33.55 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.959785  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1675  AP endonuclease  33.55 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.173299  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0724  AP endonuclease  33.55 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.367793  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0715  hypothetical protein  33.33 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2932  xylose isomerase domain-containing protein  34.73 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688703 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  33.22 
 
 		 309 aa  149  8e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1324  putative myo-inositol catabolism LolE protein  32.34 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0671  hypothetical protein  33.33 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  34.15 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1399  xylose isomerase domain-containing protein  34.2 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0067  xylose isomerase domain-containing protein  34.53 
 
 		 318 aa  147  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0290166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7800  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.46 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  33.85 
 
 		 309 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  33.88 
 
 		 309 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  33.88 
 
 		 309 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1894  xylose isomerase domain-containing protein  34.53 
 
 		 309 aa  145  6e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1133  Myo-inosose-2 dehydratase  31.77 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459716  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4565  xylose isomerase-like TIM barrel  33.88 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0833957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1602  xylose isomerase domain-containing protein  31.7 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3499  iolE protein  33.99 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0486  putative myo-inositol catabolism protein  30.79 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.425956  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3560  xylose isomerase domain-containing protein  33.22 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27811 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  33.55 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2649  hypothetical protein  32.89 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0432409  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3273  AP endonuclease  34.22 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0853475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.1 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2325  xylose isomerase domain-containing protein  33 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2835  xylose isomerase domain-containing protein  31.99 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.840707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1816  xylose isomerase domain-containing protein  27.27 
 
 		 304 aa  105  8e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.670883 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1981  Myo-inosose-2 dehydratase  30.95 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3595  Myo-inosose-2 dehydratase  27.73 
 
 		 297 aa  99  9e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  28.33 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1247  putative myo-inositol catabolism protein  26.95 
 
 		 313 aa  96.3  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50250  hypothetical protein  26.56 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1048  Myo-inosose-2 dehydratase  27.6 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.513171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7455  hypothetical protein  25.25 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.652021  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.27 
 
 		 284 aa  90.1  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0571066  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5448  Myo-inosose-2 dehydratase  33.14 
 
 		 295 aa  90.1  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3018  hypothetical protein  27.01 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130345  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0947  xylose isomerase-like TIM barrel  27.4 
 
 		 308 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1429  xylose isomerase domain-containing protein  27.4 
 
 		 308 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4573  xylose isomerase-like TIM barrel  27.74 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3969  xylose isomerase domain-containing protein  32.3 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0171269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2054  xylose isomerase domain-containing protein  26.58 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1407  xylose isomerase domain-containing protein  27.4 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0386  xylose isomerase domain-containing protein  27.21 
 
 		 306 aa  87  4e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1886  xylose isomerase domain-containing protein  26.8 
 
 		 308 aa  86.7  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.206917 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0657  Myo-inosose-2 dehydratase  28.12 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.700284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2612  xylose isomerase domain-containing protein  32.16 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0730  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.66 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.200556  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  26.88 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1696  Myo-inosose-2 dehydratase  26.71 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8495  Myo-inosose-2 dehydratase  33.33 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.795487 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1309  xylose isomerase domain-containing protein  26.53 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.55 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3346  xylose isomerase-like TIM barrel  35.42 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0217845  normal  0.180586 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3352  Myo-inosose-2 dehydratase  24.44 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0467219  normal  0.0568196 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4487  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.5 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.411638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.63 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.98 
 
 		 301 aa  79  0.00000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1271  xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.09 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.713181 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>