75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5928 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5928  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  100 
 
 		 68 aa  137  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.657419 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2394  cytochrome oxidase maturation protein cbb3-type  71.74 
 
 		 49 aa  75.5  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4955  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  76.19 
 
 		 52 aa  71.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000981596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6714  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  70.45 
 
 		 45 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5023  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  68.18 
 
 		 52 aa  67.8  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.156447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3323  cytochrome oxidase maturation protein cbb3-type  69.05 
 
 		 71 aa  64.7  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0243934  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5919  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  47.89 
 
 		 87 aa  64.3  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.662161 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7464  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  65.91 
 
 		 45 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182842  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1156  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  60.87 
 
 		 74 aa  64.3  0.0000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.206736  normal  0.0826721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0008  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  62.22 
 
 		 59 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0462  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  64.58 
 
 		 52 aa  62.8  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0737  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  67.57 
 
 		 55 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.95036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1525  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  61.9 
 
 		 55 aa  57.8  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2571  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  52.08 
 
 		 49 aa  56.6  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.831521  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2256  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  56.52 
 
 		 56 aa  56.2  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0217106  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0541  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  61.9 
 
 		 52 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2344  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  59.52 
 
 		 52 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.005747  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0689  RdxS, cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  59.52 
 
 		 52 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.122568  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0668  nitrogen fixation protein fixS  54.55 
 
 		 52 aa  52.8  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1795  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  69.57 
 
 		 49 aa  52  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1178  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  52.17 
 
 		 67 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1791  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  45.83 
 
 		 78 aa  49.7  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2537  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  50 
 
 		 52 aa  49.3  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.544754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2993  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  50 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2611  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  53.19 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38073  normal  0.51835 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3850  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  52.27 
 
 		 51 aa  48.1  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1815  cytochrome oxidase maturation protein cbb3-type  35.82 
 
 		 70 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1995  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  37.29 
 
 		 67 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.407314  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1238  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  50 
 
 		 66 aa  47.4  0.00007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1340  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  50 
 
 		 66 aa  47.4  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.131657  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2067  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  38.18 
 
 		 82 aa  46.6  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1953  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  32.2 
 
 		 82 aa  46.6  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1226  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  42.55 
 
 		 64 aa  46.2  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.012112  normal  0.558991 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2207  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  37.74 
 
 		 71 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.13713  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2415  secretion protein HlyD  37.29 
 
 		 68 aa  45.8  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4493  hypothetical protein  37.74 
 
 		 71 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1569  cytochrome oxidase maturation protein (cbb3-t)  47.83 
 
 		 56 aa  46.2  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.246942  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2214  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  37.74 
 
 		 71 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.365447  normal  0.244718 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2164  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  37.74 
 
 		 71 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.123278  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2220  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  37.74 
 
 		 71 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000072597  normal  0.220817 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0010  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  67.44 
 
 		 54 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.529923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0466  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  56.1 
 
 		 69 aa  45.4  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160006  normal  0.286886 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1814  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  32.2 
 
 		 62 aa  45.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.69622  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1606  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  43.4 
 
 		 71 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0765964  normal  0.010544 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0933  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  41.3 
 
 		 70 aa  45.4  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.177633  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1052  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  35.71 
 
 		 71 aa  45.4  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003473  type cbb3 cytochrome oxidase biogenesis protein CcoS involved in heme b insertion  37.74 
 
 		 54 aa  45.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.314107  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4262  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  43.4 
 
 		 71 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02297  hypothetical protein  37.74 
 
 		 54 aa  44.7  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1845  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  36.54 
 
 		 89 aa  44.3  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.224574  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1575  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  41.3 
 
 		 60 aa  44.3  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2113  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  38.33 
 
 		 66 aa  43.9  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.110001  normal  0.234091 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1963  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  38.78 
 
 		 65 aa  43.9  0.0007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00735712 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2012  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  38.33 
 
 		 66 aa  43.9  0.0007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000291515 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3580  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  41.51 
 
 		 70 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1472  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  43.64 
 
 		 100 aa  43.9  0.0008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0256438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0165  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  45.65 
 
 		 73 aa  43.9  0.0008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3827  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  41.51 
 
 		 71 aa  43.5  0.0009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0356  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  66.67 
 
 		 52 aa  43.5  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0371  cytochrome oxidase maturation protein, Cbb3-type  66.67 
 
 		 52 aa  43.5  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.156839  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0946  hypothetical protein  43.64 
 
 		 100 aa  43.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2358  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  40.43 
 
 		 67 aa  42.7  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1364  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  47.83 
 
 		 59 aa  42.4  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.540828 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2798  nitrogen fixation protein fixS  72 
 
 		 57 aa  42.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.155264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1874  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  35.71 
 
 		 77 aa  42  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.308145  normal  0.762783 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1370  cytochrome oxidase maturation protein cbb3-type  36.17 
 
 		 54 aa  42.4  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.938434  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2419  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  33.33 
 
 		 64 aa  42  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00562529  hitchhiker  0.0000013889 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0772  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  41.67 
 
 		 80 aa  42  0.003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1276  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  45.45 
 
 		 84 aa  41.6  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2016  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  35.29 
 
 		 104 aa  41.6  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2444  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  48.15 
 
 		 54 aa  41.2  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.116458  normal  0.535844 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1047  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  37.74 
 
 		 54 aa  41.2  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.372201  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1991  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  38.18 
 
 		 61 aa  41.2  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2082  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  39.13 
 
 		 63 aa  40.8  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000292498  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2217  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  39.58 
 
 		 61 aa  40.4  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>