More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5905 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5905  hypothetical protein  100 
 
 
325 aa  651    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.339531 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4257  hypothetical protein  50.86 
 
 
314 aa  305  6e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0308  hypothetical protein  49.48 
 
 
313 aa  304  2.0000000000000002e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6110  hypothetical protein  50.17 
 
 
314 aa  302  5.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.749833  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3917  hypothetical protein  48.46 
 
 
316 aa  298  6e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0248233  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3636  hypothetical protein  46.03 
 
 
314 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3336  hypothetical protein  46.03 
 
 
314 aa  285  8e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0828946 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3313  hypothetical protein  47.42 
 
 
314 aa  281  7.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.159753  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1420  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  45.7 
 
 
314 aa  277  2e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0833  hypothetical protein  46.6 
 
 
315 aa  276  3e-73  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000608571  normal  0.346803 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3490  hypothetical protein  46.05 
 
 
314 aa  276  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.970248  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6185  hypothetical protein  43.03 
 
 
328 aa  267  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0361  hypothetical protein  43.38 
 
 
323 aa  266  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.662417  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0395  hypothetical protein  43.79 
 
 
319 aa  266  2.9999999999999995e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.172909  normal  0.115036 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3600  hypothetical protein  42.18 
 
 
308 aa  262  6.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0605544 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3440  hypothetical protein  43.58 
 
 
324 aa  259  3e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000394825  normal  0.952417 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0066  hypothetical protein  43.77 
 
 
345 aa  258  8e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.909485 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8066  hypothetical protein  44.18 
 
 
325 aa  256  5e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3134  hypothetical protein  41.5 
 
 
311 aa  251  9.000000000000001e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0701575  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1642  hypothetical protein  43.49 
 
 
319 aa  248  7e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.274465  normal  0.0446405 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2072  hypothetical protein  43.49 
 
 
319 aa  248  7e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.809751  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3075  hypothetical protein  43.64 
 
 
323 aa  248  8e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.19179 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3704  hypothetical protein  43 
 
 
328 aa  248  1e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2569  hypothetical protein  42.86 
 
 
319 aa  246  4.9999999999999997e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0034025 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3010  hypothetical protein  43.84 
 
 
319 aa  246  6e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4163  hypothetical protein  39.44 
 
 
328 aa  245  6.999999999999999e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000721269  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1234  hypothetical protein  41.3 
 
 
319 aa  243  3e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.484921 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2009  hypothetical protein  42.81 
 
 
319 aa  242  6e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524371  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3549  hypothetical protein  43.73 
 
 
322 aa  241  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1829  hypothetical protein  38.37 
 
 
329 aa  238  8e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.714313  normal  0.517051 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3429  hypothetical protein  41.55 
 
 
322 aa  238  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196979  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2518  hypothetical protein  41.1 
 
 
319 aa  236  5.0000000000000005e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.106324  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2148  hypothetical protein  42.56 
 
 
330 aa  235  6e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.479572 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37830  hypothetical protein  40.8 
 
 
374 aa  226  4e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.116398 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3004  hypothetical protein  38.98 
 
 
332 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.033569 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3011  hypothetical protein  40.75 
 
 
319 aa  224  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.655008 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3502  hypothetical protein  36.5 
 
 
334 aa  224  2e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.819446  normal  0.192099 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2509  hypothetical protein  39.87 
 
 
317 aa  219  6e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0752263  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3625  hypothetical protein  38.57 
 
 
339 aa  208  1e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3248  hypothetical protein  37.97 
 
 
328 aa  203  3e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.273356  normal  0.639468 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3237  hypothetical protein  37.29 
 
 
328 aa  199  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.364087  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3299  hypothetical protein  37.29 
 
 
328 aa  199  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0536538  normal  0.0349575 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5058  hypothetical protein  36.21 
 
 
358 aa  199  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.354156 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1237  hypothetical protein  31.83 
 
 
337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.462545  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2012  twin-arginine translocation pathway signal  35.17 
 
 
341 aa  196  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0596  hypothetical protein  36.18 
 
 
336 aa  191  2e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479944 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0998  hypothetical protein  34.25 
 
 
333 aa  189  4e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1395  hypothetical protein  36.18 
 
 
335 aa  187  2e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0574924  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1042  hypothetical protein  35.14 
 
 
329 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4958  hypothetical protein  35.13 
 
 
319 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00840  hypothetical protein  35.31 
 
 
335 aa  175  7e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0173913  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0336  hypothetical protein  32.33 
 
 
330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2792  hypothetical protein  34.9 
 
 
346 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0323  hypothetical protein  33.78 
 
 
331 aa  169  4e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.789559  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2192  hypothetical protein  33.44 
 
 
328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0950  hypothetical protein  32.34 
 
 
323 aa  166  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3102  hypothetical protein  31.63 
 
 
338 aa  166  5e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.571018 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003384  putative tricarboxylic transport TctC  31.68 
 
 
323 aa  159  6e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2732  hypothetical protein  35.14 
 
 
326 aa  157  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.15224  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1873  hypothetical protein  33.11 
 
 
326 aa  157  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.797689  normal  0.0422931 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3123  hypothetical protein  33.02 
 
 
326 aa  157  3e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02414  hypothetical protein  31.35 
 
 
325 aa  155  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3489  hypothetical protein  32.54 
 
 
324 aa  153  4e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3435  hypothetical protein  33.8 
 
 
317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.636494  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0901  hypothetical protein  33.8 
 
 
317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0925  hypothetical protein  33.8 
 
 
317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.524752  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0935  hypothetical protein  33.45 
 
 
317 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.166254 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3099  hypothetical protein  33.45 
 
 
317 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0873  hypothetical protein  33.45 
 
 
317 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1453  hypothetical protein  31.68 
 
 
329 aa  139  6e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.321026  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0861  hypothetical protein  31.34 
 
 
322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6270  putative tricarboxylic transport membrane protein  29.25 
 
 
342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0141318 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1799  hypothetical protein  28.96 
 
 
330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.841157  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2741  hypothetical protein  32.6 
 
 
321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0278237  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4344  putative lipoprotein  26.32 
 
 
325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0136809  hitchhiker  0.000000000438941 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1011  putative lipoprotein  26.48 
 
 
324 aa  130  3e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.9236  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1636  TctC protein  30 
 
 
321 aa  130  3e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.777278  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0839  hypothetical protein  25.96 
 
 
343 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00353012  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0871  putative lipoprotein  25.78 
 
 
348 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0925  putative lipoprotein  25.78 
 
 
325 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2047  tricarboxylic transporter, periplasmic ligand binding protein, TctC  29.63 
 
 
332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.334258  normal  0.421066 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1006  tricarboxylate-binding protein  25.96 
 
 
322 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0967  tricarboxylate-binding protein  24.49 
 
 
323 aa  127  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0813  hypothetical protein  25.61 
 
 
322 aa  127  3e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2117  hypothetical protein  33.98 
 
 
320 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.820451  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2224  hypothetical protein  28.96 
 
 
332 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.198093  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1091  putative lipoprotein  25.09 
 
 
325 aa  126  5e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0855  hypothetical protein  30.28 
 
 
322 aa  125  7e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.769055  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0872  hypothetical protein  30.28 
 
 
322 aa  125  7e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1252  hypothetical protein  28.96 
 
 
334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.336107  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2897  hypothetical protein  30.9 
 
 
325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1457  hypothetical protein  29.38 
 
 
325 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1971  hypothetical protein  29.23 
 
 
336 aa  119  7e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.803745  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0154  hypothetical protein  28.62 
 
 
326 aa  119  7e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1825  hypothetical protein  30.19 
 
 
346 aa  118  9.999999999999999e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3784  hypothetical protein  28.67 
 
 
327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3856  hypothetical protein  28.48 
 
 
331 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000269594 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0726  hypothetical protein  27.97 
 
 
329 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1058  hypothetical protein  28.86 
 
 
326 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0902  tricarboxylic transport  27.24 
 
 
325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.897753  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>